Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I0 R1
|
476 |
35.3 |
2812105 |
96.7% |
2719305 |
61.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,404,628 |
A→C |
18.6% |
intergenic (+315/‑663) |
yhdH → / → accB |
predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,404,628 | 0 | A | C | 18.6%
| 59.7
/ 23.2
| 43 | intergenic (+315/‑663) | yhdH/accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/13); new base C (3/5); total (25/18) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
GCTACGCTTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAG > W3110S.gb/3404561‑3404689
|
gctacgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAAtt > 1:2406055/1‑70 (MQ=255)
tAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTc > 1:1567212/1‑70 (MQ=255)
ttacttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTa > 1:2052510/1‑70 (MQ=255)
ttacttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAt > 1:1367447/1‑71 (MQ=255)
tacttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTAt > 1:2143893/1‑70 (MQ=255)
acttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAtt > 1:2490081/1‑70 (MQ=255)
cttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAttt < 1:785015/70‑1 (MQ=255)
cttaTTTCTGGTACCATGGGGTCAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTAttt < 1:845461/70‑1 (MQ=255)
taTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:1180737/1‑70 (MQ=255)
aTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa < 1:1537833/69‑1 (MQ=255)
aTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa < 1:1218426/69‑1 (MQ=255)
aTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATg > 1:2302682/1‑71 (MQ=255)
tttCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa < 1:1768475/68‑1 (MQ=255)
gTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGc < 1:2064120/70‑1 (MQ=255)
gTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCa < 1:318278/71‑1 (MQ=255)
tACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa < 1:2744432/61‑1 (MQ=255)
tACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTTAGCAt > 1:24842/1‑71 (MQ=255)
aCCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCAt > 1:2213498/1‑70 (MQ=255)
ccATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTg > 1:2739741/1‑71 (MQ=255)
aTGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGt > 1:44494/1‑70 (MQ=255)
gTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAaataat > 1:2470448/1‑35 (MQ=255)
gTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAAt > 1:1925496/1‑35 (MQ=255)
tGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAg < 1:1325314/58‑1 (MQ=255)
gAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGt > 1:1334807/1‑71 (MQ=255)
aataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTa > 1:838160/1‑44 (MQ=255)
aataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATc > 1:97079/1‑67 (MQ=255)
aataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGt > 1:412778/1‑70 (MQ=255)
taatCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGc < 1:908310/55‑1 (MQ=255)
taatCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGc < 1:1252490/55‑1 (MQ=255)
taatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAg < 1:1102300/54‑1 (MQ=255)
taatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTaa > 1:2577827/1‑71 (MQ=255)
taatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTCAGCAtt < 1:1326676/58‑1 (MQ=255)
atCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAt > 1:586268/1‑41 (MQ=255)
tCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGc < 1:952294/47‑1 (MQ=255)
tGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTg > 1:1372203/1‑47 (MQ=255)
ttttGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCt < 1:283573/43‑1 (MQ=255)
ttgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:2572272/1‑37 (MQ=255)
ttgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:753268/1‑37 (MQ=255)
ttgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:2131150/1‑37 (MQ=255)
tgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCa > 1:1409967/1‑45 (MQ=255)
tgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCt > 1:1622709/1‑71 (MQ=255)
gACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAg < 1:2628270/70‑1 (MQ=255)
gACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAg < 1:2594612/70‑1 (MQ=255)
gACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAg < 1:1084344/70‑1 (MQ=255)
|
GCTACGCTTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAG > W3110S.gb/3404561‑3404689
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
