Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F8 I0 R1
|
311 |
50.1 |
4085234 |
95.9% |
3917739 |
60.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,404,628 |
A→C |
36.0% |
intergenic (+315/‑663) |
yhdH → / → accB |
predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,404,628 | 0 | A | C | 36.0%
| 19.4
/ 97.2
| 75 | intergenic (+315/‑663) | yhdH/accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/28); new base C (11/16); total (31/44) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGCTACGCTTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACA > W3110S.gb/3404560‑3404697
|
cgctacgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACtt < 1:1950434/71‑1 (MQ=255)
cgctacgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACtt < 1:3601673/71‑1 (MQ=255)
cgctacgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAAtt < 1:2169994/71‑1 (MQ=255)
gctacgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAAtt < 1:2654190/70‑1 (MQ=255)
gctacgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTa < 1:424636/71‑1 (MQ=255)
cgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAAt < 1:730482/69‑1 (MQ=255)
cgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGCGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAAt < 1:3195732/69‑1 (MQ=255)
gctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCAc < 1:1339117/71‑1 (MQ=255)
cccTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAAcc < 1:2579525/71‑1 (MQ=255)
cccTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAAcc < 1:2532233/71‑1 (MQ=255)
tacttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAt > 1:1274036/1‑70 (MQ=255)
tacttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAt > 1:1942025/1‑70 (MQ=255)
acttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAAt > 1:3996345/1‑56 (MQ=255)
acttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAt > 1:3859915/1‑69 (MQ=255)
cttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTAttt < 1:2136976/70‑1 (MQ=255)
cttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTAttt < 1:2125551/70‑1 (MQ=255)
cttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAttt < 1:2206403/70‑1 (MQ=255)
cttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAttt < 1:1209205/70‑1 (MQ=255)
ttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAAt < 1:1090182/54‑1 (MQ=255)
taTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAAt > 1:1730248/1‑71 (MQ=255)
aTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAAt < 1:2613207/70‑1 (MQ=255)
aTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATg > 1:3135793/1‑71 (MQ=255)
cTGGTACCATGGGGAGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAAcc < 1:744258/58‑1 (MQ=255)
gTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACtt < 1:3784035/42‑1 (MQ=255)
gTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTTAGc < 1:1343186/70‑1 (MQ=255)
gTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAg < 1:709280/69‑1 (MQ=255)
gTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCa < 1:3342321/71‑1 (MQ=255)
tACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGc < 1:3284974/69‑1 (MQ=255)
aCCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCAtt > 1:1576442/1‑71 (MQ=255)
aCCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCAtt > 1:3508196/1‑71 (MQ=255)
aCCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCAtt > 1:3672972/1‑71 (MQ=255)
aTGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTaa > 1:552356/1‑39 (MQ=255)
aTGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCa > 1:91743/1‑66 (MQ=255)
tGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTc > 1:3031383/1‑70 (MQ=255)
tGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTc > 1:2903671/1‑70 (MQ=255)
tGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTc > 1:931924/1‑70 (MQ=255)
tGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTc > 1:2403931/1‑70 (MQ=255)
ggTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATc > 1:1016034/1‑71 (MQ=255)
gTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCg > 1:1533945/1‑71 (MQ=255)
ataatCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTa < 1:3182019/71‑1 (MQ=255)
ataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTTAATCGGTTa < 1:3711994/71‑1 (MQ=255)
ataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTa < 1:2477871/71‑1 (MQ=255)
ataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTa < 1:1135666/71‑1 (MQ=255)
ataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTa < 1:285005/71‑1 (MQ=255)
taatCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTAttt < 1:1560825/45‑1 (MQ=255)
taatCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTAttt < 1:3441931/45‑1 (MQ=255)
taatCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTaa > 1:2141839/1‑71 (MQ=255)
taatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTaa > 1:303281/1‑71 (MQ=255)
taatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTaa > 1:1123908/1‑71 (MQ=255)
atCTGATTTTGTTTTACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCAtt > 1:2625230/1‑56 (MQ=255)
atCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:1932270/1‑45 (MQ=255)
atCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:1582182/1‑45 (MQ=255)
atCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:1454346/1‑45 (MQ=255)
tCTGATTTTGTTTGCCTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAAttt > 1:1195122/1‑71 (MQ=255)
tCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTa < 1:3420314/39‑1 (MQ=255)
tCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTa < 1:3710581/39‑1 (MQ=255)
tCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTa < 1:1384045/39‑1 (MQ=255)
tCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTa < 1:628308/39‑1 (MQ=255)
tGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:966449/1‑42 (MQ=255)
tGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCa < 1:1403336/57‑1 (MQ=255)
tGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCa < 1:141063/57‑1 (MQ=255)
aTTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAg < 1:3913231/47‑1 (MQ=255)
tttgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:228899/1‑38 (MQ=255)
ttgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGc > 1:4004866/1‑71 (MQ=255)
tgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGc < 1:1059479/70‑1 (MQ=255)
tgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGc < 1:211698/70‑1 (MQ=255)
tgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTa < 1:1416180/70‑1 (MQ=255)
tACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCa > 1:1732777/1‑69 (MQ=255)
tACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCaa < 1:3509605/44‑1 (MQ=255)
tACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCaa < 1:260417/44‑1 (MQ=255)
tACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCaa < 1:951674/44‑1 (MQ=255)
cAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCaa > 1:513626/1‑42 (MQ=255)
cAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCaa > 1:1513852/1‑42 (MQ=255)
cAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCAtt < 1:2473511/69‑1 (MQ=255)
cAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCAtt < 1:722485/69‑1 (MQ=255)
aaTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTcaca < 1:212618/71‑1 (MQ=255)
aaTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTcac < 1:915052/70‑1 (MQ=255)
|
CGCTACGCTTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACA > W3110S.gb/3404560‑3404697
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
