Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R2 68 0.0 1607493 93.4% 1501398 66.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 515,934 C→T A43V (GCG→GTG)  ybbM → predicted inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb515,9340CT100.0% 328.4 / NA 91A43V (GCG→GTG) ybbMpredicted inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/91);  total (0/91)

GCGTCGGGCGAGCGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGAT  >  W3110S.gb/515922‑515989
            |                                                       
gCGTCGGGGGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:966855/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGGGTGgat  <  1:662/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTggtt  <  1:1147386/68‑3 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:681712/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:754850/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:675771/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:668638/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:668125/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:610683/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:600952/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:572000/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:553511/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:547786/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:515511/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:492932/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:474485/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:469228/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:457446/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:436856/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:428060/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:370739/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:361426/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:359348/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:350493/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:89553/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:977907/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:957846/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:950054/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:937478/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:936167/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:928456/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:92472/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:920971/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:918681/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:914463/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:696009/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:845327/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:82555/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:824075/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:818036/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:808357/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:78598/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:783749/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:777911/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:334034/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1122977/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1006540/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1419675/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:140578/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1404084/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1346486/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1345598/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1334135/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1327685/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1317146/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1280149/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:115741/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1431898/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1120166/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1111858/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1103573/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1097125/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1092179/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1072504/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1062125/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1050077/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1037441/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1015846/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1578408/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:32503/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:280080/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:263447/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:240690/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:219677/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:197133/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:194987/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:18015/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1606482/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:158925/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:147119/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1575478/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1572467/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1568422/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1556098/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1543221/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1537124/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1523863/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:149223/68‑1 (MQ=255)
gCGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:1478400/68‑1 (MQ=255)
 cGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:887872/67‑1 (MQ=255)
 cGTCGGGCGAGTGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGgat  <  1:405187/67‑1 (MQ=255)
            |                                                       
GCGTCGGGCGAGCGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGAT  >  W3110S.gb/515922‑515989

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A