Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F8 I0 R1
|
311 |
50.1 |
4085234 |
95.9% |
3917739 |
60.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,051,238 |
T→C |
9.7% |
intergenic (+286/+147) |
insB → / ← cspH |
IS1 transposase InsAB'/stress protein, member of the CspA‑family |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,051,238 | 0 | T | C | 9.7%
| 106.5
/ 4.4
| 41 | intergenic (+286/+147) | insB/cspH | IS1 transposase InsAB'/stress protein, member of the CspA‑family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/18); new base C (2/2); total (21/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 |
AGGAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGTAA > W3110S.gb/1051169‑1051308
|
aGGAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGtt > 1:2406605/1‑70 (MQ=255)
aGGAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGtt > 1:3185714/1‑70 (MQ=255)
aGGAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTa < 1:2166589/71‑1 (MQ=255)
aGGAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTCGTACTATAACTGGCTGTTa < 1:4081857/71‑1 (MQ=255)
ggAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTaa < 1:940921/71‑1 (MQ=255)
aaaTTGTTACGAAATCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAAt > 1:3083559/1‑71 (MQ=255)
aaaTTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTa < 1:2337730/68‑1 (MQ=255)
aaaTTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTa < 1:620200/68‑1 (MQ=255)
aCGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTta > 1:928755/1‑71 (MQ=255)
cGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTtat < 1:2163769/71‑1 (MQ=255)
cGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTtat < 1:1141558/71‑1 (MQ=255)
aattaTTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTaaa > 1:882569/1‑50 (MQ=255)
aattaTTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTtata > 1:3956262/1‑61 (MQ=255)
aattaTTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGt > 1:2593613/1‑71 (MQ=255)
aattaTTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGt > 1:446299/1‑71 (MQ=255)
aattaTTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGt > 1:2809564/1‑71 (MQ=255)
aattaTTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGt > 1:23538/1‑71 (MQ=255)
attGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATaa > 1:3439321/1‑58 (MQ=255)
attGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATaa > 1:2526447/1‑58 (MQ=255)
ttgGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga < 1:427590/70‑1 (MQ=255)
ttgGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga < 1:732776/70‑1 (MQ=255)
ttgGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga < 1:3437241/70‑1 (MQ=255)
ggTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGata < 1:1328107/70‑1 (MQ=255)
atatAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCg < 1:184393/70‑1 (MQ=255)
gTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTaaa > 1:678746/1‑71 (MQ=255)
gTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTa < 1:2304916/69‑1 (MQ=255)
tCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATg < 1:3194314/70‑1 (MQ=255)
tCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATg < 1:4045378/70‑1 (MQ=255)
aGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGAtt < 1:3413088/71‑1 (MQ=255)
aGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGAtt < 1:3890716/71‑1 (MQ=255)
aGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGAtt < 1:658543/71‑1 (MQ=255)
gTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTa < 1:852051/71‑1 (MQ=255)
aCTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAg > 1:3297812/1‑38 (MQ=255)
aCTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAg > 1:4031959/1‑38 (MQ=255)
aCTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAg > 1:1758658/1‑38 (MQ=255)
aCTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTc > 1:2577727/1‑71 (MQ=255)
aCTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTc > 1:928384/1‑71 (MQ=255)
cTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCt > 1:806459/1‑71 (MQ=255)
ataACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCttt > 1:2589123/1‑71 (MQ=255)
ataACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCttt > 1:2546384/1‑71 (MQ=255)
taACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTtg > 1:514194/1‑71 (MQ=255)
gCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTgg > 1:992018/1‑68 (MQ=255)
gTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTa < 1:2129326/44‑1 (MQ=255)
ttAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTa < 1:3312106/52‑1 (MQ=255)
ttAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTa < 1:963903/52‑1 (MQ=255)
ttAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGt > 1:1214109/1‑70 (MQ=255)
tAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGTaa > 1:3050517/1‑71 (MQ=255)
|
AGGAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGTAA > W3110S.gb/1051169‑1051308
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
