Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F8 I0 R1
|
311 |
50.1 |
4085234 |
95.9% |
3917739 |
60.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,769,914 |
G→A |
14.3% |
A410T (GCC→ACC) |
dgoT → |
D‑galactonate transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,769,914 | 0 | G | A | 14.3%
| 109.2
/ 9.0
| 42 | A410T (GCC→ACC) | dgoT | D‑galactonate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/18); new base A (2/4); total (20/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACCGTTCCGCTGGTGGTGGGGTACCTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCTAATC > W3110S.gb/3769845‑3769981
|
aCCGTTCCGCTGGTGGTGGGGTACCTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTccgc > 1:4039831/1‑71 (MQ=255)
gTTCCGCTGGTGGTGGGGTACCTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGt > 1:3317768/1‑71 (MQ=255)
cTGGTGGTGGGGTACCTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGtt < 1:3513310/71‑1 (MQ=255)
ggCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGctctct > 1:1788342/1‑70 (MQ=255)
gcgcTGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTta < 1:3607677/71‑1 (MQ=255)
gcgcAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGctctct < 1:590837/69‑1 (MQ=255)
gggTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATcc < 1:2788793/71‑1 (MQ=255)
gggTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATcc < 1:2200186/71‑1 (MQ=255)
gTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCct > 1:1322077/1‑70 (MQ=255)
ttACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTgg < 1:2000660/51‑1 (MQ=255)
ttACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTgg < 1:1327812/51‑1 (MQ=255)
ttACGGTTTCGCACCTGCACCGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGa > 1:2864507/1‑47 (MQ=255)
aCGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTta > 1:895600/1‑61 (MQ=255)
aCGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCctgct < 1:2027786/70‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCctg > 1:810138/1‑68 (MQ=255)
aCGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCctg > 1:3616895/1‑68 (MQ=255)
aCGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCctg > 1:3555327/1‑68 (MQ=255)
aCGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGTTTGGCGCGCTCTCTTATATCctgct < 1:3922458/70‑1 (MQ=255)
ccTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGAtgt < 1:2617221/71‑1 (MQ=255)
cTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGAtgtg < 1:1925463/71‑1 (MQ=255)
cACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGa < 1:12624/69‑1 (MQ=255)
cACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAg > 1:2431088/1‑71 (MQ=255)
aCTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGc < 1:2321182/61‑1 (MQ=255)
aCTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGc < 1:2566620/61‑1 (MQ=255)
aCTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGc < 1:1383641/61‑1 (MQ=255)
gTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGctctct < 1:1959019/39‑1 (MQ=255)
gTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGctctct < 1:3560474/39‑1 (MQ=255)
tttATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGa < 1:2678738/63‑1 (MQ=255)
tttATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGGGa < 1:1749166/63‑1 (MQ=255)
ttATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATc > 1:2075243/1‑43 (MQ=255)
ttATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTg > 1:94894/1‑71 (MQ=255)
ttATATCTCCGCAGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTg > 1:2223591/1‑71 (MQ=255)
tataTCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAg > 1:617521/1‑63 (MQ=255)
tataTCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAg > 1:835792/1‑63 (MQ=255)
tataTCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGt < 1:3739320/68‑1 (MQ=255)
tataTCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGt < 1:629577/68‑1 (MQ=255)
tatCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGc > 1:2438005/1‑70 (MQ=255)
tatCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGc > 1:2362368/1‑70 (MQ=255)
tatCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCt < 1:171536/71‑1 (MQ=255)
tatCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTg > 1:2624815/1‑68 (MQ=255)
ctcCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCTaa > 1:3214040/1‑70 (MQ=255)
tcCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTggga > 1:4053089/1‑47 (MQ=255)
tcCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCTAATc > 1:1471041/1‑71 (MQ=255)
cgccgTCGCGTTGATTGGCCCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCTAATc < 1:3186409/69‑1 (MQ=255)
|
ACCGTTCCGCTGGTGGTGGGGTACCTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCTAATC > W3110S.gb/3769845‑3769981
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
