Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
300,691 |
A→G |
40.2% |
V529V (GTA→GTG) |
mdlB → |
fused predicted multidrug transporter subunits and ATP binding components of ABC superfamily |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 300,691 | 0 | A | G | 40.2%
| 30.4
/ 50.4
| 72 | V529V (GTA→GTG) | mdlB | fused predicted multidrug transporter subunits and ATP binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/38); new base G (15/14); total (20/52) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.46e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.54e-01 |
ATTGACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGC > minE/300623‑300759
|
aTTGACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTa > 1:1411970/1‑69 (MQ=255)
gACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGt < 1:1936484/68‑1 (MQ=255)
gACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGt < 1:1700860/68‑1 (MQ=255)
gACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGt < 1:278696/68‑1 (MQ=255)
gACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTg < 1:842515/69‑1 (MQ=255)
gACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTg < 1:136015/69‑1 (MQ=255)
gACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTg < 1:1409302/69‑1 (MQ=255)
gTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCt < 1:2215501/68‑1 (MQ=255)
gTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCt < 1:3010939/68‑1 (MQ=255)
aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTTGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:1227525/58‑1 (MQ=255)
aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:1502438/58‑1 (MQ=255)
aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:2037962/58‑1 (MQ=255)
aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:2203498/58‑1 (MQ=255)
aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:1840581/58‑1 (MQ=255)
aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:1700780/58‑1 (MQ=255)
aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:2618242/58‑1 (MQ=255)
aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:3256273/58‑1 (MQ=255)
aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:3335836/58‑1 (MQ=255)
aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:547977/58‑1 (MQ=255)
aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:983512/58‑1 (MQ=255)
cAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCt < 1:2872670/67‑1 (MQ=255)
cAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTa > 1:1092259/1‑69 (MQ=255)
cAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTa > 1:3314759/1‑69 (MQ=255)
cAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTa > 1:156009/1‑69 (MQ=255)
tCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAt < 1:1293625/69‑1 (MQ=255)
tCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAt < 1:2839023/69‑1 (MQ=255)
tCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAt > 1:1342373/1‑69 (MQ=255)
cAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAt < 1:1503846/68‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGACCATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2105588/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:1672518/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2949197/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2937090/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:3071693/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:3207090/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:1433220/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2604063/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:3402277/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:616377/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:1705179/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:1075887/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2032721/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCAAGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:3371751/69‑1 (MQ=255)
aTGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:1959565/39‑1 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTAttgttg > 1:2960243/1‑68 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTAttgttg > 1:2225548/1‑68 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:32684/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:1927423/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3353573/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:939099/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3301675/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:2775384/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:2805050/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3183564/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:309476/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3093038/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:1546866/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:943073/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3021879/1‑69 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:3010598/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:932282/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:894871/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:2136679/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:785189/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:779700/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:770031/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:638221/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:2220236/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:1308391/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:351162/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:337972/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:2631692/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:1421842/69‑1 (MQ=255)
aCCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCAt > 1:2910957/1‑69 (MQ=255)
aGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGc > 1:587447/1‑69 (MQ=255)
aGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGc > 1:2260364/1‑69 (MQ=255)
aGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGc > 1:3035193/1‑69 (MQ=255)
|
ATTGACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGC > minE/300623‑300759
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
