Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
385,723 |
C→T |
41.0% |
T311T (ACC→ACT) |
cstA → |
carbon starvation protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 385,723 | 0 | C | T | 41.0%
| 24.2
/ 37.0
| 56 | T311T (ACC→ACT) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/22); new base T (6/17); total (17/39) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.14e-01 |
GTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCC > minE/385664‑385775
|
gtcgGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTc < 1:976138/69‑1 (MQ=255)
gtcgGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTc < 1:933172/69‑1 (MQ=255)
gtcgGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTc < 1:1296884/69‑1 (MQ=255)
cgGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTc < 1:2308160/67‑1 (MQ=255)
tCTGGCTGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATgg < 1:2850953/69‑1 (MQ=255)
tCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTc < 1:804578/64‑1 (MQ=255)
tCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATgg < 1:1174296/69‑1 (MQ=255)
tCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATgg < 1:510475/69‑1 (MQ=255)
tCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATgg < 1:225895/69‑1 (MQ=255)
gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:2430149/52‑1 (MQ=255)
gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:752239/52‑1 (MQ=255)
gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:57706/52‑1 (MQ=255)
gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:3171387/52‑1 (MQ=255)
gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:3061038/52‑1 (MQ=255)
gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:1049131/52‑1 (MQ=255)
gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:1556498/52‑1 (MQ=255)
gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:1600349/52‑1 (MQ=255)
gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:1774292/52‑1 (MQ=255)
aGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGccc > 1:2014013/1‑69 (MQ=255)
aGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGccc > 1:3332558/1‑69 (MQ=255)
cATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGt > 1:3276292/1‑69 (MQ=255)
cATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGt > 1:1519098/1‑69 (MQ=255)
ttGATTATGCGCCCGACGCTTACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATgg > 1:1814757/1‑69 (MQ=255)
ttGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATgg > 1:57316/1‑69 (MQ=255)
ttGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATgg < 1:3307314/69‑1 (MQ=255)
aTGCGCCCGCCGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGt > 1:3040153/1‑69 (MQ=255)
aTGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGCCCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGt > 1:379064/1‑69 (MQ=255)
aTGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGt > 1:45448/1‑69 (MQ=255)
aTGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGt > 1:1199497/1‑69 (MQ=255)
aTGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGt > 1:3003512/1‑69 (MQ=255)
gcCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGt > 1:1528621/1‑65 (MQ=255)
gcCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAAcc > 1:3370769/1‑69 (MQ=255)
gcCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAAcc > 1:577768/1‑69 (MQ=255)
gcCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAAcc > 1:1303486/1‑69 (MQ=255)
gcCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAAcc > 1:1059888/1‑69 (MQ=255)
gcCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAAcc > 1:2374634/1‑69 (MQ=255)
cGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTcc < 1:2102480/69‑1 (MQ=255)
cGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTcc < 1:451169/69‑1 (MQ=255)
cGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTcc < 1:2197338/69‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:2208461/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:1860822/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:1971938/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:91980/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:911624/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:845246/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:1309250/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:2157295/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:1497692/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:3002111/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:2212991/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:1856885/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:2282290/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:2306902/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:3323426/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:2513703/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:2516258/68‑1 (MQ=255)
|
GTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCC > minE/385664‑385775
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
