Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
498,627 |
C→T |
51.0% |
intergenic (‑117/+144) |
galE ← / ← modF |
UDP‑galactose‑4‑epimerase/fused subunits of molybdate transporter and ATP‑binding components of ABC superfamily |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 498,627 | 0 | C | T | 51.0%
| ‑5.4
/ 42.8
| 49 | intergenic (‑117/+144) | galE/modF | UDP‑galactose‑4‑epimerase/fused subunits of molybdate transporter and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/9); new base T (2/23); total (17/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.09e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGACATGGAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGATTGCGCTT > minE/498572‑498673
|
tgACATGGAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGAt < 1:2996068/69‑1 (MQ=255)
tgACATGGAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGAt < 1:3161246/69‑1 (MQ=255)
tGGAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATaa < 1:2052874/69‑1 (MQ=255)
gAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATaa > 1:1351934/1‑67 (MQ=255)
gAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATaa > 1:438361/1‑67 (MQ=255)
gAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATaa > 1:1471050/1‑67 (MQ=255)
gAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATaa > 1:3020229/1‑67 (MQ=255)
gAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATaa > 1:2992505/1‑67 (MQ=255)
aTAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc < 1:628920/68‑1 (MQ=255)
aTAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc < 1:873378/68‑1 (MQ=255)
aTAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc < 1:1077832/68‑1 (MQ=255)
aTAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc < 1:2918449/68‑1 (MQ=255)
aTAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc < 1:2558991/68‑1 (MQ=255)
aaTTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc > 1:794066/1‑65 (MQ=255)
aaTTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc > 1:2496178/1‑65 (MQ=255)
aaTTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc > 1:2285903/1‑65 (MQ=255)
aaTTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc > 1:1259792/1‑65 (MQ=255)
aaTTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc > 1:1668718/1‑65 (MQ=255)
aaTTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACagag > 1:1988281/1‑69 (MQ=255)
gAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTatg < 1:1970426/69‑1 (MQ=255)
aTCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTatga > 1:1654898/1‑68 (MQ=255)
aTCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTatga > 1:328470/1‑68 (MQ=255)
aTCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTatga > 1:1943065/1‑68 (MQ=255)
aTCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTatga > 1:2123803/1‑68 (MQ=255)
aaGAATTTAGCCGTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGATTGCGCtt > 1:1547583/1‑69 (MQ=255)
aaGAATTTAGCCGTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATCAATGATTGCGCt > 1:2042536/1‑68 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:153478/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:1315849/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:809441/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:806314/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:135782/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:1374979/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:1406025/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:1998245/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:3265164/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:3212356/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:3208437/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:1493494/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:1511167/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:2937518/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:2657493/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:1954985/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:2415624/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:2118249/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:2204573/51‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATATGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:2644088/51‑1 (MQ=255)
tttttaATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:1789608/50‑1 (MQ=255)
tttttaATATGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:2648035/50‑1 (MQ=255)
aaTGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:2130676/44‑1 (MQ=255)
|
TGACATGGAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGATTGCGCTT > minE/498572‑498673
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
