Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,099,401 |
A→T |
51.9% |
T214S (ACC→TCC) |
ydiM → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,099,401 | 0 | A | T | 51.9%
| 16.9
/ 195.3
| 160 | T214S (ACC→TCC) | ydiM | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (55/22); new base T (35/48); total (90/70) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
TACCTGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGAC > minE/1099333‑1099467
|
tGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCt < 1:2343438/68‑1 (MQ=255)
tGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCt < 1:3352068/68‑1 (MQ=255)
tGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCt < 1:388178/68‑1 (MQ=255)
gTCATAAAGAAAACGACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTGAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta < 1:2094915/69‑1 (MQ=255)
gTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta < 1:3405647/69‑1 (MQ=255)
gTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta < 1:1762484/69‑1 (MQ=255)
gTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta < 1:2024809/69‑1 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCtata > 1:2424602/1‑68 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:588076/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:1009630/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:744512/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:2106947/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:2154980/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:3074500/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:2879768/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:218561/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:1192487/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCACTTATTCCCTatat > 1:211602/1‑69 (MQ=255)
aaGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta < 1:3295222/63‑1 (MQ=255)
aaGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGc > 1:121663/1‑69 (MQ=255)
aaGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGc > 1:1644387/1‑69 (MQ=255)
aaGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGc > 1:3054277/1‑69 (MQ=255)
aaGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGc > 1:77839/1‑69 (MQ=255)
aaGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGc > 1:2085212/1‑69 (MQ=255)
aaGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGc > 1:2741665/1‑69 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:2189342/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:2365960/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:2242992/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:1618126/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:2491819/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:1622064/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:688957/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:1088061/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:1141189/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:2947739/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:291788/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:2754389/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:1326218/65‑1 (MQ=255)
ctctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATgg > 1:1679000/1‑68 (MQ=255)
ctctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATgg > 1:2010452/1‑68 (MQ=255)
ctctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGc > 1:3131302/1‑69 (MQ=255)
ctctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGc > 1:3260967/1‑69 (MQ=255)
ctctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGc > 1:2647492/1‑69 (MQ=255)
ctctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGc > 1:2642660/1‑69 (MQ=255)
ctctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGc > 1:1456798/1‑69 (MQ=255)
ctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATAtctc > 1:2619344/1‑61 (MQ=255)
ctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATAtctc > 1:3232751/1‑61 (MQ=255)
ctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATAtctc > 1:84743/1‑61 (MQ=255)
ctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATAtctc < 1:1159800/61‑1 (MQ=255)
ctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATAtctc > 1:1419967/1‑61 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta > 1:911588/1‑44 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta > 1:2327641/1‑44 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta > 1:2545035/1‑44 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta > 1:1664417/1‑44 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta > 1:569059/1‑44 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGt > 1:3089265/1‑69 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGt > 1:1041581/1‑69 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGt > 1:1449828/1‑69 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGt > 1:1861153/1‑69 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGt > 1:1392544/1‑69 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGt > 1:3388585/1‑69 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGt > 1:3161236/1‑69 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATAACTta > 1:3310708/1‑44 (MQ=255)
gAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGttt > 1:13760/1‑69 (MQ=255)
gAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGttt > 1:1569230/1‑69 (MQ=255)
gAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGttt > 1:708393/1‑69 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCGCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:5705/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCATCGtttt < 1:1304218/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:3244185/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:241008/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:759675/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:840103/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:792249/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:3409721/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:2796819/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:2677679/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:1228619/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:2312266/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:1605402/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:1702274/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:1795235/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGcc > 1:637987/1‑69 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGcc > 1:1117338/1‑69 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGcc > 1:1253224/1‑69 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGcc > 1:1461924/1‑69 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGcc > 1:3146379/1‑69 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGcc > 1:1708242/1‑69 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGcc > 1:2034692/1‑69 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGcc > 1:2629453/1‑69 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGc > 1:698785/1‑68 (MQ=255)
aaTTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:1411146/56‑1 (MQ=255)
tataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACgg > 1:2596236/1‑68 (MQ=255)
ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGAc > 1:1748658/1‑69 (MQ=255)
ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGAc > 1:391699/1‑69 (MQ=255)
ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGAc > 1:2226853/1‑69 (MQ=255)
ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGAc > 1:1317883/1‑69 (MQ=255)
ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGAc > 1:2540763/1‑69 (MQ=255)
ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGAc > 1:822864/1‑69 (MQ=255)
ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGAc > 1:884756/1‑69 (MQ=255)
ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGAc > 1:1018454/1‑69 (MQ=255)
|
TACCTGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGAC > minE/1099333‑1099467
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
