Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F1 I0 R1 4577 57.4 3436498 77.7% 2670158 63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 1,569,367 T→C 21.5% intergenic (‑42/‑294) mntH ← / → nupC manganese/divalent cation transporter/nucleoside (except guanosine) transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,569,3670TC21.5% 211.9 / 44.7 148intergenic (‑42/‑294)mntH/nupCmanganese/divalent cation transporter/nucleoside (except guanosine) transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (74/42);  new base C (11/21);  total (85/63)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-03
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.79e-01

Only 100 of 148 total aligned reads displayed.

CTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATT  >  minE/1569303‑1569434
                                                                |                                                                   
ctctCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCa                                                                 >  1:1070164/1‑69 (MQ=255)
       cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag                                                           <  1:2862237/68‑1 (MQ=255)
       cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag                                                           <  1:57348/68‑1 (MQ=255)
       cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag                                                           <  1:1875734/68‑1 (MQ=255)
       cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag                                                           <  1:187572/68‑1 (MQ=255)
           aTAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATg                                                       >  1:1812342/1‑68 (MQ=255)
                     aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt                                            >  1:3056469/1‑69 (MQ=255)
                     aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt                                            >  1:661934/1‑69 (MQ=255)
                     aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt                                            >  1:3366704/1‑69 (MQ=255)
                     aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt                                            >  1:2145162/1‑69 (MQ=255)
                     aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt                                            >  1:864160/1‑69 (MQ=255)
                       cTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGACAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:1184116/1‑69 (MQ=255)
                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCa                                                >  1:1302944/1‑62 (MQ=255)
                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:3240407/1‑68 (MQ=255)
                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:248616/1‑68 (MQ=255)
                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:2038899/1‑68 (MQ=255)
                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:903031/1‑68 (MQ=255)
                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:2816057/1‑68 (MQ=255)
                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:2764630/1‑68 (MQ=255)
                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:2611832/1‑68 (MQ=255)
                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:734842/1‑68 (MQ=255)
                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:373056/1‑68 (MQ=255)
                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:933557/1‑68 (MQ=255)
                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:613757/1‑68 (MQ=255)
                        ttGTGACTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:2304185/1‑68 (MQ=255)
                         tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt                                         >  1:1659377/1‑68 (MQ=255)
                         tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt                                         >  1:2358350/1‑68 (MQ=255)
                         tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt                                         >  1:91012/1‑68 (MQ=255)
                         tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt                                         >  1:626832/1‑68 (MQ=255)
                         tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt                                         >  1:1272899/1‑68 (MQ=255)
                                ctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgg                                 <  1:1637723/69‑1 (MQ=255)
                                ctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgg                                 <  1:2798690/69‑1 (MQ=255)
                                ctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgg                                 <  1:12837/69‑1 (MQ=255)
                                ctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgg                                 <  1:1959709/69‑1 (MQ=255)
                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                               >  1:468726/1‑67 (MQ=255)
                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                               >  1:2860186/1‑67 (MQ=255)
                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                               >  1:3247538/1‑67 (MQ=255)
                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                               >  1:761329/1‑67 (MQ=255)
                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                               >  1:2651015/1‑67 (MQ=255)
                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                               >  1:2511659/1‑67 (MQ=255)
                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                >  1:838766/1‑67 (MQ=255)
                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                >  1:2566835/1‑67 (MQ=255)
                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGAtt                              >  1:1633603/1‑69 (MQ=255)
                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:743742/67‑2 (MQ=255)
                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:1184053/67‑2 (MQ=255)
                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:1040400/67‑2 (MQ=255)
                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:1691155/67‑2 (MQ=255)
                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:1303250/67‑2 (MQ=255)
                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:945307/67‑2 (MQ=255)
                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:3408834/67‑2 (MQ=255)
                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:3047850/67‑2 (MQ=255)
                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:3316101/67‑2 (MQ=255)
                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:1682017/67‑2 (MQ=255)
                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:3171159/67‑2 (MQ=255)
                                      cATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATtgtg                           <  1:3401306/69‑1 (MQ=255)
                                      cATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATtgtg                           <  1:2939747/69‑1 (MQ=255)
                                          gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa                       >  1:892332/1‑69 (MQ=255)
                                          gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa                       >  1:1619182/1‑69 (MQ=255)
                                          gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa                       >  1:642629/1‑69 (MQ=255)
                                          gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa                       >  1:671242/1‑69 (MQ=255)
                                          gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa                       >  1:2234114/1‑69 (MQ=255)
                                            cTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:802516/58‑2 (MQ=255)
                                                   aTGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGa              <  1:355535/69‑1 (MQ=255)
                                                    tGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTgtggt                         <  1:2655206/57‑1 (MQ=255)
                                                    tGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTgtggt                         <  1:3436166/57‑1 (MQ=255)
                                                        tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg           >  1:392934/1‑67 (MQ=255)
                                                        tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg           >  1:392244/1‑67 (MQ=255)
                                                        tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg           >  1:1605911/1‑67 (MQ=255)
                                                        tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg           >  1:362667/1‑67 (MQ=255)
                                                        tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg           >  1:2905784/1‑67 (MQ=255)
                                                        tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg           >  1:2951029/1‑67 (MQ=255)
                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     <  1:488983/69‑1 (MQ=255)
                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     <  1:2392392/69‑1 (MQ=255)
                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     <  1:2536643/69‑1 (MQ=255)
                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     >  1:2989850/1‑69 (MQ=255)
                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     <  1:1254589/69‑1 (MQ=255)
                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     <  1:764775/69‑1 (MQ=255)
                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     >  1:234400/1‑69 (MQ=255)
                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     <  1:803303/69‑1 (MQ=255)
                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     >  1:169374/1‑69 (MQ=255)
                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     >  1:181000/1‑69 (MQ=255)
                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     <  1:2185579/69‑1 (MQ=255)
                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGAGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     <  1:3119029/69‑1 (MQ=255)
                                                            gCTATGCAAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     >  1:1533596/1‑69 (MQ=255)
                                                             cTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     <  1:2718882/68‑1 (MQ=255)
                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGa    >  1:1993202/1‑67 (MQ=255)
                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  >  1:971833/1‑69 (MQ=255)
                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  <  1:963598/69‑1 (MQ=255)
                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  <  1:848180/69‑1 (MQ=255)
                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  <  1:474236/69‑1 (MQ=255)
                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  <  1:3161022/69‑1 (MQ=255)
                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  >  1:3101831/1‑69 (MQ=255)
                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  >  1:2836892/1‑69 (MQ=255)
                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  <  1:2149595/69‑1 (MQ=255)
                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  <  1:134856/69‑1 (MQ=255)
                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  >  1:1339156/1‑69 (MQ=255)
                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  >  1:1263117/1‑69 (MQ=255)
                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  <  1:1137533/69‑1 (MQ=255)
                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAt   >  1:2517279/1‑68 (MQ=255)
                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAt   >  1:1517601/1‑68 (MQ=255)
                                                                |                                                                   
CTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATT  >  minE/1569303‑1569434

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A