Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,802,502 |
T→C |
29.3% |
pseudogene (726/882 nt) |
ygaY → |
ECK2675:JW5428:b2681; predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,802,502 | 0 | T | C | 29.3%
| 46.0
/ 21.0
| 51 | pseudogene (726/882 nt) | ygaY | ECK2675:JW5428:b2681; predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/26); new base C (5/10); total (15/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.43e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
CGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAA > minE/1802444‑1802556
|
cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:2224835/69‑1 (MQ=255)
cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:2879396/69‑1 (MQ=255)
cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:2713209/69‑1 (MQ=255)
cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:2666240/69‑1 (MQ=255)
cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:2386131/69‑1 (MQ=255)
cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:2255888/69‑1 (MQ=255)
cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:216102/69‑1 (MQ=255)
cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:1013969/69‑1 (MQ=255)
cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:1062859/69‑1 (MQ=255)
cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:1852800/69‑1 (MQ=255)
ttATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACttt < 1:1681233/61‑1 (MQ=255)
ttATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACttt < 1:2834243/61‑1 (MQ=255)
ttATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACttt < 1:3145338/61‑1 (MQ=255)
tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:2409374/1‑69 (MQ=255)
tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:1090038/1‑69 (MQ=255)
tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:586916/1‑69 (MQ=255)
tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:1254825/1‑69 (MQ=255)
tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:700639/1‑69 (MQ=255)
tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:3309446/1‑69 (MQ=255)
tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:1349824/1‑69 (MQ=255)
tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:538178/1‑69 (MQ=255)
tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTATATTGGCCGt > 1:3429227/1‑69 (MQ=255)
tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACAGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:566262/1‑69 (MQ=255)
gATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:925275/68‑1 (MQ=255)
taaTCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc > 1:1329976/2‑69 (MQ=255)
taaTCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc > 1:2784653/2‑69 (MQ=255)
taaTCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc > 1:2801269/2‑69 (MQ=255)
taaTCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc > 1:2048888/2‑69 (MQ=255)
taaTCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcag > 1:1880196/2‑68 (MQ=255)
cAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc < 1:3205150/69‑1 (MQ=255)
cAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc < 1:534913/69‑1 (MQ=255)
cAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc < 1:2850318/69‑1 (MQ=255)
cAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc < 1:2477787/69‑1 (MQ=255)
cAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc < 1:2212165/69‑1 (MQ=255)
cAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc < 1:1676983/69‑1 (MQ=255)
cTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagcctcagc < 1:629697/68‑1 (MQ=255)
cTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagcctcagc < 1:2331291/68‑1 (MQ=255)
cTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagcctcagc < 1:364625/68‑1 (MQ=255)
cTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGACGCCGGTTCGCTAATTtcagcctcagc < 1:554799/68‑1 (MQ=255)
gCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCaa < 1:3412416/69‑1 (MQ=255)
tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:866566/41‑1 (MQ=255)
tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:982691/41‑1 (MQ=255)
tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:3410289/41‑1 (MQ=255)
tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:3041813/41‑1 (MQ=255)
tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:268120/41‑1 (MQ=255)
tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:2640680/41‑1 (MQ=255)
tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:259832/41‑1 (MQ=255)
tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:2496652/41‑1 (MQ=255)
tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:213017/41‑1 (MQ=255)
tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:2046477/41‑1 (MQ=255)
tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGc < 1:3372410/61‑1 (MQ=255)
|
CGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAA > minE/1802444‑1802556
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
