Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F1 I0 R1 4577 57.4 3436498 77.7% 2670158 63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 1,941,429 A→C 45.0% V283V (GTA→GTC)  ygfZ → predicted folate‑dependent regulatory protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,941,4290AC45.0% 8.2 / 113.0 99V283V (GTA→GTC) ygfZpredicted folate‑dependent regulatory protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (22/32);  new base C (4/40);  total (27/72)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-04
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01

Only 100 of 105 total aligned reads displayed.

CTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCA  >  minE/1941362‑1941493
                                                                   |                                                                
cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTTCGGTaa                                                                 <  1:4506/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa                                                                 <  1:829513/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa                                                                 <  1:2554770/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa                                                                 <  1:1639558/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa                                                                 <  1:1420527/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa                                                                 <  1:3091377/69‑1 (MQ=255)
        gACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGaa                                                         <  1:886637/69‑1 (MQ=255)
        gACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGaa                                                         <  1:2657853/69‑1 (MQ=255)
         aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTTGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg                                                        >  1:2767621/1‑69 (MQ=255)
         aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTTAAACTGGAAg                                                        >  1:631966/1‑69 (MQ=255)
         aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg                                                        >  1:2082670/1‑69 (MQ=255)
         aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg                                                        >  1:2280483/1‑69 (MQ=255)
         aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg                                                        >  1:246204/1‑69 (MQ=255)
         aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg                                                        >  1:2527073/1‑69 (MQ=255)
         aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg                                                        >  1:1817069/1‑69 (MQ=255)
         aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg                                                        >  1:1759831/1‑69 (MQ=255)
         aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg                                                        >  1:3417180/1‑69 (MQ=255)
         aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg                                                        >  1:464617/1‑69 (MQ=255)
         aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg                                                        >  1:557508/1‑69 (MQ=255)
         aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg                                                        >  1:579334/1‑69 (MQ=255)
         aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg                                                        >  1:847450/1‑69 (MQ=255)
         aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg                                                        >  1:1004152/1‑69 (MQ=255)
                                  cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGTCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:519845/69‑1 (MQ=255)
                                  cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:3137680/69‑1 (MQ=255)
                                  cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:3091334/69‑1 (MQ=255)
                                  cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:2642188/69‑1 (MQ=255)
                                  cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:2568220/69‑1 (MQ=255)
                                  cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:584760/69‑1 (MQ=255)
                                  cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:669316/69‑1 (MQ=255)
                                  cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:2270857/69‑1 (MQ=255)
                                  cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:2196679/69‑1 (MQ=255)
                                  cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:1055925/69‑1 (MQ=255)
                                  cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:1152911/69‑1 (MQ=255)
                                  cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:1198866/69‑1 (MQ=255)
                                  cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:1365777/69‑1 (MQ=255)
                                   tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:2157028/68‑1 (MQ=255)
                                   tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:961952/68‑1 (MQ=255)
                                   tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:918221/68‑1 (MQ=255)
                                   tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:697855/68‑1 (MQ=255)
                                   tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:610151/68‑1 (MQ=255)
                                   tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:1342832/68‑1 (MQ=255)
                                   tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:494346/68‑1 (MQ=255)
                                   tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:3423880/68‑1 (MQ=255)
                                   tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:1400513/68‑1 (MQ=255)
                                   tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:3202088/68‑1 (MQ=255)
                                   tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:1772097/68‑1 (MQ=255)
                                   tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:2633593/68‑1 (MQ=255)
                                   tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:2604550/68‑1 (MQ=255)
                                   tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:2302118/68‑1 (MQ=255)
                                   tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:236939/68‑1 (MQ=255)
                                               ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa                   <  1:3204123/68‑1 (MQ=255)
                                               ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa                   <  1:3153268/68‑1 (MQ=255)
                                               ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa                   <  1:2966869/68‑1 (MQ=255)
                                               ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGGCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa                   <  1:1100678/68‑1 (MQ=255)
                                                gtacggtgcTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGt                                              >  1:2468555/1‑40 (MQ=25)
                                                gtacggtgcTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGTTTGTCATGAATAACGata                 >  1:724736/1‑69 (MQ=255)
                                                gtacggtgcTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGata                 >  1:543725/1‑69 (MQ=255)
                                                gtacggtgcTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGata                 >  1:2379074/1‑69 (MQ=255)
                                                   cggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTTGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATgg              <  1:1510749/69‑1 (MQ=255)
                                                   cggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATgg              >  1:1231856/1‑69 (MQ=255)
                                                   cggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATgg              >  1:3161361/1‑69 (MQ=255)
                                                     gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa                   <  1:1102767/62‑1 (MQ=255)
                                                     gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa             >  1:2630163/1‑68 (MQ=255)
                                                     gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa             <  1:2040347/68‑1 (MQ=255)
                                                     gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa             <  1:1880487/68‑1 (MQ=255)
                                                     gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa             >  1:1786310/1‑68 (MQ=255)
                                                     gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa             >  1:1480216/1‑68 (MQ=255)
                                                     gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa             >  1:961915/1‑68 (MQ=255)
                                                     gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa             >  1:1782332/1‑68 (MQ=255)
                                                     gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACAATATGGa             <  1:2468377/68‑1 (MQ=255)
                                                      tacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa             <  1:1736467/67‑1 (MQ=255)
                                                        cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg         <  1:2409495/69‑1 (MQ=255)
                                                        cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg         <  1:3033774/69‑1 (MQ=255)
                                                        cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg         <  1:262571/69‑1 (MQ=255)
                                                        cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg         <  1:2355939/69‑1 (MQ=255)
                                                        cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg         <  1:1904611/69‑1 (MQ=255)
                                                        cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg         <  1:2427026/69‑1 (MQ=255)
                                                        cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTATGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg         <  1:1894921/69‑1 (MQ=255)
                                                         tGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg         <  1:2602493/68‑1 (MQ=255)
                                                           gCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGAt      >  1:2344656/1‑69 (MQ=255)
                                                             tGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg    <  1:134520/69‑1 (MQ=255)
                                                             tGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg    <  1:2066487/69‑1 (MQ=255)
                                                              gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg    <  1:437035/68‑1 (MQ=255)
                                                              gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg    <  1:2401249/68‑1 (MQ=255)
                                                              gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGc   <  1:1390851/69‑1 (MQ=255)
                                                              gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGc   <  1:377724/69‑1 (MQ=255)
                                                              gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGc   <  1:1284198/69‑1 (MQ=255)
                                                              gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGc   <  1:2016852/69‑1 (MQ=255)
                                                              gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGc   <  1:756168/69‑1 (MQ=255)
                                                              acGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                               <  1:2462010/40‑1 (MQ=21)
                                                                ggTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa  <  1:3246168/68‑1 (MQ=255)
                                                                 gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa  <  1:1125720/67‑1 (MQ=255)
                                                                 gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa  <  1:2069191/67‑1 (MQ=255)
                                                                 gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa  <  1:770571/67‑1 (MQ=255)
                                                                 gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa  <  1:38183/67‑1 (MQ=255)
                                                                 gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa  <  1:2392986/67‑1 (MQ=255)
                                                                 gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa  <  1:3304616/67‑1 (MQ=255)
                                                                 gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa  <  1:1686048/67‑1 (MQ=255)
                                                                 gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa  <  1:2687396/67‑1 (MQ=255)
                                                                 gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGCATAGCa  <  1:58545/67‑1 (MQ=255)
                                                                   |                                                                
CTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCA  >  minE/1941362‑1941493

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A