Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,239,244 |
A→T |
28.3% |
D406E (GAT→GAA) |
zraS ← |
sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with ZraR |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,239,244 | 0 | A | T | 28.3%
| 118.8
/ 51.3
| 88 | D406E (GAT→GAA) | zraS | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with ZraR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/37); new base T (16/9); total (42/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.26e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTC > minE/2239185‑2239312
|
aCCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGa < 1:1295647/69‑1 (MQ=255)
aCCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGa < 1:484226/69‑1 (MQ=255)
aCCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGa < 1:3357399/69‑1 (MQ=255)
cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:2755895/69‑1 (MQ=255)
cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:818068/69‑1 (MQ=255)
cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:814110/69‑1 (MQ=255)
cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:2298968/69‑1 (MQ=255)
cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:124295/69‑1 (MQ=255)
cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:1504753/69‑1 (MQ=255)
cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:1470643/69‑1 (MQ=255)
cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:3331334/69‑1 (MQ=255)
cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:719838/69‑1 (MQ=255)
aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:2682431/69‑1 (MQ=255)
aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:1547254/69‑1 (MQ=255)
aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:1795945/69‑1 (MQ=255)
aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:3258418/69‑1 (MQ=255)
aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:197722/69‑1 (MQ=255)
aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:2082581/69‑1 (MQ=255)
ggTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGa < 1:2459731/52‑1 (MQ=255)
tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:1911096/69‑1 (MQ=255)
tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:954625/69‑1 (MQ=255)
tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:1998670/69‑1 (MQ=255)
tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:2742163/69‑1 (MQ=255)
tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:3365288/69‑1 (MQ=255)
tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:3419004/69‑1 (MQ=255)
tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:2633865/69‑1 (MQ=255)
tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:1244592/69‑1 (MQ=255)
gAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAt > 1:1132016/1‑69 (MQ=255)
gAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAt > 1:2619373/1‑69 (MQ=255)
gAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAt > 1:1214188/1‑69 (MQ=255)
gAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAt > 1:3100232/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2960404/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2696343/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2661150/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2390231/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1061595/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:229783/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2905332/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:788706/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1937268/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1608634/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1546477/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1876252/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1286296/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:324669/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCAGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:519619/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATACGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:120724/1‑69 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2796513/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:71287/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:7101/1‑40 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:559674/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2799425/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2779903/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:755623/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:52403/1‑40 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:848932/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:936549/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:439393/1‑40 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2327793/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:738368/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1068400/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1338777/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1249156/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:1622281/1‑40 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:162323/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2654470/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:1624298/1‑40 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1195805/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:1788508/1‑40 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:18820/1‑40 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1905160/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1087558/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:2215267/1‑40 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2290870/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:2221247/1‑40 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCt > 1:2127715/1‑39 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCt > 1:47001/1‑39 (MQ=255)
aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCATTTCCCTTACCg > 1:3136209/1‑39 (MQ=255)
aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCcgcg > 1:1735169/1‑69 (MQ=255)
aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCcgcg > 1:1755590/1‑69 (MQ=255)
aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCcgcg > 1:875077/1‑69 (MQ=255)
aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCcgc > 1:1361389/1‑68 (MQ=255)
aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCcgc > 1:579754/1‑68 (MQ=255)
aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCcgc > 1:1307983/1‑68 (MQ=255)
tGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGcgccgc > 1:1798480/1‑69 (MQ=255)
tGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGcgccgc > 1:498613/1‑69 (MQ=255)
tGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGcgccgc > 1:1522939/1‑69 (MQ=255)
gCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCtt > 1:2266359/1‑69 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:460210/69‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1205773/69‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1123135/69‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1398226/69‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1514747/69‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1558404/69‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:379406/69‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:2477566/69‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:262156/69‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:2752726/69‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:2747493/69‑1 (MQ=255)
|
ACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTC > minE/2239185‑2239312
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
