Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,497,272 |
C→T |
42.4% |
L6F (CTC→TTC) |
ivbL → |
ilvB operon leader peptide |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,497,272 | 0 | C | T | 42.4%
| 21.5
/ 46.7
| 66 | L6F (CTC→TTC) | ivbL | ilvB operon leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/17); new base T (15/13); total (36/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
AATATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGGTCGTC > minE/2497223‑2497340
|
aaTATTGTTAAACACAAATCCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCaa > 1:406637/1‑59 (MQ=255)
aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTAGTTCCATGCTCAACGCaa > 1:92070/1‑59 (MQ=255)
aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCaa > 1:2345231/1‑59 (MQ=255)
aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCaa > 1:2414143/1‑59 (MQ=255)
aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCaa > 1:2473548/1‑59 (MQ=255)
aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCaa > 1:2597420/1‑59 (MQ=255)
aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCaa > 1:2709219/1‑59 (MQ=255)
aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCaa > 1:3004272/1‑59 (MQ=255)
aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCaa > 1:581644/1‑59 (MQ=255)
aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTAcc < 1:1288167/69‑1 (MQ=255)
aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTAcc < 1:3368489/69‑1 (MQ=255)
aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTAcc < 1:1659843/69‑1 (MQ=255)
aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTAcc < 1:3422416/69‑1 (MQ=255)
tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCTAAACTACTACCaa > 1:2846942/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCTAAACTACTACCaa > 1:2843075/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:3280945/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:3277213/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:3401564/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:2855186/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:2852890/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:3405449/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:631080/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:2358444/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:105282/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:1038776/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:1715057/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:2035389/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCa > 1:1731514/1‑68 (MQ=255)
atTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAAc > 1:2871312/1‑69 (MQ=255)
cacaAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATc > 1:2048721/1‑69 (MQ=255)
cacaAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATc > 1:1952912/1‑69 (MQ=255)
aaCCAACGAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATccg < 1:1074924/66‑1 (MQ=255)
aaCCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATccg < 1:1301813/66‑1 (MQ=255)
aaCCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATccg < 1:1522953/66‑1 (MQ=255)
aaCCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATccg < 1:1773170/66‑1 (MQ=255)
aaCCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATccg < 1:2607964/66‑1 (MQ=255)
aaCCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATccg < 1:2550130/66‑1 (MQ=255)
aaCCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATccg < 1:2522819/66‑1 (MQ=255)
aaCCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATccg < 1:3402514/66‑1 (MQ=255)
aaCCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATccg < 1:3434159/66‑1 (MQ=255)
aaCCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATccg < 1:1956753/66‑1 (MQ=255)
aaCCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGAAAAACTACTACCAACTGCGCCATccg < 1:3093947/66‑1 (MQ=255)
aCCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCcgccgc < 1:2686689/69‑1 (MQ=255)
ccAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCa < 1:2443875/69‑1 (MQ=255)
acaaGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTg < 1:1119226/69‑1 (MQ=255)
acaaGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTg < 1:2226227/69‑1 (MQ=255)
ctaaTGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATccg < 1:2360285/50‑1 (MQ=255)
taaTGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATccg < 1:488115/50‑1 (MQ=255)
tGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACAAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTcgtgcgtg < 1:894000/69‑1 (MQ=255)
tactTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt > 1:2344061/1‑69 (MQ=255)
ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt < 1:383524/64‑1 (MQ=255)
ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt < 1:350053/64‑1 (MQ=255)
ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt < 1:1387453/64‑1 (MQ=255)
ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt < 1:3142574/64‑1 (MQ=255)
ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt < 1:2731107/64‑1 (MQ=255)
ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt < 1:2514753/64‑1 (MQ=255)
ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt < 1:2513431/64‑1 (MQ=255)
ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt < 1:2429641/64‑1 (MQ=255)
ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGtggtggtgg > 1:2879453/1‑69 (MQ=255)
ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGtggtggtgg > 1:528969/1‑69 (MQ=255)
ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGtggtggtgg > 1:287126/1‑69 (MQ=255)
ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGtggtggtgg > 1:2292091/1‑69 (MQ=255)
ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGtggtggtgg > 1:706338/1‑69 (MQ=255)
ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGtggtggtgg > 1:2833910/1‑69 (MQ=255)
ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGtggtggtgg > 1:1788628/1‑69 (MQ=255)
ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGtggtggtgg > 1:1867912/1‑69 (MQ=255)
cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:106659/1‑69 (MQ=255)
cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:1078729/1‑69 (MQ=255)
cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:21852/1‑69 (MQ=255)
cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:35213/1‑69 (MQ=255)
cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:1238064/1‑69 (MQ=255)
cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:3085525/1‑69 (MQ=255)
cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:3045814/1‑69 (MQ=255)
cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:1592968/1‑69 (MQ=255)
cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:2881257/1‑69 (MQ=255)
cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:1749977/1‑69 (MQ=255)
cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:1754851/1‑69 (MQ=255)
cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgt > 1:1155893/1‑68 (MQ=255)
cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCACCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:66189/1‑69 (MQ=255)
cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCACCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:2503680/1‑69 (MQ=255)
|
AATATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGGTCGTC > minE/2497223‑2497340
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
