Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,894,522 |
A→C |
26.6% |
I189L (ATC→CTC) |
ytfT → |
predicted sugar transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,894,522 | 0 | A | C | 26.6%
| 72.8
/ 32.1
| 60 | I189L (ATC→CTC) | ytfT | predicted sugar transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/24); new base C (5/11); total (25/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.86e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAA > minE/2894458‑2894572
|
aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:1665884/65‑1 (MQ=255)
aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:1626581/65‑1 (MQ=255)
aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:3049394/65‑1 (MQ=255)
aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:280644/65‑1 (MQ=255)
aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:38058/65‑1 (MQ=255)
aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:2661138/65‑1 (MQ=255)
aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGATCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:2251222/65‑1 (MQ=255)
ttCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:3292064/61‑1 (MQ=255)
cGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:2360602/59‑1 (MQ=255)
gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTTTTGa < 1:3105829/69‑1 (MQ=255)
gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:2644570/69‑1 (MQ=255)
gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:1004222/69‑1 (MQ=255)
gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:1924993/69‑1 (MQ=255)
gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:1927566/69‑1 (MQ=255)
gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:1943789/69‑1 (MQ=255)
gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:2189293/69‑1 (MQ=255)
gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGc > 1:2091284/1‑64 (MQ=255)
gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:1182389/1‑69 (MQ=255)
gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:2394035/1‑69 (MQ=255)
gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:2200752/1‑69 (MQ=255)
gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:55289/1‑69 (MQ=255)
gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:2135220/1‑69 (MQ=255)
gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:1791033/1‑69 (MQ=255)
gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:3057169/1‑69 (MQ=255)
tCCTGCCAACGCCAGTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCaaaa > 1:2535254/1‑66 (MQ=255)
tCCTGCCAACGCCAGTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCaaaa > 1:2468155/1‑66 (MQ=255)
tCCTGCCAACGCCAGTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCaaaa > 1:3264130/1‑66 (MQ=255)
tCCTGCCAACGCCAGTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCaaaa > 1:999054/1‑66 (MQ=255)
tCCTGCCAACGCCAGTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCaaaa > 1:973160/1‑66 (MQ=255)
cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:1042834/67‑1 (MQ=255)
cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:1305921/67‑1 (MQ=255)
cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:3048418/67‑1 (MQ=255)
cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:297418/67‑1 (MQ=255)
cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:2393743/67‑1 (MQ=255)
cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:1437075/67‑1 (MQ=255)
cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:3173211/67‑1 (MQ=255)
cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:2559034/67‑1 (MQ=255)
cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:648499/67‑1 (MQ=255)
cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:2413636/67‑1 (MQ=255)
tCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa < 1:312308/69‑1 (MQ=255)
tCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa < 1:365593/69‑1 (MQ=255)
tCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa < 1:2283910/69‑1 (MQ=255)
tCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa < 1:106812/69‑1 (MQ=255)
cATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGCCCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa > 1:216750/1‑68 (MQ=255)
cATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGttt > 1:981461/1‑67 (MQ=255)
cATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa > 1:1598641/1‑68 (MQ=255)
cATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa > 1:946414/1‑68 (MQ=255)
cATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa > 1:602019/1‑68 (MQ=255)
tATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:257635/63‑1 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGgcg > 1:3308291/1‑51 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:3206856/1‑62 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:1018051/1‑62 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:1403559/62‑1 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:961444/62‑1 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:933865/62‑1 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:767865/1‑62 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:76234/1‑62 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:2526805/62‑1 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:473196/62‑1 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:2698200/1‑62 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:2841999/62‑1 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:3381945/62‑1 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:3228444/1‑62 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGaa < 1:589697/69‑1 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGaa < 1:2204739/69‑1 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGaa < 1:188896/69‑1 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGaa < 1:1752371/69‑1 (MQ=255)
aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGaa < 1:1491227/69‑1 (MQ=255)
cTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:607974/52‑1 (MQ=39)
|
ATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAA > minE/2894458‑2894572
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
