Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,972,735 |
G→C |
27.3% |
S178S (TCG→TCC) |
radA → |
predicted repair protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,972,735 | 0 | G | C | 27.3%
| 217.3
/ 88.9
| 151 | S178S (TCG→TCC) | radA | predicted repair protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/80); new base C (23/18); total (52/99) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
AGCATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCA > minE/2972673‑2972788
|
aGCATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAg < 1:1783893/69‑1 (MQ=255)
aGCATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAg < 1:1680411/69‑1 (MQ=255)
aGCATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAg < 1:2004327/69‑1 (MQ=255)
aTCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGAT‑GTAATTGACTCGATCCAGGTGa < 1:2680333/69‑1 (MQ=255)
tCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGa < 1:3111433/69‑1 (MQ=255)
tCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGa < 1:2822190/69‑1 (MQ=255)
tCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGa < 1:1882443/69‑1 (MQ=255)
cGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGa < 1:2614287/68‑1 (MQ=255)
cGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGa < 1:2501066/68‑1 (MQ=255)
cGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGa < 1:3422248/68‑1 (MQ=255)
cGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGa < 1:2846861/68‑1 (MQ=255)
cGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGa < 1:3240278/68‑1 (MQ=255)
gAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATg > 1:3334438/1‑69 (MQ=255)
aCAGTTCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa < 1:1464576/69‑1 (MQ=255)
aCAGTTCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa < 1:1869687/69‑1 (MQ=255)
aCAGTTCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa < 1:1735609/69‑1 (MQ=255)
aCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa < 1:1958764/69‑1 (MQ=255)
aCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa < 1:1926414/69‑1 (MQ=255)
aCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa < 1:2832175/69‑1 (MQ=255)
aCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa < 1:694009/69‑1 (MQ=255)
cAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAtgtg < 1:661362/63‑1 (MQ=255)
cAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa < 1:1409246/68‑1 (MQ=255)
gATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCatat > 1:630305/1‑69 (MQ=255)
gATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCatat > 1:1729965/1‑69 (MQ=255)
tGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCg > 1:3392206/1‑69 (MQ=255)
tGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCg > 1:2397582/1‑69 (MQ=255)
tGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCg > 1:2961976/1‑69 (MQ=255)
tGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCg > 1:2725223/1‑69 (MQ=255)
ttGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTAc > 1:1715881/1‑69 (MQ=255)
ttGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTAc > 1:101601/1‑69 (MQ=255)
ttGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTAc > 1:3040353/1‑69 (MQ=255)
ttGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTAc > 1:1327104/1‑69 (MQ=255)
ttGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTAc > 1:956180/1‑69 (MQ=255)
tGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTa < 1:1904340/67‑1 (MQ=255)
tGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTa < 1:1246203/67‑1 (MQ=255)
tGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTa < 1:2590943/67‑1 (MQ=255)
tGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTa < 1:2010715/67‑1 (MQ=255)
tGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTa < 1:1493379/67‑1 (MQ=255)
tGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTa < 1:3241394/67‑1 (MQ=255)
tGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTa < 1:2467008/67‑1 (MQ=255)
cGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTg < 1:1846131/46‑1 (MQ=255)
aagaagAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCAt < 1:2661909/69‑1 (MQ=255)
aagaagAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCAt < 1:153567/69‑1 (MQ=255)
aagaagAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCAt < 1:3303297/69‑1 (MQ=255)
agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat > 1:3194849/1‑49 (MQ=255)
agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCa > 1:3339548/1‑67 (MQ=255)
agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc > 1:498252/1‑69 (MQ=255)
agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc > 1:1005100/1‑69 (MQ=255)
agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc > 1:2855864/1‑69 (MQ=255)
agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc > 1:411984/1‑69 (MQ=255)
agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc > 1:39713/1‑69 (MQ=255)
agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc > 1:2930536/1‑69 (MQ=255)
agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc > 1:3190467/1‑69 (MQ=255)
agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc > 1:2489954/1‑69 (MQ=255)
agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc > 1:103730/1‑69 (MQ=255)
agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc > 1:1212561/1‑69 (MQ=255)
agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc > 1:2170703/1‑69 (MQ=255)
agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc > 1:214157/1‑69 (MQ=255)
agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc > 1:1340529/1‑69 (MQ=255)
gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat < 1:207703/48‑1 (MQ=255)
gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat < 1:1663112/48‑1 (MQ=255)
gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat < 1:3272972/48‑1 (MQ=255)
gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat < 1:3305064/48‑1 (MQ=255)
gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat < 1:1376792/48‑1 (MQ=255)
gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat < 1:3043716/48‑1 (MQ=255)
gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat < 1:1902187/48‑1 (MQ=255)
gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat < 1:3360693/48‑1 (MQ=255)
gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat < 1:2752032/48‑1 (MQ=255)
gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat < 1:2275336/48‑1 (MQ=255)
gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat < 1:553869/48‑1 (MQ=255)
gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATCCat < 1:3270047/48‑1 (MQ=39)
aagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat < 1:1711937/47‑1 (MQ=255)
agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGAt > 1:1829498/1‑55 (MQ=255)
agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGcc > 1:2558544/1‑69 (MQ=255)
agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGcc > 1:820656/1‑69 (MQ=255)
agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGcc > 1:8314/1‑69 (MQ=255)
agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGcc > 1:341123/1‑69 (MQ=255)
agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGcc > 1:111532/1‑69 (MQ=255)
agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGcc > 1:111483/1‑69 (MQ=255)
agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGcc > 1:710243/1‑69 (MQ=255)
aCCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa < 1:1644839/39‑1 (MQ=255)
ccGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGc < 1:1865270/69‑1 (MQ=255)
ccGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGc < 1:2056872/69‑1 (MQ=255)
ccGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGCATGTACAGTCATCGCCTGGTAGc < 1:496947/69‑1 (MQ=255)
gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa < 1:519067/69‑1 (MQ=255)
gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa < 1:80769/69‑1 (MQ=255)
gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa < 1:995726/69‑1 (MQ=255)
gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa < 1:3158126/69‑1 (MQ=255)
gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa < 1:2596394/69‑1 (MQ=255)
gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa < 1:2462534/69‑1 (MQ=255)
gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa < 1:2408409/69‑1 (MQ=255)
gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa < 1:2204774/69‑1 (MQ=255)
gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa < 1:1754472/69‑1 (MQ=255)
gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa < 1:1632063/69‑1 (MQ=255)
gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa < 1:1010133/69‑1 (MQ=255)
aTGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGTCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa < 1:1209473/68‑1 (MQ=255)
aTGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa < 1:2648806/68‑1 (MQ=255)
aTGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa < 1:2297101/68‑1 (MQ=255)
ggTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa < 1:871295/66‑1 (MQ=255)
ttGACTCGATGCAGGTGTTGCATATGGCGGATGtt < 1:979614/35‑2 (MQ=37)
|
AGCATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCA > minE/2972673‑2972788
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
