Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F54 I1 R1
|
44 |
120.8 |
6135323 |
93.2% |
5718121 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
468,271 |
(T)8→7 |
intergenic (+41/‑112) |
cof → / → ybaO |
thiamine pyrimidine pyrophosphate hydrolase; HMP‑PP phosphatase/putative DNA‑binding transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 468,264 | 0 | T | . | 98.1%
| 464.9
/ 2.0
| 104 | intergenic (+34/‑119) | cof/ybaO | thiamine pyrimidine pyrophosphate hydrolase; HMP‑PP phosphatase/putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base . (64/38); total (66/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.32e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGA > NC_000913/468168‑468359
|
gCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGtttt > 2:1518951/1‑100 (MQ=255)
gTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGttttttt < 1:1353294/100‑1 (MQ=255)
ctcACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGtttttttgcgt > 1:1928565/1‑96 (MQ=255)
ctcACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGtttttttgcgt < 1:272154/100‑5 (MQ=255)
tcACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGtt > 1:424364/1‑100 (MQ=255)
cACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCTCTTCCAGCACCGGGCCATTGCCCGGttgtttgcgtt > 2:203127/1‑93 (MQ=255)
cACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTg < 2:1266439/100‑1 (MQ=255)
cACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTg < 2:3053477/100‑1 (MQ=255)
cACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTg > 1:1293013/1‑100 (MQ=255)
tATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAAt < 1:2000770/100‑1 (MQ=255)
aTTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAAtt > 2:2946188/1‑100 (MQ=255)
ttGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAAtt < 2:1335458/98‑1 (MQ=255)
ttGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTg < 1:3010940/100‑1 (MQ=255)
ttGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTg > 2:2577292/1‑100 (MQ=255)
ttGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTg < 2:1873122/100‑1 (MQ=255)
ttGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTg < 1:628067/100‑1 (MQ=255)
gACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTc > 2:2572231/1‑100 (MQ=255)
gACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑‑TTTTTTGCGTTGAATTTGTCa > 1:1429930/1‑100 (MQ=255)
cGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCAt > 2:365551/1‑100 (MQ=255)
cGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCAt < 1:2527573/100‑1 (MQ=255)
cGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCAt > 2:365541/1‑100 (MQ=255)
cGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCAt > 2:1123216/1‑100 (MQ=255)
cGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTACCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCAt > 2:574266/1‑100 (MQ=255)
gCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCAtt > 1:1740336/1‑100 (MQ=255)
cACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCAttt > 2:1709718/1‑100 (MQ=255)
cACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCAttt > 1:2844384/1‑100 (MQ=255)
ctggctggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTtg < 2:1274939/100‑1 (MQ=255)
ggctggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTtgtg > 1:1121088/1‑100 (MQ=255)
ggctggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTtg > 1:990097/1‑98 (MQ=255)
ggctggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAAATGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTtgtg > 2:2154488/1‑100 (MQ=255)
gctggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTtgtg < 1:2982957/99‑1 (MQ=255)
ctggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGTGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGcc > 1:1268148/1‑100 (MQ=255)
ctggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGcc > 1:2358910/1‑100 (MQ=255)
ggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCgt > 1:1312445/1‑100 (MQ=255)
ggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCgt > 2:298317/1‑100 (MQ=255)
gACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCgtg < 2:513334/100‑1 (MQ=255)
tATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCgtggtg > 2:2856085/1‑100 (MQ=255)
tATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCgtggtg < 2:1079219/100‑1 (MQ=255)
aTCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGgtgt > 2:1229719/1‑100 (MQ=255)
aTCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGgtgt > 2:556982/1‑100 (MQ=255)
aTCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGgtgt > 2:1661649/1‑100 (MQ=255)
tCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGtt > 2:837871/1‑100 (MQ=255)
ccACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGttt > 1:2918880/1‑100 (MQ=255)
cacaTCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTa > 2:1358894/1‑100 (MQ=255)
cacaTCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTa > 1:491877/1‑100 (MQ=255)
tCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAAcc > 2:1721352/1‑100 (MQ=255)
cTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTT‑CTTTTTTTTTTTCATTTTGCGGCGTGGTGTTTAAAc > 1:1847051/1‑98 (MQ=255)
cTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAAcc < 2:838624/99‑1 (MQ=255)
tACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGc > 1:2786349/1‑100 (MQ=255)
aCCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGca > 2:2173144/1‑100 (MQ=255)
aCCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGc > 1:814895/1‑99 (MQ=255)
ccTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGcac < 2:1282711/100‑1 (MQ=255)
ccTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGcac < 1:1721345/100‑1 (MQ=255)
ccTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGca < 1:1769798/99‑1 (MQ=255)
cTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGcaca < 1:6810/100‑1 (MQ=255)
tATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGa < 1:1588048/100‑1 (MQ=255)
aTTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGaa > 1:2397187/1‑100 (MQ=255)
cccccGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATaa < 1:1494546/100‑1 (MQ=255)
cccccGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATaa > 2:788395/1‑100 (MQ=255)
cccccGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATa > 1:502978/1‑99 (MQ=255)
cccGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAAt > 1:1996574/1‑100 (MQ=255)
cccGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTACCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAAt > 2:2163590/1‑100 (MQ=255)
tAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCTTTTAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGt > 1:232840/1‑100 (MQ=255)
naCGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTg > 2:851922/2‑100 (MQ=255)
cgatctaTCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTg < 1:1270692/94‑1 (MQ=255)
aaCGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTg > 2:2798033/1‑100 (MQ=255)
aaCGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAAGTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAGCCGCACAGAATAAATTGTCGTg < 2:179295/100‑1 (MQ=255)
aCGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGa > 2:2629768/1‑100 (MQ=255)
cGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGAt > 2:386884/1‑100 (MQ=255)
gaTCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTc > 2:1690623/1‑100 (MQ=255)
aTCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGagatcg > 2:1270696/1‑95 (MQ=255)
tCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCAc > 2:2196562/1‑100 (MQ=255)
tCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCAc > 2:813783/1‑100 (MQ=255)
cccTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCAcc > 2:533099/1‑100 (MQ=255)
cccTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTGTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCAcc < 1:545813/100‑1 (MQ=255)
cTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCtt > 1:336563/1‑100 (MQ=255)
ttCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCttt > 1:419474/1‑100 (MQ=255)
cAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaa > 2:2972537/1‑100 (MQ=255)
aaaaaCCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaa > 2:505867/5‑100 (MQ=255)
aGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaa < 2:2918899/100‑1 (MQ=255)
cACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaata > 2:810876/1‑100 (MQ=255)
ccGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaataaa > 1:2882329/1‑100 (MQ=255)
ccGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaataaa < 1:164928/100‑1 (MQ=255)
ccGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaataaa < 2:2196034/100‑1 (MQ=255)
ccGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTCTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaataaa < 1:2154478/100‑1 (MQ=255)
cGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTT‑TGTTTAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaataaaa > 1:1914847/1‑100 (MQ=255)
cGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaataaaa < 1:2242182/100‑1 (MQ=255)
cGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaataaaa > 1:1909708/1‑100 (MQ=255)
gCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTa > 2:2455541/1‑100 (MQ=255)
cAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCTTTTAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCCCCTTTAAAATAAAATTa > 1:409493/1‑99 (MQ=255)
cAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTaa > 1:1025993/1‑100 (MQ=255)
cAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTaa > 2:1522321/1‑100 (MQ=255)
aaTTGCCTGG‑TTGTGTTGCGTTGAATTTCTCATATTATCACTTGGTGTTTAAAACGCACAAAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTTAAATAAAAtt < 1:1525342/97‑1 (MQ=255)
aTTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTaaaa < 2:30749/100‑1 (MQ=255)
aTTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTaaaa < 1:772423/100‑1 (MQ=255)
aTTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTaaaa < 1:1119651/100‑1 (MQ=255)
gCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAagag > 2:362170/1‑100 (MQ=255)
gCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAagag > 1:1231291/1‑100 (MQ=255)
cccGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAgaga < 1:2577278/100‑1 (MQ=255)
cccGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAgaga > 2:2684030/1‑100 (MQ=255)
|
GCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGA > NC_000913/468168‑468359
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
