Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F228 I0 R1
|
182 |
117.2 |
5818924 |
93.6% |
5446512 |
99.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,891,662 |
C→T |
71.0% |
P16P (CCC→CCT) |
mdtL → |
multidrug efflux system protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,891,662 | 0 | C | T | 71.0%
| 153.9
/ 78.4
| 113 | P16P (CCC→CCT) | mdtL | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/15); new base T (33/47); total (51/62) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.86e-01 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGG > NC_000913/3891566‑3891759
|
ctTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCctgcc < 1:1138674/100‑1 (MQ=255)
ctTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCctgcc < 2:2408401/100‑1 (MQ=255)
ccacGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGAt > 2:1258360/1‑100 (MQ=255)
ccacGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGa > 1:39107/1‑99 (MQ=255)
ccacGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGAt < 2:2902662/100‑1 (MQ=255)
ccacGTATGCTTTGAGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGa > 1:2450718/1‑99 (MQ=255)
gTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGTTTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTgtt > 2:2202353/1‑98 (MQ=255)
tATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGata > 2:1710061/1‑100 (MQ=255)
tATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGata < 2:2402024/100‑1 (MQ=255)
tATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGata < 1:1687922/100‑1 (MQ=255)
tATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGata > 2:1374871/1‑100 (MQ=255)
tATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGata < 2:1754947/100‑1 (MQ=255)
aTGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGatat < 1:316018/100‑1 (MQ=255)
tGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATg < 1:997953/100‑1 (MQ=255)
tGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATg > 1:279732/1‑100 (MQ=255)
gCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGt > 1:2818944/1‑100 (MQ=255)
tttGCGTCAGCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTa < 1:1910310/99‑1 (MQ=255)
gCGTCACCTTACTATCAGGACGCGTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTc > 1:1251026/1‑100 (MQ=255)
gTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGt > 2:1802591/1‑100 (MQ=255)
gTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGt > 2:36579/1‑100 (MQ=255)
aCCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTgg < 2:1732060/100‑1 (MQ=255)
aCCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTg > 1:799168/1‑99 (MQ=255)
ccTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGt < 1:1339841/100‑1 (MQ=255)
ccTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGt > 1:1888667/1‑100 (MQ=255)
ccTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGt < 2:169593/100‑1 (MQ=255)
ccTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGt > 2:423449/1‑100 (MQ=255)
cTTACTATCGGGACGTTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGtt < 1:2084354/100‑1 (MQ=255)
tACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGAAATGTACCTCGTTGGTTTa > 2:246454/1‑100 (MQ=255)
aCTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTAc < 1:682123/100‑1 (MQ=255)
cTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTAcc > 2:2601779/1‑100 (MQ=255)
cTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTAcc > 2:886392/1‑100 (MQ=255)
aTCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTCCCTCGTTGGTTTACcgc < 2:2692989/100‑1 (MQ=255)
tCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATTCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACcgcg < 1:1547342/100‑1 (MQ=255)
tCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTGCcgcg < 1:1710056/100‑1 (MQ=255)
tCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACcgcg < 2:1791962/100‑1 (MQ=255)
tCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACcgcg > 1:904279/1‑100 (MQ=255)
cAGGACGCTTTAGCTCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCgcgc < 2:661056/100‑1 (MQ=255)
cAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACcgcg < 2:906006/99‑1 (MQ=255)
cAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCgcgc < 1:11578/100‑1 (MQ=255)
ggACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCa < 1:2865145/99‑1 (MQ=255)
ggACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCAt > 2:1979527/1‑100 (MQ=255)
aCGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATcg < 2:465784/100‑1 (MQ=255)
cccTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATcgc > 2:1966767/3‑100 (MQ=255)
cGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATcgc > 2:208808/1‑100 (MQ=255)
cTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCCGGTGTTACTTTATCCTGACGGGATTGATATGTACCTAGTTGGTTTACCACGCATcgccg > 1:2683336/1‑100 (MQ=255)
tttAGGCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATcgccg < 1:278457/99‑1 (MQ=255)
tttAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATcgccgc < 2:2086379/100‑1 (MQ=255)
tttAGCCCATGTCCCGATTTTTGATTTTTAGTTTTTTCCTGGTTGTACTTTAGCCTGCCGGCATTGATATGTACCTGATTGGTTTACCTCGCATcgccgc < 1:1125525/100‑1 (MQ=255)
ttAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCgccgcc > 1:1751024/1‑100 (MQ=255)
aGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGa < 1:1220445/100‑1 (MQ=255)
aGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGa > 1:233984/1‑100 (MQ=255)
gCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGAt < 1:1191761/100‑1 (MQ=255)
gCCCATGTCCCGCTTCTTGATTGGTAGTTTTGCCCTGGTTTGACTTGATCCCGCCGCGATTGTTATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGGAGCgccgcc < 1:1859572/97‑1 (MQ=255)
ccATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGAtct < 2:1213149/100‑1 (MQ=255)
ccATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGAtct < 2:2674244/100‑1 (MQ=255)
cATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCACCGAtctc < 1:1151687/100‑1 (MQ=255)
tGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCaa < 1:505757/100‑1 (MQ=255)
tCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATg < 2:531796/100‑1 (MQ=255)
cccGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTATCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGc > 1:472917/1‑100 (MQ=255)
ccGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGcc > 1:885669/1‑100 (MQ=255)
tttttGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCg > 1:2109170/1‑100 (MQ=255)
tttttGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCg < 2:6735/100‑1 (MQ=255)
tttaTTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGTGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAg < 2:2791669/97‑1 (MQ=255)
ttGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAg < 2:2207855/100‑1 (MQ=255)
ttGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAg < 1:1042644/100‑1 (MQ=255)
ttGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAg > 1:2256808/1‑100 (MQ=255)
tGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAgc > 1:244305/1‑100 (MQ=255)
gATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTCTCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAgcg < 1:1258358/100‑1 (MQ=255)
gATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAgcg > 2:224881/1‑100 (MQ=255)
gATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAgcg > 1:1488411/1‑100 (MQ=255)
ttGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCan < 1:345712/100‑2 (MQ=255)
tGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGt > 2:2417006/1‑100 (MQ=255)
tGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGt > 1:1056482/1‑100 (MQ=255)
tGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGt > 2:2836107/1‑100 (MQ=255)
tAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTg < 1:2838250/100‑1 (MQ=255)
aGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGc < 1:343431/100‑1 (MQ=255)
aGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGc < 2:279147/100‑1 (MQ=255)
gatttGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCa < 2:1503362/98‑1 (MQ=255)
ttttGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCat < 2:910320/100‑1 (MQ=255)
tGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATAtt < 2:1512325/100‑1 (MQ=255)
gCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTg < 2:2840919/100‑1 (MQ=255)
cccTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGc < 1:150303/100‑1 (MQ=255)
cccTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGc < 1:2583072/100‑1 (MQ=255)
ccTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCg < 2:1729538/100‑1 (MQ=255)
ccTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCg > 2:1801656/1‑100 (MQ=255)
cTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTg < 1:804082/97‑1 (MQ=255)
cTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGt < 2:2115589/100‑1 (MQ=255)
gTTTTACTTTATTCCGCCTGGACGCATATGCACCTCCTTGGTTGACCCCGCATCGCCGCCTATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATAGTGCGTtct < 1:1306493/100‑1 (MQ=255)
ttttACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTtctc > 2:1914866/1‑100 (MQ=255)
tttACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTcc < 2:1275983/100‑1 (MQ=255)
tACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGt > 1:2326641/1‑100 (MQ=255)
aCTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGta < 2:2596964/100‑1 (MQ=255)
aCTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGta < 2:244307/100‑1 (MQ=255)
cTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGATGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGtat > 2:1482900/1‑100 (MQ=255)
tttATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGtata > 2:2402745/1‑100 (MQ=255)
ttATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTatat > 2:2361984/1‑100 (MQ=255)
ttATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTatat > 1:1294434/1‑100 (MQ=255)
tATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATc > 1:2837665/1‑100 (MQ=255)
tATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATc < 1:2576815/100‑1 (MQ=255)
tCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTg > 2:1672153/1‑100 (MQ=255)
|
CTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGG > NC_000913/3891566‑3891759
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
