Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F56 I0 R1
|
312 |
170.3 |
8276235 |
93.7% |
7754832 |
99.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,998,129 |
C→T |
51.2% |
pseudogene (700/1137 nt) |
ygeQ ← |
pseudogene, glycosyl hydrolase family 15, part of T3SS PAI ETT2 remnant |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,998,129 | 0 | C | T | 51.2%
| ‑2.3
/ 266.2
| 191 | pseudogene (700/1137 nt) | ygeQ | pseudogene, glycosyl hydrolase family 15, part of T3SS PAI ETT2 remnant |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/52); new base T (43/54); total (84/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.10e-01 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
ATGCTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGCCTTC > NC_000913/2998030‑2998225
|
aTGCTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGc > 2:3878969/1‑100 (MQ=255)
aTGCTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGc < 1:3878994/100‑1 (MQ=255)
gCTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAgtgt < 2:3815125/100‑1 (MQ=255)
cTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGTCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGtt < 2:771931/100‑1 (MQ=255)
cTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTTCCTATCTTTAgtgt > 2:3567043/1‑99 (MQ=255)
cTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGtt > 1:2096282/1‑100 (MQ=255)
cTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGtt < 1:1352744/100‑1 (MQ=255)
cTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGtt > 2:3460086/1‑100 (MQ=255)
tCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTa < 1:3661286/100‑1 (MQ=255)
tCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTa > 1:2306028/1‑100 (MQ=255)
gAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAg < 2:1917723/100‑1 (MQ=255)
tCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTAc < 1:1170581/100‑1 (MQ=255)
ttCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCACAACCGACTTTAATCGGTCACATTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCa > 2:584771/1‑100 (MQ=255)
cATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAgtg < 1:1879366/100‑1 (MQ=255)
aTAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAgtgt > 2:1435306/1‑100 (MQ=255)
aaCATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTg > 1:2433734/1‑100 (MQ=255)
aCATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGa > 2:1481750/1‑100 (MQ=255)
cATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGAt < 1:1512788/100‑1 (MQ=255)
tAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTg > 1:191326/1‑100 (MQ=255)
tAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTg < 2:110378/100‑1 (MQ=255)
gAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCt > 1:1866685/1‑100 (MQ=255)
gAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCt > 1:3356193/1‑100 (MQ=255)
aaTTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTg < 1:662083/100‑1 (MQ=255)
aaTTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTg < 1:2538933/100‑1 (MQ=255)
aaTTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTg < 2:4082478/100‑1 (MQ=255)
aaTTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTg < 2:1574009/100‑1 (MQ=255)
aaTTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTCTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTg < 1:1018386/100‑1 (MQ=255)
aaTTGGCTTGATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTg < 1:4117827/100‑1 (MQ=255)
aaTGGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTg < 2:685750/100‑1 (MQ=255)
ttGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGta < 1:1639730/100‑1 (MQ=255)
ggCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGtata < 2:2513045/100‑1 (MQ=255)
ggCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGtata > 1:3604239/1‑100 (MQ=255)
gCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATaa > 1:2123050/1‑100 (MQ=255)
cgttATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAg < 1:3709893/98‑1 (MQ=255)
cTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAg > 1:1187898/1‑100 (MQ=255)
tttATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAgg > 1:3421476/1‑100 (MQ=255)
tttATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAgg > 1:3476289/1‑100 (MQ=255)
cttATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAgg < 1:79873/99‑1 (MQ=255)
tATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGga > 2:79873/1‑99 (MQ=255)
tATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGgag > 1:2687342/1‑100 (MQ=255)
tCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGAt < 1:54889/100‑1 (MQ=255)
cAGATACGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTCTTGCTTGCTTGTCTAAGGCGATCa > 2:2027695/1‑100 (MQ=255)
cAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCa > 1:295596/1‑100 (MQ=255)
gATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAg < 2:3626301/100‑1 (MQ=255)
aTAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAgg < 2:2228532/100‑1 (MQ=255)
aTAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAgg < 1:424002/100‑1 (MQ=255)
aTAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAgg < 2:2100418/100‑1 (MQ=255)
aaGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTTCCAATCTTCATCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTCTATAAGGAGATCAAGGTa > 2:1204160/1‑100 (MQ=255)
aaGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTa < 1:3325699/100‑1 (MQ=255)
aGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTaa < 1:3195821/100‑1 (MQ=255)
gCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTaaa < 2:1841636/100‑1 (MQ=255)
aaTCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGa < 1:3847223/100‑1 (MQ=255)
aTCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGAc > 1:3168128/1‑100 (MQ=255)
tCAGCAGCGCAACCGCCTTTAATCGGTAACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGAGTTGATTGCTTGTATAAGGAAATTAAGGTAAAGAcc > 2:488009/1‑100 (MQ=255)
tCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGAcc < 1:2573775/100‑1 (MQ=255)
tCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGAcc < 1:1967656/100‑1 (MQ=255)
cagcagCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCt > 2:2379505/1‑100 (MQ=255)
cagcagCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCt < 1:1301076/100‑1 (MQ=255)
agcagcGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTAATAGTACCATTGTTTATTTCTTCTATAAGGAGATCAAGGTAAAGActt > 2:3747601/1‑97 (MQ=255)
gcagcGTAACCGACTTGAAGTGCTCAGGCTTGTGCAAAACTTCAGCGTTAATAGTAGCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGGGATCAAgg < 2:3582847/89‑1 (MQ=255)
cagcGCAACCTACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATCGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTaaa < 2:2722508/100‑1 (MQ=255)
gcgcAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTTTTGATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGTTTTTATATTGTGTTCAAGGTAAAGACCTa > 2:1014783/1‑96 (MQ=255)
gcgcAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGc < 1:1041688/100‑1 (MQ=255)
cgcAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGca < 2:3231556/100‑1 (MQ=255)
gcAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGcat > 2:1526883/1‑100 (MQ=255)
cAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTTTTTTTTTTCATTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGCGATCAAGGTAAAGACCTAAAGcatc > 2:10284/1‑100 (MQ=255)
agccGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAg < 2:2632877/93‑1 (MQ=255)
aCCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGcatcat > 2:3059450/1‑100 (MQ=255)
ccGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCAtt > 1:959131/1‑100 (MQ=255)
aCTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTg < 2:3854235/100‑1 (MQ=255)
aCTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTg < 1:1556630/100‑1 (MQ=255)
cTTTAATCGGTCACGTTTTTGCAAATCTTCAGGGTGAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTg < 2:1935949/99‑1 (MQ=255)
cTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGt > 1:739920/1‑100 (MQ=255)
ttAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGttt > 1:2941301/1‑100 (MQ=255)
ttAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGtt < 2:914738/99‑1 (MQ=255)
aTCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATg < 1:3179285/100‑1 (MQ=255)
tCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATgg < 1:226578/100‑1 (MQ=255)
ggTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGtt < 2:3509975/100‑1 (MQ=255)
gTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTc > 2:526738/1‑100 (MQ=255)
gTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTc < 2:3623637/100‑1 (MQ=255)
tCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTcc < 2:4137849/100‑1 (MQ=255)
tCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTcc < 2:2432571/100‑1 (MQ=255)
cACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCca < 2:3200426/100‑1 (MQ=255)
cACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCca > 1:2465204/1‑100 (MQ=255)
cTTTTTGCCAATCTTAAGCGTTAATAGTACAAGTGTTGGTTGATTGTATACGGAGATCAAAGTAAAGAGCTAAAGGATCATTTTGTTTATGGttgccc > 2:3698796/1‑94 (MQ=255)
tttttGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAATACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTcc < 2:2815961/95‑1 (MQ=255)
ttGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGc < 2:1236487/100‑1 (MQ=255)
tGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATTATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCg < 2:3734918/100‑1 (MQ=255)
gCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCgg < 1:1793447/100‑1 (MQ=255)
gCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCgg > 2:662557/1‑100 (MQ=255)
ctaaTCTTCAGCGTTAATAGTCCCATTGTTGATTGCTTGTATAAGGTGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGc < 1:822012/98‑1 (MQ=255)
ccAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGc > 2:3950445/1‑100 (MQ=255)
ccAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGc > 1:2853704/1‑100 (MQ=255)
ccAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGc < 1:2452273/100‑1 (MQ=255)
aTCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTg < 2:1256701/100‑1 (MQ=255)
cTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGcc < 1:603724/100‑1 (MQ=255)
ttCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGCct > 1:1400194/1‑100 (MQ=255)
tCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTTCTTGTATATGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTACACAGCTGCGGCTTGCctt < 2:3387196/100‑1 (MQ=255)
cAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGATATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGCcttc < 2:958967/100‑1 (MQ=255)
cAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGCcttc > 2:2990773/1‑100 (MQ=255)
|
ATGCTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGCCTTC > NC_000913/2998030‑2998225
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
