Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F56 I1 R1
|
165 |
53.8 |
2611523 |
96.4% |
2517508 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,070,609 |
T→C |
K212K (AAA→AAG) |
fbaA ← |
fructose‑bisphosphate aldolase, class II |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,070,609 | 0 | T | C | 94.7%
| 184.3
/ 0.6
| 57 | K212K (AAA→AAG) | fbaA | fructose‑bisphosphate aldolase, class II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base C (28/26); total (29/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.11e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 |
ACGCAGGATGGTCGGAGTCAGAACCACGTTACCCGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATTTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCACGCCGTCTTCTTCACCA > NC_000913/3070516‑3070705
|
aCGCAGGATGGTCGGAGTCAGAACCACGTTACCCGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTc < 1:1200526/100‑1 (MQ=255)
aCGCAGGATGGTCGGAGTCAGAACCACGTTACCCGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTc < 1:151235/100‑1 (MQ=255)
ggATGGTCGGAGTCAGAACCACGTTACCCGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTc < 2:3574/100‑1 (MQ=255)
aTGGTCGGAGTCAGAACCACGTTACCCGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCgg < 2:581171/100‑1 (MQ=255)
ggTCGGAGTCAGAACCACGTTACCCGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGgtg > 2:441052/1‑100 (MQ=255)
gTCGGAGTCAGAACCACGTTACCCGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGgtgt > 2:578698/1‑100 (MQ=255)
nggAGTCAGAACCACGTTACCCGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTAt > 2:1250829/2‑100 (MQ=255)
cGGAGTCAGAACCACGTTACCCGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTAt > 2:1249698/1‑100 (MQ=255)
tgAGTCAGAACCACGTTACCCGGCATGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTa > 2:214767/2‑98 (MQ=255)
tCAGAACCACGTTACCCGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATTTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTa < 1:729310/100‑1 (MQ=255)
cAGAACCACGTTACCCGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTaa > 1:174066/1‑100 (MQ=255)
aGAACCACGTTACCCGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAAt < 2:938080/100‑1 (MQ=255)
ccACGTTACCCGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATTTTGCTCAGGTCGGTGTATGCGTAATCAAc < 2:948018/100‑1 (MQ=255)
cACGTTACCCGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACg < 1:1279604/100‑1 (MQ=255)
aCCCGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTcc < 1:383352/100‑1 (MQ=255)
cccGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATTTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCg > 2:272969/1‑100 (MQ=255)
cccGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCg > 2:64871/1‑100 (MQ=255)
cccGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCg > 1:536306/1‑100 (MQ=255)
cccGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCg > 2:237654/1‑100 (MQ=255)
cccGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCg > 1:1031252/1‑100 (MQ=255)
ccGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCAgg > 1:107615/1‑100 (MQ=255)
cGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGc > 2:1121611/1‑100 (MQ=255)
cGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGc < 1:1011859/100‑1 (MQ=255)
gCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTg < 1:693795/100‑1 (MQ=255)
gCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTg < 2:14928/100‑1 (MQ=255)
ttGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTggg < 2:216502/100‑1 (MQ=255)
tGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGgt > 1:113481/1‑100 (MQ=255)
acacCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACa > 1:1190188/1‑100 (MQ=255)
acCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGt < 2:493000/100‑1 (MQ=255)
acCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGt < 2:493026/100‑1 (MQ=255)
ccGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTg < 2:174064/100‑1 (MQ=255)
cgatctcGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGc < 1:975804/94‑1 (MQ=255)
tgtACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAg < 1:1015502/100‑1 (MQ=255)
aCGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAg > 1:961032/1‑100 (MQ=255)
cGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGatcg > 2:975796/1‑97 (MQ=255)
ccGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGatcggaaga > 2:268211/1‑92 (MQ=255)
ccGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCa < 2:1021016/100‑1 (MQ=255)
ccGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCa > 1:632913/1‑100 (MQ=255)
ccGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCa > 2:82790/1‑100 (MQ=255)
gAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCAtg > 1:1234622/1‑100 (MQ=255)
gAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCAtg > 1:389320/1‑100 (MQ=255)
cGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGACTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCtg > 1:812734/1‑100 (MQ=255)
cTGCGATGGTGCCACGCGGGCTGATCTTGATGCGTTAGGTGTATGCGTCCTCAGCGTATTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCtgt < 2:107613/99‑1 (MQ=255)
cTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCtgtt > 1:982134/1‑100 (MQ=255)
tGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCtgttg < 1:840056/100‑1 (MQ=255)
tGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTACTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCtgttg < 1:344639/100‑1 (MQ=255)
cGATGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTc > 2:1064460/1‑100 (MQ=255)
tGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCAc > 1:587033/1‑100 (MQ=255)
tGGTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCAc > 1:587659/1‑100 (MQ=255)
ggTGAAACGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCACg > 1:680633/1‑100 (MQ=255)
aaCGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGCGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCACGCCGtc < 2:362071/100‑1 (MQ=255)
aCGCGGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCACGCCGtct < 2:548204/100‑1 (MQ=255)
cgcgGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCACGCCGtctt < 1:628075/100‑1 (MQ=255)
cgGGCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCACGCCGtcttct < 1:223252/100‑1 (MQ=255)
gggCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCACGCCGTcttctt < 1:689891/100‑1 (MQ=255)
ggCTGATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCACGCCGTCttcttc < 2:5702/100‑1 (MQ=255)
gATCTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCACGCCGTCTTCTTcacca > 1:343482/1‑100 (MQ=255)
|
ACGCAGGATGGTCGGAGTCAGAACCACGTTACCCGGCTTGTAAACACCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATTTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCACGCCGTCTTCTTCACCA > NC_000913/3070516‑3070705
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
