Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F50 I2 R1
|
257 |
49.9 |
1554294 |
99.0% |
1538751 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,554,511 |
T→C |
L476P (CTG→CCG) |
malT → |
mal regulon transcriptional activator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,554,511 | 0 | T | C | 100.0%
| 163.0
/ NA
| 47 | L476P (CTG→CCG) | malT | mal regulon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (22/25); total (22/25) |
GAAGTTAACACCCTGCTAGCCCGTGCTGAACATGAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTGGCGCTAATGCAGCAAACCGAACAGATGGCACGCCAGCACGATGTCT > NC_000913/3554363‑3554654
|
gAAGTTAACACCCTGCTAGCCCGTGCTGAACATGAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCgg < 2:468037/151‑1 (MQ=255)
aaGTTAACACCCTGCTAGCCCGTGCTGAACATGAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCgg > 2:693767/1‑150 (MQ=255)
aaGTTAACACCCTGCTAGCCCGTGCTGAACATGAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCgg > 1:256869/1‑150 (MQ=255)
acacCCTGCTAGCCCGTGCTGAACATGAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCt > 2:455967/1‑151 (MQ=255)
cccTGCTAGCCCGTGCTGAACATGAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAAAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTTGCGATTAACGATGGTAATCCGGATTAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTgc < 2:188876/150‑1 (MQ=255)
ccTGCTAGCCCGTGCTGAACATGAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTgccg < 1:646937/151‑1 (MQ=255)
tGCTAGCCCGTGCTGAACATGAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTgccgcc > 1:420266/1‑151 (MQ=255)
gCTAGCCCGTGCTGAACATGAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTgccgcc < 2:43374/150‑1 (MQ=255)
gCTAGCCCGTGCTGAACATGAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGccgccg < 1:455916/151‑1 (MQ=255)
cccGTGCTGAACATGAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTg > 2:320281/1‑151 (MQ=255)
ccGTGCTGAACATGAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTgg > 2:104675/1‑151 (MQ=255)
cATGAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGcc < 2:291021/151‑1 (MQ=255)
cATGAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGcc > 1:613510/1‑151 (MQ=255)
tGAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGc > 2:456470/1‑151 (MQ=255)
gAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGc > 1:649766/1‑150 (MQ=255)
aTCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATtg > 2:328978/1‑151 (MQ=255)
cAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATtgtg > 1:309091/1‑151 (MQ=255)
cAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATtgtg < 2:734582/151‑1 (MQ=255)
aGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGc < 1:598441/151‑1 (MQ=255)
cAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCg < 1:360058/151‑1 (MQ=255)
acCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTg < 1:119432/151‑1 (MQ=255)
cATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGaa < 2:178857/151‑1 (MQ=255)
gCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGtg < 2:400803/151‑1 (MQ=255)
cAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGctgca < 1:449538/151‑1 (MQ=255)
aaCGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAg < 1:188940/151‑1 (MQ=255)
cGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGc < 1:213232/151‑1 (MQ=255)
gCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCg < 2:119786/151‑1 (MQ=255)
gCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCg > 1:655980/1‑151 (MQ=255)
gcgcCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGAc < 2:130174/151‑1 (MQ=255)
gcgcCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGAc > 1:203746/1‑151 (MQ=255)
gTGGCGATTAACGATGGTAATCCAGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCAc < 2:140725/151‑1 (MQ=255)
tGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACt > 2:490712/1‑151 (MQ=255)
gCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTgg < 1:76378/151‑1 (MQ=255)
aCGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTGGCGCTAAt > 1:333833/1‑151 (MQ=255)
aTGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTGGCGCTAATgc > 1:459237/1‑150 (MQ=255)
gTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTGGCGCTAATgcagca < 2:491920/151‑1 (MQ=255)
ccGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTGGCGCTAATGCAGCAAACCg < 1:442588/151‑1 (MQ=255)
cGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTGGCGCTAATGCAGCAAAcc < 2:723373/149‑1 (MQ=255)
gATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTGGCGCTAATGCAGCAAACCGaa > 2:486411/1‑150 (MQ=255)
gAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGAATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTGGCGCTAATGCAGCAAACCGAAc > 2:574086/1‑148 (MQ=255)
aGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTGGCGCTAATGCAGCAAACCGAACAGATg > 1:302676/1‑151 (MQ=255)
ggAACGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTGGCGCTAATGCAGCAAACCGAACAGATGGc > 1:350366/1‑150 (MQ=255)
cGGCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTGGCGCTAATGCAGCAAACCGAACAGATGGCACGcc < 2:43394/151‑1 (MQ=255)
gCTGGCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTGGCGCTAATGCAGCAAACCGAACAGATGGCACGcc > 2:46403/1‑149 (MQ=255)
ggCAAAACTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTGGCGCTAATGCAGCAAACCGAACAGATGGCACGCCAGc < 2:302567/149‑1 (MQ=255)
aaaaCTGGCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTGGCGCTAATGCAGCAAACCGAACAGATGGCACGCCAGCACGAt > 1:199891/1‑151 (MQ=255)
ggCACCGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTGGCGCTAATGCAGCAAACCGAACAGATGGCACGCCAGCACGATGTCt < 2:431287/149‑1 (MQ=255)
|
GAAGTTAACACCCTGCTAGCCCGTGCTGAACATGAAATCAAGGACATCAGAGAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCGGATGAAGCGGAACGGCTGGCAAAACTGGCACTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAGTGCTGCACTGCAAAGGCGAATTGACCCGCTCACTGGCGCTAATGCAGCAAACCGAACAGATGGCACGCCAGCACGATGTCT > NC_000913/3554363‑3554654
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
