Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F50 I1 R1
|
163 |
55.0 |
1534755 |
98.6% |
1513268 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,232,230 |
T→C |
C129C (TGT→TGC) |
cdd → |
cytidine/deoxycytidine deaminase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,232,230 | 0 | T | C | 100.0%
| 204.3
/ NA
| 55 | C129C (TGT→TGC) | cdd | cytidine/deoxycytidine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (30/25); total (30/25) |
CGGAACCTGGTATTTCGGTGCCAATATGGAATTTATTGGTGCGACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGTGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTGGGCCGAAAGATCTGGAGATTAAAACGCTGCTGATG > NC_000913/2232086‑2232374
|
cGGAACCTGGTATTTCGGTGCCAATATGGAATTTATTGGTGCGACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAGCTACACGCCTTGCGGTCAc > 1:226828/1‑151 (MQ=255)
cGGAACCTGGTATTTCGGTGCCAATATGGAATTTATTGGTGCGACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCAc > 1:76317/1‑151 (MQ=255)
gAACCTGGTATTTCGGTGCCAATATGGAATTTATTGGTGCGACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTg > 2:44823/1‑151 (MQ=255)
cTGGTATTTCGGTGCCAATATGGAATTTATTGGTGCGACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGt > 1:460997/1‑151 (MQ=255)
gTATTTCGGTGCCAATATGGAATTTATTGGTGCGACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTc > 1:510149/1‑149 (MQ=255)
ctGCCACTATGGAATTTATTGGTGCGACAATGCAGCAAACCGGTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTat > 2:193659/2‑148 (MQ=255)
cAATATGGAATTTATTGGTGCGACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTAtgaatgaa < 1:321593/151‑1 (MQ=255)
atGGAATTTATTGGTGCGACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAAtgaactga < 2:546353/151‑1 (MQ=255)
gAATTTATTGGTGCGACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAAtgaactgaac > 1:518234/1‑150 (MQ=255)
ttATTGGTGCGACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCgg > 2:537168/1‑151 (MQ=255)
tATTGGTGCGACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGt > 2:610130/1‑151 (MQ=255)
aTTGGTGCGACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTc < 1:221736/151‑1 (MQ=255)
aTTGGTGCGACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTc < 2:35573/151‑1 (MQ=255)
gTGCGACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTgg > 2:329590/1‑150 (MQ=255)
cGACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCt < 2:117181/151‑1 (MQ=255)
gACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTg < 1:598908/151‑1 (MQ=255)
cAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCg > 2:422491/1‑151 (MQ=255)
aaTGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGt < 2:11434/151‑1 (MQ=255)
cagcaAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTc < 2:30301/151‑1 (MQ=255)
gcaAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCAt > 1:213543/1‑151 (MQ=255)
aaCCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTg < 1:157966/151‑1 (MQ=255)
tCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCggg < 1:55492/150‑1 (MQ=255)
cATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGcc > 1:500907/1‑151 (MQ=255)
aaCAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGc > 2:701368/1‑151 (MQ=255)
gcgcGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACAcgc < 2:512686/151‑1 (MQ=255)
aTCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGc < 2:653110/151‑1 (MQ=255)
aTCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGc < 2:213535/151‑1 (MQ=255)
cAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGt > 1:335979/1‑151 (MQ=255)
cACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACt > 2:349083/1‑151 (MQ=255)
cGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTAt > 2:743083/1‑151 (MQ=255)
ccTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCt > 2:580849/1‑151 (MQ=255)
tGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGc > 1:430217/1‑151 (MQ=255)
ggTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGcc < 1:293525/151‑1 (MQ=255)
gAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGcc > 2:559910/1‑147 (MQ=255)
aGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATg < 1:407189/151‑1 (MQ=255)
gtggtgAAAAAGCGGTTGCAGCCTTTACCGTTAACTTCACCCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCa < 2:220266/146‑1 (MQ=255)
gtggtgAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGc < 1:329603/151‑1 (MQ=255)
ggtgAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCt > 1:264921/1‑151 (MQ=255)
ggtgAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCt < 1:602297/151‑1 (MQ=255)
gAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCttt < 2:504384/150‑1 (MQ=255)
gAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTg > 2:363812/1‑151 (MQ=255)
aaaaaGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTgg < 1:568851/151‑1 (MQ=255)
aaaaaGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTgg > 1:105111/1‑151 (MQ=255)
cTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTGGGCCGaa > 1:300479/1‑149 (MQ=255)
tGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTGGGCCGAAAg < 1:29984/149‑1 (MQ=255)
gCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTGGGCCGaa > 1:699376/1‑146 (MQ=255)
gCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTGGGCCGaa > 2:681038/1‑146 (MQ=255)
gCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTGGGCCGaa > 2:508169/1‑146 (MQ=255)
aGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTGGGCCGAAAGATCTg < 1:101770/151‑1 (MQ=255)
gTTAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTGGGCCGAAAGATCTGGAGATTaaa > 2:301615/1‑150 (MQ=255)
ttAACTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTGGGCCGAAAGATCTGGAGATTAAAAc > 1:756121/1‑151 (MQ=255)
aaCTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTGGGCCGAAAGATCTGGAGATTAAAACgc > 2:331979/1‑151 (MQ=255)
aCTACACGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTGGGCCGAAAGATCTGGAGATTAAAACgct < 2:48789/151‑1 (MQ=255)
acacGCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTGGGCCGAAAGATCTGGAGATTAAAACgctg < 2:371133/149‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTGGGCCGAAAGATCTGGAGATTAAAACGCTGCTGATg < 1:717824/151‑1 (MQ=255)
|
CGGAACCTGGTATTTCGGTGCCAATATGGAATTTATTGGTGCGACAATGCAGCAAACCGTTCATGCCGAACAAAGCGCGATCAGCCACGCCTGGTTGAGTGGTGAAAAAGCGCTTGCAGCCATCACCGTTAACTACACGCCTTGTGGTCACTGCCGTCAGTTTATGAATGAACTGAACAGCGGTCTGGATCTGCGTATTCATCTGCCGGGCCGCGAGGCACACGCGCTGCGTGACTATCTGCCAGATGCCTTTGGGCCGAAAGATCTGGAGATTAAAACGCTGCTGATG > NC_000913/2232086‑2232374
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
