Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F50 I1 R1
|
170 |
39.5 |
1266514 |
99.2% |
1256381 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,314,744 |
T→C |
T161A (ACT→GCT) |
yciE ← |
putative rubrerythrin/ferritin‑like metal‑binding protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,314,744 | 0 | T | C | 98.0%
| 189.5
/ ‑4.0
| 51 | T161A (ACT→GCT) | yciE | putative rubrerythrin/ferritin‑like metal‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (27/23); total (28/23) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
CAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAATAGTG > NC_000913/1314596‑1314887
|
cAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGctt > 2:196471/1‑151 (MQ=255)
cGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCag > 2:562439/1‑149 (MQ=255)
aTAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCg < 2:383033/151‑1 (MQ=255)
gTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAAtt > 1:150481/1‑150 (MQ=255)
ccTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAAt > 1:631050/1‑151 (MQ=255)
ccGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCa < 2:360593/150‑1 (MQ=255)
ccGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCa < 1:230971/150‑1 (MQ=255)
tGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAgttg > 2:131214/1‑151 (MQ=255)
aTGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGa > 1:50993/1‑150 (MQ=255)
tctcAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATAtt > 1:179202/1‑151 (MQ=255)
cagcagGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCt < 2:231859/150‑1 (MQ=255)
cagcagGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTg > 2:340732/1‑151 (MQ=255)
agcagGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGa < 1:364402/151‑1 (MQ=255)
atatCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGc > 2:413919/1‑151 (MQ=255)
cGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAg < 1:186182/150‑1 (MQ=255)
cGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAg < 2:602153/150‑1 (MQ=255)
cGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAg < 1:462393/150‑1 (MQ=255)
cGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGt > 2:35888/1‑151 (MQ=255)
gTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGc < 2:140808/128‑1 (MQ=255)
gTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGc > 1:140811/1‑128 (MQ=255)
ttAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGc < 2:602644/150‑1 (MQ=255)
aTTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAAGCAGCCAGTCGGCCAtt < 2:205144/151‑1 (MQ=255)
ccGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGc > 2:607938/1‑151 (MQ=255)
cacaAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCttt > 2:21112/1‑151 (MQ=255)
aaaCGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTc > 1:397949/1‑151 (MQ=255)
aaaCGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTc > 2:611395/1‑151 (MQ=255)
aCGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCAt > 1:424250/1‑151 (MQ=255)
gACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCAttt > 1:238456/1‑151 (MQ=255)
aaTATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGc > 1:197378/1‑151 (MQ=255)
aCGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCg > 1:289324/1‑150 (MQ=255)
ggTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGt < 2:626654/151‑1 (MQ=255)
ggTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGt < 1:590842/151‑1 (MQ=255)
tCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTg > 1:590526/1‑151 (MQ=255)
aGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTg < 1:377171/151‑1 (MQ=255)
ggACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGa < 2:556873/151‑1 (MQ=255)
gACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGa > 1:370424/1‑150 (MQ=255)
ataAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTAt < 1:9120/150‑1 (MQ=255)
aaGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCAcc > 2:103432/1‑151 (MQ=255)
aaGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCAcc < 1:219993/151‑1 (MQ=255)
aGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCg < 1:63707/151‑1 (MQ=255)
attattTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCAtt > 2:24408/1‑151 (MQ=255)
attattTCTTCGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCAt < 2:113299/150‑1 (MQ=255)
ttcttcGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCAtttttt < 2:346363/150‑1 (MQ=255)
tcttcGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTtgc > 1:1585/1‑151 (MQ=255)
ttcGCTTCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTtgct > 1:456592/1‑150 (MQ=255)
ttCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTgctgctgct > 2:6461/1‑151 (MQ=255)
tCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTgctgctgct > 1:440864/1‑150 (MQ=255)
tCTACGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTgctgctgct > 1:420381/1‑150 (MQ=255)
aCGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTa < 2:353279/148‑1 (MQ=255)
aCGCCATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAAt < 2:451375/150‑1 (MQ=255)
ccATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAATAGTg < 1:610155/151‑1 (MQ=255)
ccATCAGCTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAATAGTg > 1:210441/1‑151 (MQ=255)
|
CAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAATAGTG > NC_000913/1314596‑1314887
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
