Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
747,404 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 747,404 | 0 | A | T | 99.0%
| 449.3
/ NA
| 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (83/110); minor base G (2/0); total (87/111) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 747,405 | 0 | G | C | 99.5%
| 461.4
/ NA
| 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (86/110); total (87/111) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 747,406 | 0 | C | G | 99.0%
| 450.7
/ NA
| 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (83/111); total (87/111) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.87e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
GTCTGCAACGAGCCATGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGC‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCAGCCGCCGCACCGTACGTAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCAGTAGC‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTG > CP042583/747126‑747685
|||
tCTGCAACGAGCCATGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCAc < 1:1004183/288‑1 (MQ=255)
aGCCATGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTTCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACcgtacgttc > 1:715823/1‑286 (MQ=255)
gCCATGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCGATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACcgtacgttcg < 1:256660/288‑4 (MQ=255)
gCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACcgtacgttcg < 2:2195331/273‑4 (MQ=255)
gCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACcgtacggtcg > 1:2195331/1‑269 (MQ=255)
ccACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcgg > 1:1873055/1‑289 (MQ=255)
cACGCGTATAGGCGAGAAACGGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTACTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcgg < 1:1439519/288‑1 (MQ=255)
gcgTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 1:2062348/289‑1 (MQ=255)
ggTATAGGCGGGAGACTGTCACTGGAAGATCGCGGTGGTGGCTATAGGCTGGTGCTGGAGAGCGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGGTGGGATTCGTTAGGCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCAGTCG‑CCGATTAGCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 2:1821085/287‑1 (MQ=255)
gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTTACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTTGGAtt > 1:1278829/1‑289 (MQ=255)
aactgtcacTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTg < 1:801599/280‑1 (MQ=255)
gtcacTGAAAGGACTCGGTCGGGACTATAAGCGGGTGCTGAAGAACGGGCGCTTGGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTa < 2:1719308/285‑1 (MQ=255)
aaaGACCTCGGTCTGGACTATAAGCTGGTGCTGGAGAACGGCCGCTGTGTGACGGGCGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCAAGTCG‑CCGATTATCCTCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCg < 1:1034389/289‑1 (MQ=255)
aCTCGGTTGTGACTGTGAGCTGGTGCTGAAGAACGTGCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCgctgct < 1:1179521/289‑1 (MQ=255)
ggTGACGATAAGCGTGTGCTGAAGAACGGACGGTGTGTGGGGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCa < 2:2152359/287‑1 (MQ=255)
aCTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 1:1478961/248‑1 (MQ=255)
taAGGTGGTGCGGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCGGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATc < 2:1983408/289‑1 (MQ=255)
aaGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATTGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATc > 1:2210375/1‑288 (MQ=255)
gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTTGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCCCCCA‑AGCGCCGATTATCATCCTTACCGGCCAGCCGTTGAGCAGCCCTGAATATGGCTTTCTGCCAGTTCCTATTTTCGGGGCGTTAATTTCGGGTTACTTGCCGGTAGCGCGTCTGACCTCCCCCCGCCCCGCACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCCGGCCGACTCTGCTTGGTCCTTTGGTCGCCTCTGCGGCCACGGTTagctcctcg > 2:211887/1‑280 (MQ=255)
gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGGTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCCCCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTTTGATTGGTGTATTGGTCGCTGCTGGGGCAACGGTTATctcattg > 1:765157/1‑282 (MQ=255)
gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcg > 2:760877/1‑282 (MQ=255)
tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGGTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTTG‑CCGATTATCATCATTAACGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGGTAATTGCGGGTAACTTTCTGTTGGCTCGTCTGACCTCTCGCCGCCCCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGGGGCTGGCCGATTATGATTGGGCTATTTGTCGTGGCCGCGGCAACGGTGATctcatcgc > 2:939328/1‑281 (MQ=255)
tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGCCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcctcgc > 1:879935/1‑281 (MQ=255)
tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGAGTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCCACGGTTATctcatcgc > 1:181044/1‑281 (MQ=255)
tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCCATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCCCGTCTTACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTTTTATGGGCGGCCGGCCGATTTTGACTGGTTTATTGGGCGCTGCTGTCGCCACGGTTATcccctccc > 2:2054803/1‑281 (MQ=255)
gaagaaCGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGGGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTTCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTGATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGAGCGTCTGACCGCGCGCCGCACCGTACGGTCGCTGATTATTTTGGGCGGGTGGGCGAGTAGGGTTTGTATATTTGTTGGTGGTGGGGGGACGGGTATctcatcgcacgcg > 1:1669062/1‑277 (MQ=255)
cGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTa > 1:322243/1‑289 (MQ=255)
tgGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTg < 2:1065532/288‑1 (MQ=255)
ggCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGc < 1:913690/288‑1 (MQ=255)
ggCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGc < 1:1591001/288‑1 (MQ=255)
gCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGcc < 1:1688294/288‑1 (MQ=255)
gggCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGt < 1:1404261/288‑1 (MQ=255)
gcgctggcggtgGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTa < 1:357636/288‑1 (MQ=255)
gcgctggcggtgGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTa < 2:322243/288‑1 (MQ=255)
gcgctggcgctgGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTa < 1:18969/288‑1 (MQ=255)
gcgctggcgctgGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTa < 1:1538433/288‑1 (MQ=255)
gctggcgctggGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGt > 1:926188/1‑289 (MQ=255)
tggcgctggGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGGAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCCGCTGCGGCAACGGTTATC‑TTATCGC‑ACGCGTATTTTTGGATGACTGCAGGGTTAAGTAt > 2:220839/1‑289 (MQ=255)
cgctggGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTAttt < 2:1352756/288‑1 (MQ=255)
gctggGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTa < 2:918970/288‑1 (MQ=255)
gctggGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTAt < 1:183857/289‑1 (MQ=255)
ctggGGTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTAt < 1:1177091/288‑1 (MQ=255)
tggGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGAGTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGtt > 2:711528/1‑239 (MQ=255)
aTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCttt < 1:1757733/288‑1 (MQ=255)
tCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCgg > 1:1121744/1‑289 (MQ=255)
ccGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACTTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTTCCGGGTTAAGGATTTATGCTTTCGGGATTGGttggg > 2:1654934/1‑285 (MQ=255)
cGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑C‑ACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGc < 1:1204802/289‑1 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A