Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
747,404 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 747,404 | 0 | A | T | 97.3%
| 413.9
/ NA
| 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (77/101); minor base C (4/1); total (81/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 747,405 | 0 | G | C | 99.5%
| 416.3
/ NA
| 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (79/102); total (81/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 747,406 | 0 | C | G | 97.8%
| 405.9
/ NA
| 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (75/102); total (81/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
TCTGCAACGAGCCATGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGCCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑AGCCGCCGCACCG‑TACG‑TAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑AGTAGCCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCT > CP042583/747127‑747680
|||
tCTGCAACGAGCCATGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCAc < 1:1632927/288‑1 (MQ=255)
aTGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAACCTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACcg‑tacg‑ttcgctga < 1:997744/289‑8 (MQ=255)
ccACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGggcgg > 1:679967/1‑289 (MQ=255)
cACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACGGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGggcgg < 1:1942174/288‑1 (MQ=255)
gcgTATAGGCGGTAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGGGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 1:940429/289‑1 (MQ=255)
gcgTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 2:679967/289‑1 (MQ=255)
gTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGc < 2:1174223/288‑1 (MQ=255)
gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 1:1195608/288‑1 (MQ=255)
gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 1:1040878/288‑1 (MQ=255)
gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 1:1561457/288‑1 (MQ=255)
aaactgtcacTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGGGCTGGCGCTGGGGTTCGTTTGGCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCCCTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCCGCTGGGCCGCTATGAATCTGGCTTGCTGCATGTGCCTATTTTCAGGGCGTTCATTTCTGGGTTCTTGTCTTTAGCGCGTCTGACC‑TCCTGCCGGACCGTTCCT‑TTGCCT‑CCTATTTTGGGGTGCTGGACGGTTATGATTg > 2:1494145/10‑289 (MQ=255)
aaactgtcacTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATTGGCGGCTGGCCGATTATGATTg > 1:1957616/10‑289 (MQ=255)
gtcacTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCCGGGCGTTAATTTCGGGTTACTGGCTGTTAGCGCGTTTGACC‑CCGCGCCTCACCG‑TACGTTTGCGTG‑GTATTATTGGCGGCGGGCCGACTAtggttggtgtt > 2:519521/5‑286 (MQ=255)
gacacTGAGAGAACTGTGTGGTGACGATAGGCTGGTGCTGAAGAGCGGCTGGTTTGTGGCGGGGGCGCGGGCTCTTGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGTGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTCCCGGCGAGCAGTTGGGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTa < 2:1117058/285‑1 (MQ=255)
tCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGc < 1:1347599/288‑1 (MQ=255)
tCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCa > 1:1152331/1‑289 (MQ=255)
cGTGACTATTAGCGGGTGGTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGGCCTGGGGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCa < 2:1805252/288‑1 (MQ=255)
cTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACcg‑tacg‑ttcg < 1:587290/226‑4 (MQ=255)
tataAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACcg‑tacg‑ttcgctga < 1:22515/229‑8 (MQ=255)
aaGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCCGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTTAGCAGCCATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTTGCGCGTCTTACC‑TCTCGCCGCCCCG‑TGCG‑GTCGGTGTGTATTTTGGGTGGCTGGCCGGTTATGGTTGGTCTCTTTGTCGCTGCTTGGGCGACGGTTTTc > 2:1445835/1‑288 (MQ=255)
tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTTGGATTCGTTAGTCTGCCGTTTCTGGCGGGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTTCTGCAAGTGCCCATTTTTGGGGCGTTAATTTCGGGTAACTTGCTGTTTGCGCGTTTGACCTCGCCG‑CGCACCC‑TACG‑TTCGCTGGTTATTATTGGCGGGTGGCCGGTTGTGATTGGTCTCTTTGTCGCTTGTGCCGGAACGGTTATctcctcgg > 2:279434/1‑281 (MQ=255)
tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgc > 1:1769052/1‑281 (MQ=255)
gCTGAGGACCGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgca < 1:1925676/288‑9 (MQ=255)
gCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgca < 1:708589/288‑9 (MQ=255)
gCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgca < 2:1276177/288‑9 (MQ=255)
cGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTa > 1:824955/1‑289 (MQ=255)
cGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTa < 1:1989598/289‑1 (MQ=255)
cGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGa < 1:436333/289‑1 (MQ=255)
ggtttGGGGCGGGGGGGCTGGCGCGGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGTTCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGAt < 2:1938490/287‑1 (MQ=255)
gCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGAt < 1:557794/289‑1 (MQ=255)
gggCGGTGACGCTGTCGTTGGCATTCCTTGCTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCGAGTCTCCGATTATCATCATTACCGGCGGGCAGTTGAGCAGCTATTAATATGGCTTGCTTCAAGTGCCTTTTTTCGGGGCTGTCATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTGATGGATGACTg < 2:965150/287‑1 (MQ=255)
gCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 2:1246924/213‑1 (MQ=255)
gCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGcc < 1:1932150/288‑1 (MQ=255)
ggggCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCgggg > 1:1220762/1‑288 (MQ=255)
ggcgctggcgctGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGtt < 2:552399/288‑1 (MQ=255)
cgctggcgctggGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTaa < 1:896933/288‑1 (MQ=255)
tggcgctggGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑CCATCGCACGCGTATTTTTTGTTTACTGCCGGGTTCAGttt > 2:1201422/1‑287 (MQ=255)
tggATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCTCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCt < 1:1494145/288‑1 (MQ=255)
ggATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCtt > 1:1302165/1‑289 (MQ=255)
aTTCGTTGGTCTGCCGGTGCTGGGGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGGTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCttt < 2:1745515/288‑1 (MQ=255)
tGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTa < 2:655144/282‑1 (MQ=255)
tGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTa > 1:655144/1‑282 (MQ=255)
gCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTa < 2:1331289/262‑1 (MQ=255)
ccGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCTGCGCGCAGTTGAGCAGCTATGCATATGGCTCGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCCTCTGGTC‑TCGCCCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCCGGCCGAGTATGATTGTGCTATTGGTCGCTTCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGTC‑CGTGTATTTATGGATGACCTCTGGGCTCAGTATTTATGCTTGCGGTATTGGTCTg > 2:444971/1‑288 (MQ=255)
ccGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCttt > 1:281487/1‑275 (MQ=255)
ccGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTg > 1:1373994/1‑288 (MQ=255)
cGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGGGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGc < 2:1152331/289‑1 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
