Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
747,404 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 747,404 | 0 | A | T | 100.0%
| 465.4
/ NA
| 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (93/106); total (93/106) |
| * | CP042583 | 747,405 | 0 | G | C | 99.5%
| 461.5
/ NA
| 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (93/105); total (93/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 747,406 | 0 | C | G | 99.5%
| 454.7
/ NA
| 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (92/106); total (93/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
CTGCAACGAGCCATGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGCCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCAGCCGCCGCACCGTA‑CGTAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCAGTAGC‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTG > CP042583/747128‑747685
|||
aTGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACcgta‑cgttcgctga < 2:1267571/289‑8 (MQ=255)
tGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGAGAGAACCTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACcgta‑cgttcgctgat < 1:818267/289‑9 (MQ=255)
gCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCCAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGGAAATTGATGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGggcg > 1:695206/1‑289 (MQ=255)
ccACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGggcgg > 1:835071/1‑289 (MQ=255)
ccACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCCATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGGAACTTGCTGTTAGCGCGGCTGACCTCCCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGGTTATTATGggcgg > 1:613744/1‑289 (MQ=255)
gcgTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 1:746931/289‑1 (MQ=255)
cgTATAGTCGAGAAACTGGCACTTGAAGAACTCGGTCGTGACGATAAGCTGGTGCTGAAGACCGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCGGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 2:1220738/288‑1 (MQ=255)
gagaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCCGGCGCCGCTTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGGTAATTGCGGGTAACTTGTTGTTAGCGCGTCTGTCCTCGCGCCGCCCCGTACCGTCG‑CTGGTTTTTTTGGGGGGCTGG‑CCggtgttgg > 2:405083/1‑282 (MQ=255)
gaagctgtcacTGAAGGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGAt < 2:328453/278‑1 (MQ=255)
gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGAt < 1:1828897/288‑1 (MQ=255)
actgtcacTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGTTCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGt < 1:166060/282‑1 (MQ=255)
gtcacTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGGTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCCTCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTTCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTTCGGGTAACTTGCTGTTTGCGCGTCTGACCTCGCGCCCCACCGTT‑CGGTCGCTGATTTTTATGGGCCGCCGG‑CCGTTTCTGATTGGGCTa > 2:77627/5‑289 (MQ=255)
accgAAAGAACTCGGGCGGGACTAAAAGCTGGTGCTGAAGGACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGTGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTc < 2:1401618/281‑1 (MQ=255)
aGAATTCGGTGGTGACTATAAGCTGGGGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCgct < 2:1372410/289‑1 (MQ=255)
aaCTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCAc < 1:1787749/229‑1 (MQ=255)
aCTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCgctgct < 2:1723365/289‑1 (MQ=255)
cTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGATGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGGA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTTTGATTGGGCTATTGGTCgc > 1:1401618/1‑284 (MQ=255)
cGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCa < 1:1371665/288‑1 (MQ=255)
cGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCa < 2:1095020/288‑1 (MQ=255)
tGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGTTTGCGTGGATCGCCCAGACGCCGATTATCATCATTACCGTCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTTCCAATTCCTATTTTCGGGGGGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGGCTGCACTCGCGCCCCACcgta‑cgttcg > 2:1787749/1‑226 (MQ=255)
gCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCCAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTTCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCCGGTTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctca > 1:1164413/1‑286 (MQ=255)
gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGAt > 1:908721/1‑242 (MQ=255)
gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGAt < 2:908721/242‑1 (MQ=255)
gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcg > 1:998799/1‑282 (MQ=255)
gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGGTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCCAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCCCCCCGTA‑CGTTCGCCGATTATTATGGGCGGCTGGCCCGATT‑TGGTTGGGCTATGTGTCCCTGCTGCGGGCACGGGTATctcacac > 2:1681018/1‑282 (MQ=255)
tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgc > 1:1546250/1‑281 (MQ=255)
gCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgca < 1:267371/288‑9 (MQ=255)
ggtgtgtgGCGGCGGGGCTGGCGTGTGTATTGTTTAGTCGGCCGTTGCTGGCGGGGAGCGCGCAGTCGCCGGTTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGAt < 2:292895/285‑1 (MQ=255)
cttgggggCGGGGGCGGTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGAt < 2:1546250/282‑1 (MQ=255)
cTTTGGGGCGGGGGGGCTGGCGCTGGGTTTCGTTGGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGAt < 2:19522/288‑1 (MQ=255)
gCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGcc < 1:1098646/288‑1 (MQ=255)
gCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGcc < 1:318127/288‑1 (MQ=255)
ggggCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGt > 1:560275/1‑289 (MQ=255)
gggCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGtt > 1:845499/1‑289 (MQ=255)
ggcgctggcgctGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGtt < 1:1799744/288‑1 (MQ=255)
gggATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgca < 2:360977/249‑9 (MQ=255)
gggATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgca > 1:360977/1‑241 (MQ=255)
aTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCttt < 1:167161/288‑1 (MQ=255)
aTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCttt < 2:435519/288‑1 (MQ=255)
cTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTa < 1:406140/283‑1 (MQ=255)
tGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTgg > 1:481079/1‑286 (MQ=255)
ccGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGGTCTCTCATCG‑CACGCGTAGTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTAGGTATTGGTCTgg > 1:42539/1‑289 (MQ=255)
cGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGGGCAGTTGGGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGc < 2:1856427/289‑1 (MQ=255)
gtGGCGCGGATCGCCCAGGTGCGGATTATCTACATTACCGGCGGGCGGTTGAGCACTTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATg < 2:1759322/288‑1 (MQ=255)
cGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCggg > 1:736600/1‑289 (MQ=255)
gTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGa < 1:1347928/289‑1 (MQ=255)
tCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGGGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGt < 1:1869226/289‑1 (MQ=255)
tCGCCCAGTCGCCGATTATCATCAGTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAGGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGCCCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGAGGATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGt < 1:1458831/289‑1 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
