Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,781,546 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,781,546 | 0 | A | T | 98.7%
| 514.4
/ NA
| 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (115/104); minor base C (3/0); total (119/105) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,781,547 | 0 | G | C | 98.7%
| 508.0
/ NA
| 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); major base C (117/102); minor base A (1/2); total (119/105) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 1,781,548 | 0 | C | G | 98.2%
| 506.4
/ NA
| 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (115/105); total (119/105) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
TGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTAGTGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCAGCCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCTCTGCCAAAAGATGTCACCTGCGAACTGGAACGTACCGCAATCTCCCTTCCGGCGGAGCTTACCTTAAATCGCTTTACCCCCGATGGGCTGGCGCAAAGTCAGGTGTTACATCGGCTGGCAATACTGGAGAT > CP042583/1781270‑1781826
|||
tgttATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCCCCGATTaaaa > 2:1701619/1‑288 (MQ=255)
cacCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGa > 1:1058185/1‑288 (MQ=255)
cacCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGa > 1:1894805/1‑288 (MQ=255)
tACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAAcgcg > 1:846236/1‑288 (MQ=255)
tACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACgcgc < 1:570161/289‑1 (MQ=255)
tACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACgcgc < 2:1782953/289‑1 (MQ=255)
tACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCAGACACTACCGTTACGCACTGACTGGCCGGAGGCCATAGCAGGCTCGCTGGTTAAAGAAGCCCTGAAcggg > 1:1708941/1‑286 (MQ=255)
aGTGAAAACCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAACCTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGt < 1:1654332/289‑1 (MQ=255)
aaaGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCCGGATGCCATAGCAGGCCCGCTGATTAAAGAAGCCCTTAACTCGCCGGTGCCg > 2:1909547/1‑289 (MQ=255)
aGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCCTACCCTACCGTTACGCCCTGACTGGCTGGATTGCATCTCAGGCTCGCTGCTTAAAGAACCCCTGAACCAGCCGGTCCCGtc > 2:1468284/1‑288 (MQ=255)
aGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTg > 1:903550/1‑289 (MQ=255)
cgcCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAAGGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGTGTGCAGAAGGCCGGAGAACAACTGCTAAAAACGAGCTTTACGCGTTTGCGCCAGCAAAAATTGCCCGCTTCTACTGCGGATAGGGCTGCCGCTCATCTGATTGCGATGGCGCGGGACCAGTTCGGCGGTGTTACCCTACCTTGACGCACCGATGGGCGGGAGGCCACGGCAGGCCCCGCGTTTAAAGAAGCCATCACCGCGcctgggcagtgtg > 2:747287/1‑278 (MQ=255)
tggtgtgtcAGGATACCTTTCGGGATGACATGGCCCGGTATGGCAAATCGCGTCGTGGGAGTGGGGCTTGCGGAAGGCCGGTGAACAACTCCTAAAAACTAGCCTTACCCGTTTCCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGGGGATATGGCTGCCTCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATcg < 2:1602172/280‑1 (MQ=255)
tGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCgcggcg < 2:277353/288‑1 (MQ=255)
aagATACCTTTCCGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGGGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTCCCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCAGCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTAtt < 2:153152/287‑1 (MQ=255)
ggacacccttcaagAACGCCCGCCCCGATATGGCAAAACTGGGGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACTACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCGGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCGCATCTGCATGCGAGGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGGGCTATCGCGGCGTTAtt < 2:169306/275‑1 (MQ=255)
aTACCTTTCGGGAATGCCTGCCCCGGTATGGAAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTAtt < 1:130035/286‑1 (MQ=255)
aTACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTAtt < 1:217835/286‑1 (MQ=255)
aTACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTAtt > 2:1227047/1‑286 (MQ=255)
aTACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTAtt < 1:935673/286‑1 (MQ=255)
tttcaggAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGa > 2:252266/6‑289 (MQ=255)
ttcaggAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGAt > 2:326472/5‑289 (MQ=255)
caggAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATAc < 1:326472/287‑1 (MQ=255)
gAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCCCGGCGTTATTCCTCCCGATCccg > 2:1888290/1‑288 (MQ=255)
aTGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACACCTGCTAAAACCTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATAccgat < 2:1779770/288‑1 (MQ=255)
gccCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATAccgatccgat > 1:1338172/1‑287 (MQ=255)
cAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCTGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTg < 1:1028095/288‑1 (MQ=255)
aaaCTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATa < 1:341371/289‑1 (MQ=255)
aaaCTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATa < 2:707300/289‑1 (MQ=255)
aaCGGGTGCGGGCAGTGTGGCTTGCGGTAGGCCGCGACACAATAGCTAGAAACTAGCCTTACCCGTTTGGGCCAGTGCAAGTTGCCTGCGTGGACCGGGGATATGGCGGCCGTTCAGCTGCATGCGACGGCGCTGGCACGGTGGCGCGGTCATACACTACCGTGACGCACTGCGTGGCTGGATGCCAGAGCAGGCTGGCGGATTAAAGATGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGGTCCGATTCTGCTAACGTTgggag < 2:1869640/289‑5 (MQ=255)
ctgggggtggtggTGGGGCTTGCAGAAGGGCGGGGAACAGTTGGTAAAAGCTATCGTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTGCTACCGCGGGTATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCAGACACTACCGTTACGAACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGac < 2:1742978/277‑1 (MQ=255)
cTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGac < 1:1594018/289‑1 (MQ=255)
cTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGac < 1:1480897/289‑1 (MQ=255)
gTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATTCCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAgcccca > 2:1858764/1‑284 (MQ=255)
tGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACAt > 1:898288/1‑289 (MQ=255)
tGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAg < 1:1143509/289‑1 (MQ=255)
ggggCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTg > 1:1280467/1‑288 (MQ=255)
gAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCgg < 2:898288/288‑1 (MQ=255)
gggCCGCAGAACAACTGCTAAAACCTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCGCAAATTGCCCGCGTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCCGGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGGCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCgg < 2:701451/285‑1 (MQ=255)
aGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCgg < 2:490016/286‑1 (MQ=255)
aGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCgg < 1:508373/286‑1 (MQ=255)
ggCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGCCTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTTAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGCTTCTGCTAATGGTGATATACACATTAACGGGTCACGGATGCGGTaaa > 2:72665/1‑289 (MQ=255)
gTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCg > 2:1034039/1‑191 (MQ=255)
gTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCg < 1:1034039/191‑1 (MQ=255)
cTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTa < 1:1679128/289‑1 (MQ=255)
gCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACg < 1:1050475/289‑1 (MQ=255)
cTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTAATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTc > 2:781425/1‑284 (MQ=255)
cTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTAATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTc < 1:781425/284‑1 (MQ=255)
tCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGc > 1:545804/1‑288 (MQ=255)
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aCCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCTCTg > 1:838799/1‑288 (MQ=255)
aCCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCTCTg > 1:466662/1‑288 (MQ=255)
aCCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTACCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTACCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCCCTg > 2:850347/1‑288 (MQ=255)
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tGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTAtt < 2:812995/185‑1 (MQ=255)
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aTTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACA‑‑‑‑CGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCTCTGCCAAAAGATGTCACCTGCGAACTgg > 2:1751061/1‑289 (MQ=255)
aTTGCCCGCTGCTACCGGCGATATGGCTGCCGCTACTCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTGGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGGGGCGTTATTCATCCCGAGACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCTCTGCCAAAAGATGTCACCTGCGaa < 2:795637/289‑1 (MQ=255)
cTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCTCTGCCAAAAGATGTCACCTGCGAACTGGAACg > 1:47869/1‑289 (MQ=255)
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cGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCTCTGCCAAAAGATGTCACCTGCGAACTGGAACGTACCGCAATCTCCCTTCcggc < 1:886552/288‑1 (MQ=255)
aTCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTaa > 1:704219/1‑165 (MQ=255)
tCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCTCTGCCAAAAGATGTCACCTGCGAAATGGAACGTACCGCAACCCCCCTTCCGGCGGGGCtt > 2:1074425/1‑289 (MQ=255)
cgcTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCTCTGCCAAAAGATGTCACCTGCGAACTGGAACGTACCGCAATCTCCCTTCCGGCGGAGCTTACCTTAAATCGCtt > 1:825349/1‑289 (MQ=255)
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tggATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCTCTGCCAAAAGATGTCACCTGCGAACTGGAACGTACCGCAATCTCCCTTCCGGCGGAGCTTACCTTAAATCGCTTTACCCCCGATGGGCTGGCGCAAAGTCAGGTGTTACATCGGCTGGCAAt > 1:917634/1‑289 (MQ=255)
ggATGCCATGTGAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCTCTGCCAAAAGATGTCACCTGCGAACTGGAACGTACCGCAATCTCCCTTCCGGCGGAGCTTACCTTAAATCGCTTTACCCCCGATGGGCTGGCGCAAAGTCAGGTGTTACATCGGCTGGCAAt < 2:1057100/288‑1 (MQ=255)
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tGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCATGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCTCTGCCAAAAGATGTCACCTGCGAACTGGAACGTACCGCAATCTCCCTTCCGGCGGAGCTTACCTTAAATCGCTTTACCCCCGATGGGCTGGCGCAAAGTCAGGTGTTACATCGGCTGGCAATACTg > 1:1854554/1‑289 (MQ=255)
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tAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCTCTGccca > 1:1565421/1‑163 (MQ=255)
tAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCTCTGCCaa < 2:1565421/165‑1 (MQ=255)
|||
TGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTAGTGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCAGCCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCTCTGCCAAAAGATGTCACCTGCGAACTGGAACGTACCGCAATCTCCCTTCCGGCGGAGCTTACCTTAAATCGCTTTACCCCCGATGGGCTGGCGCAAAGTCAGGTGTTACATCGGCTGGCAATACTGGAGAT > CP042583/1781270‑1781826
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
