Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F9 I0 R1
|
70 |
77.5 |
1840812 |
85.2% |
1568371 |
224.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,295,700 |
T→G |
19.9% |
V407G (GTG→GGG) |
gltP → |
glutamate/aspartate:proton symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,295,700 | 0 | T | G | 19.9%
| 195.9
/ 4.2
| 93 | V407G (GTG→GGG) | gltP | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/50); new base G (20/3); total (40/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.28e-07 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGT‑GATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCAT > NC_000913/4295475‑4295936
|
gCATTGACCTGTCCAGCCGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTgg < 1:765024/239‑1 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACGGTATCCTCGACATGCGGGCG‑ACTCCGCCGACCGTGGGGGGTAATGCGCCGGCGGGTCCTGCGCTTG‑GCAAGTggggg > 2:66996/1‑237 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGATTT‑CCAAGTGGGa > 1:679049/1‑238 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTGGGGATTGCCCAAGGGGGa > 1:6683/1‑239 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGAGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTGGTGATTG‑CCCAGTgggga > 1:236269/1‑237 (MQ=255)
gcccTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCGGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAac‑a < 1:272224/237‑1 (MQ=255)
tCCATCTGGCAGGAAATCCTTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTGTTCCGCTGGAAGGGCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTCACGCGCTGAACGTGGTGGTGAATGCCCTGGCGGGGGTGGTGGTAG‑CCCAGGGGGGactacaatt > 2:580311/1‑232 (MQ=255)
tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGGAGGTCTGGCGTTTATGGTTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACCACGCTGAACGGGGTGGGTAATGCGCTGCCGGGCCTGTGGATTT‑CCAAGTGGGAAA‑CCAAAtt > 2:916926/1‑239 (MQ=255)
tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTTCGGGGGGTTG‑CCAAGGGGGGACAACAAAt > 2:180181/1‑239 (MQ=255)
tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGAATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGGGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTT‑CCAAGTGGGAAC‑CCAAAtt > 1:367804/1‑239 (MQ=255)
tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGCCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCGGAAGGGGGTGGGTAAGGGGGTGGCGGTGCTGGGGGTTG‑CCCAAAGGGAAC‑ACaaaat > 2:806822/1‑237 (MQ=255)
tGGCAGGAAATCATTTTGGTGCTGCCGGTGATGGTGACATCGAATGGGATTGCTGGCGTGCTTGG‑CGTGTCTGTTGTGGGGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCg < 1:742958/239‑1 (MQ=255)
ggCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCGGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTGGGGTTTT‑CCAATGGGGAAC‑CCAAATTTTACCgg > 1:518433/1‑238 (MQ=255)
aaTCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGCGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCCGAACGTGGGGGGTAATGCCCTGGCGGTGCTGGGGGTTT‑CACAGGGGGGAC‑ACAAAATTGACCGTAAGaaaa > 2:848106/1‑238 (MQ=255)
tctttttGGTGCTGACGCGGATGGTGACCTCGAAAGGGATGGCTGGCGTGCCTGG‑TGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAgcg < 2:552715/233‑1 (MQ=255)
ccttCTGGTGCTGACGCTGATGGTGCCCTTGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAgcgc < 1:15703/237‑1 (MQ=255)
cATTCGGGTGCTGACGGTGATGGGGACCTGGAAAGGGATTGCGGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGGTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAgcgc < 1:309078/239‑1 (MQ=255)
ggTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGGAC‑ACAAAATTGACCGGAAGAAAggggggggtt > 1:871120/1‑230 (MQ=255)
gTGCTTACGCTGATGGTGGCCTCGAAAGGGATTGCGGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTGTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGGTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTa < 1:883198/239‑1 (MQ=255)
gTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGGAC‑ACAAATTTGACCGGTAGAAAGCGCTGGCTTa > 1:638375/1‑239 (MQ=255)
gtggtggggtaTGGTGACCCCGGAAGGGATGGTTGGCGGGCCTGGTGGTGT‑GTTTGGGGTGTTGCTGGCAACTCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGGTGGAAGGGCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATg < 2:730077/229‑1 (MQ=255)
tggcGCTGATGGTAACCCCGAAAGGGCTTGCGGGGGTGGCTGG‑GGTGTCGTTTGGGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGGTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGa < 1:741756/235‑1 (MQ=255)
aCGCTGATGGTGACCTCGGAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCACCGCTGGGTAGCGTAGGAATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTCTTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGCACGGGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGTGGGGGGGTG‑CCCACGGGGGAC‑CCAAAATTTACCGAAAAAAAACGCTGGGTTTTGGGCg > 2:840806/1‑239 (MQ=255)
gCTGATGGTGACCTTGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTg < 1:180181/239‑1 (MQ=255)
ctttatgggtaCCTTGTAAGGGTTTGCTGGCTTGCCTGT‑CGTGTCGTTTTTGGTTTTGCGTGCAACGCTTGGTAGCGTAGGTCTTCCGTTTGAAGGTCTGGCGTTTATTGCGGGTGTTGACCGTTTCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGCTTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTTACCCTACGAGACGGTCGGCTTATGAGCGTg < 2:184812/229‑1 (MQ=255)
cTGATGGTGACCGCGAAAGGGATGGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTg < 1:517780/238‑1 (MQ=255)
gATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGATTG‑CCAAGGGGGAAC‑ACAAAATTGACCGCAAGAAAGGCCTGGCTTTTGAGCGGGAAg > 1:690965/1‑239 (MQ=255)
aTGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGGGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGGTTG‑CCAAGGGGGGAC‑ACGAATTTGACCGGAGAAAAGGGGTGGGTTGTGAggggggggg > 2:517780/1‑231 (MQ=255)
gcccggtgaggggTTTGCTGGCGTGCGGGG‑GGTGTCGTTTGGGGGGTTGCTGGGAACGCTGGGTAGCGTAGGTAGTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑Tg < 2:737136/228‑1 (MQ=255)
aCCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAAAAAGCGCTGGCTTATGAGGGTGAAGGGC‑ggg > 1:300234/1‑238 (MQ=255)
aCCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTGGGGATTG‑CCAAGTGGGGAC‑ACAAATTTTACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTTTTAGCGGGCAGTGC‑Cggg > 1:800622/1‑239 (MQ=255)
aTTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGGTGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGGGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGGTaa > 1:511020/1‑239 (MQ=255)
aTTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGGTTG‑CCCAGTGGGGAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGGGC‑TGGG‑C‑AAATTTTATaa > 1:357519/1‑239 (MQ=255)
aTTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGGGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGGGGGGAA‑ACAAATTTGACCGGAAGAAAGCGCCGGCTTTGTGGCGGGAAGGGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATaa > 1:531637/1‑239 (MQ=255)
tGGCGGGCCTGG‑GGTGTGGTTTGTGGTGTTGCTGGCAAGGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGTCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTg < 2:690965/239‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCTGG‑CTTGTCGTTTTGGGTGTTGCTGGCGACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTg < 1:326545/238‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGGTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTg < 1:840806/238‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTg < 1:644886/238‑1 (MQ=255)
cGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGTATT‑CCAAGGGGGGAA‑CCAAATTTTACCGTACAAAAACCCCGGGTTATGGGGGGGAAGGGCGGGGG‑A‑AAATTTGAAAAAACtcgg > 2:497141/1‑236 (MQ=255)
ttgtCGTTTGTGGTTGTGCTGGCAACGGTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCaataat < 1:510689/237‑1 (MQ=255)
gcGTTTGGGGTTTTGCGGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTTTTGACCGTATCCGCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGaa < 1:694913/238‑1 (MQ=255)
cGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGCTTG‑CCAAGTGGGGAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGGTTATGAGCGTGAAGGTG‑TGGG‑C‑AAATTTGTTAAAACTGCGGATCAAAAATTGAAg > 1:909768/1‑239 (MQ=255)
gttttgggtgTTTCTGGCCATCGTGGGTTGCGTAGGTTTTCCGGTGGAAGGTCTGGCGTTTAGTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGGGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGa < 2:800622/233‑1 (MQ=255)
gggtttGCTGGGAACGCTGGGTAGCGTAGGGATTCCGCTGGAAGTGCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACAGG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCg < 1:764697/235‑1 (MQ=255)
cttgCATCGCTGGGTAGTGTTAGTTTTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCGGGTGTTGAACGTATCCTCGACATG‑GCGGGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGatat < 2:236269/236‑1 (MQ=255)
aaaggtGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCAc < 1:415780/233‑1 (MQ=255)
aaCGTTGGGTTGCGTAGGTTTTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCAcc < 2:871120/239‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAGTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGGGAAGAGC‑TGGG‑C‑AAATTTGGTTAAAATGCGGGTCAATAATTGAAGATTGCCGGGGAGATCCAc > 1:478016/1‑238 (MQ=255)
gTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑GGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTTCGGGTCAAAAATTTAGGATTGCCGGGGGTATCCCCCCGGGAAtt > 1:530060/1‑238 (MQ=255)
caggCGGAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGGCCGTATCCTCGAAATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGTGATATCCTCCCGGCAAt < 1:543234/235‑1 (MQ=255)
aGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTAACCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCAcc < 1:12367/224‑1 (MQ=255)
gTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTCATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGGGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCGTTTGAGCGTGAAGAGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAAATGCGGCTCAATAAATGGAAATTGCCGGGGGAAACCACCCGGAAAAGAGTGAAAGc > 2:409172/1‑239 (MQ=255)
gTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACCAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTTAAGATTGCCGGGGGGATCCACCCGGCCATGTGTGAATg > 1:834092/1‑238 (MQ=255)
gTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGTCCGGGGATTG‑CCCAATGGGGAC‑ACAAAATTTACCGTAAGGAAGCGCGTGCTTATGGAGGGGAAACGC‑CGGG‑CAAAATTTGTTAAAATTGCGCATAAACAATGGAA‑ATTTCCGGGGAAGCCCACCCGGCaaaggggaaattg > 2:814471/1‑228 (MQ=255)
tATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTg < 1:443490/158‑1 (MQ=255)
ccGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATACTTGAAGATTGCCGGGGGTATCCACCCGGCAACGTGTGAAAGCCTGAt > 1:175288/1‑239 (MQ=255)
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tGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGATTG‑CCCAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGGGC‑TGGG‑C‑GAATTTGATAAAACTGGGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGGTATTCACCCGGAAATGTGTGAAAGccgggagagg > 2:757875/1‑231 (MQ=255)
aaGGTCTGGCGTTTATTGGTGGTGTTGGCCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACg < 1:537326/238‑1 (MQ=255)
cTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGc < 1:544527/238‑1 (MQ=255)
cttttttttgtGGTTTTGACCGTCTCCTCGCCAGG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGt < 2:150900/229‑1 (MQ=255)
tATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTTAAGATTGCCGGGGGTATCCACCCGGCCATGTTGGAATGCCTGATGGGACCCTTGCCGCGGCttt > 1:92479/1‑238 (MQ=255)
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ttGGCCGTTTCCGCGACATG‑GGGGGTTATGGGTTGAACGTGGGGGGGAAGGCGCTGGGGGTGGTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACg < 2:834092/239‑1 (MQ=255)
ttGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAAATGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGGGTGAATGCCTGATGCGCACCTTGCCCCCGCTTTTCAGGccata > 1:668413/1‑235 (MQ=255)
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cggagccTCGACGTG‑GGGGGTACTGCGTTGAACGTGGTGGGTAATGGGTTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGa < 1:848106/234‑1 (MQ=255)
tATCCTCGACATG‑GCGCGTACGGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACa < 1:465875/239‑1 (MQ=255)
cTCGACATG‑GCGCGTGCTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGGGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAgcgc < 1:814471/239‑1 (MQ=255)
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ggTGTTTG‑CCAAGGGGGAAC‑CAAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGGGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGAAAAAACTTCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGT‑GATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCAt < 2:401465/239‑1 (MQ=255)
|
GCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAAC‑ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGT‑GATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCAT > NC_000913/4295475‑4295936
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
