Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F28 I0 R1
|
43 |
55.9 |
1320120 |
86.3% |
1139263 |
218.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,295,700 |
T→G |
20.8% |
V407G (GTG→GGG) |
gltP → |
glutamate/aspartate:proton symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,295,700 | 0 | T | G | 20.8%
| 162.1
/ 4.7
| 74 | V407G (GTG→GGG) | gltP | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/44); new base G (17/2); total (28/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-07 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAG > NC_000913/4295475‑4295921
|
gCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTg < 1:475059/227‑1 (MQ=255)
gatttgccTTTCCATTTGGCAGGAAATCATTGTGGTTCTGACGCTGATGGTGTACTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAt < 2:577937/222‑1 (MQ=255)
cATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGAt > 1:108057/1‑228 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAACGTGTTTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGCCATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTATTGCGGTGGCGGTGCTGGTGGT‑Tg > 1:585305/1‑228 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCGGGGGAT‑Tg > 1:194733/1‑228 (MQ=255)
tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCCGGGGAT‑TGCCaaagtg > 1:67554/1‑224 (MQ=255)
tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGGATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGCCTGGGGAT‑TGCCAAggtg > 1:577937/1‑225 (MQ=255)
cTGGCAGGAAATCATTCTGGTTCTGACGCTGGTGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAac < 1:186552/227‑1 (MQ=255)
aGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGCATCCTCCACCTGGCGCGACCTCGGCTGCACGGGGTGGGTAGTCGGCTGCCGGGGAGGGGGATACGACAAGT‑GGAACACa‑aaa > 2:85010/1‑227 (MQ=255)
gAAATCTTTCTGGGTCTGACGGTTTGTGTGACCTCGAAAGGGATTGGTGGCGTGCCGGGGGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AAttt < 2:67554/228‑1 (MQ=255)
aaTCTTTCTGGGGTGGACGTGGATGGTGACTGCGAAGGGGAGTGCGTGCGTGGCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGTAACGTTGGGTAGCGTAGGTATCCCGCTGGAAGGTGTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCGGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGa < 2:394700/228‑1 (MQ=255)
aaTCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGAG‑TGGCAATGGGGGACACA‑AAtttta > 1:548615/1‑226 (MQ=255)
gTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTGTGGAT‑TGCCAAGTGGGAA‑ACACAATTTGACCGTAAGaaa > 1:155605/1‑228 (MQ=255)
tGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACCGCGCTGAACGTGGTGGGAATTGCGCTGGCGGGGCGGGGGGT‑TTCCAAGGGGGACACCA‑AAATTTACCGGAAGtaaa > 1:303887/1‑227 (MQ=255)
gCTGAGGGTGTTGGTGACCTCGAAGGGGTTTGCTGGCGTGCCTGGCGGTTCTTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAgc < 2:629302/228‑1 (MQ=255)
tGACGCTGATGGTGTCCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAgcgc < 1:396752/228‑1 (MQ=255)
tGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAgcgc < 1:477776/228‑1 (MQ=255)
tGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAgcgc < 1:372534/228‑1 (MQ=255)
tGACGCTGATGGGTACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTGTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAgcgc < 1:337456/228‑1 (MQ=255)
tagcgtgggtgTGCCCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCGGGGGTGTCGTGTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTATGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCTGTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGACCACA‑AATTTGACCGTAAGAAAgcgc < 2:159055/217‑1 (MQ=255)
aCGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGGGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTGGGGGT‑TGCCAAGGGGGGACACA‑AAATTGACCggaaggaaagggag > 2:540430/1‑222 (MQ=255)
gtggggtgccTGGAAAGGGATTTCTGGGGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTa < 2:238905/220‑1 (MQ=255)
ttgtccccGAAAGGGTTGTGTGGGGTGCCGGGGGTGTGGTTTGTGGTTTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGATCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGa < 2:103796/220‑1 (MQ=255)
ccTCGAAAGGGTTTGCGTGCGTGCGTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGTTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTg < 2:303887/228‑1 (MQ=255)
cGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGGGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGGGGGGACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGGGCTGGCTTATGGGCGTGaaa > 1:284980/1‑227 (MQ=255)
aTTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGAT‑TGCCAAGGGGGGACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGGTTTTGAGAGTGAAGCGCTGGGc > 1:211638/1‑228 (MQ=255)
cGTTTCTTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTTGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTg < 2:155605/227‑1 (MQ=255)
cGTTTGTGGTGTTGGTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATc < 1:47591/228‑1 (MQ=255)
cGTTTGTGGTGGTGCTGGGAACGTTGGGTAGCGGCGGTATTCCGCGGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGGGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATc < 2:572535/228‑1 (MQ=255)
gTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATc < 1:618741/227‑1 (MQ=255)
tgtTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGAT‑TGCCCAGTGGGGACACA‑AATTTGACCGGAATAAAGCGCTGGCTTCTAAGCGTGAGAGGCTGGGGAAATTTG‑ATAAAAATGGGAGTCaaaaatgta > 2:58108/1‑225 (MQ=255)
ttGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGCCGGGGCTGGGGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTGAGGAAGCGCTGGGTGATGAACGTGAAGTGCCGGGCAAAATTG‑ATAAAACTGCGGATCAACAATTAAAg > 2:32237/1‑228 (MQ=255)
tGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCCAGTGGGAACACA‑AAATTGACCGTGAAAAAGGGCTGGCTTTTTGTAGGGAAGGGCGTGGCAAATTTG‑GTAAAACTCCGGAGCAAAAATTAAAGa > 2:208333/1‑228 (MQ=255)
ggCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGc < 1:329323/228‑1 (MQ=255)
ggCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGGGGGTAATGCGCTGGCGGTGGTGGGGAT‑TGCCCAGGGGGCACACC‑AATTTGTCCGTAAGAAGCGGGTGGCTTCGTTGCGGGAAGGCGTGGGCAAATTTGTAAAAAACAG‑GGGTCAATAATTTAAAAGTGc > 2:30101/1‑228 (MQ=255)
ttGGGTAGCGTGGGTTTTCCGCTGGAAGGTCGGGGGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGat < 2:211638/227‑1 (MQ=255)
cTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCTTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGat < 1:50167/228‑1 (MQ=255)
gTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGGTGGGCAAATTTT‑GTAAAACTGCGGACCAACAATTTAAGATTGCCGGGGgtaaca > 1:445384/1‑225 (MQ=255)
gCGTAGGTTTTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCAc < 2:449248/227‑1 (MQ=255)
cGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGGGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGCCCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGAGGGACGTGCTGGGCAAATTTT‑ATAAAACTGCGGATCAATAACTGAAGGATGCCGGGGAATTACAccc > 2:54240/1‑228 (MQ=255)
gttgttCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTAGCCTCGACATGGCGCGTACTGCTCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCGGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATAGCCGGGGATATCCACCCGGCa < 2:585305/224‑1 (MQ=255)
ggTTTTCCGGTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGGCCGTAACCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCgg < 1:540430/226‑1 (MQ=255)
gTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTTGGGAT‑TGCCAAGTGGGAAAACA‑AATTTGACCGGAAGAAAGAGGTGGCTTTTGAGCGGGAAGGGGTGGGCAAAATTG‑ATAAAACTGCGGGTCAATAATTGAAAGTTTCCGGGGGTATCCCCCCGGCaa > 2:416163/1‑228 (MQ=255)
gTATTCCGATGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGAAATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCa < 1:229331/227‑1 (MQ=255)
gTATTCCGATGGAAGGTCTGGCCTTTATTGCTGGGGGTGACCGTATCCTGGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCa < 1:419486/227‑1 (MQ=255)
tCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTTGGGGT‑TGCCCAGGGGGAAAAAA‑AATTTGACCGTAAGACAACGCTGGCCTATAAAGGGGAAGTGCAGGGGCAATTTG‑ATAAAACAGTCGTGCAATAATTGAAGAATTGCGGGGATAAACACCCGGCAAagtg > 2:214451/1‑228 (MQ=255)
ccGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTg < 1:49605/159‑1 (MQ=255)
gCTGGAAGGTCTGGTGTTTATTGGTGGTGTTGACCGTGTCCGCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAAtgtgtg < 2:367307/227‑1 (MQ=255)
gAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAAATGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGCCAATGTGGGaaga > 1:517355/1‑225 (MQ=255)
tttATTGTTGGTTTTGACCGTGGCCTCGTCATGGCGCGGACTGCGCTGATCGGGGGGGGGAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACg < 2:49645/227‑1 (MQ=255)
tgttGGTGTTTGCCGTTTCCTCGGCATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGc < 2:289757/224‑1 (MQ=255)
gttttGACCGTTTCCTCGGCATGGCGGTTACTGCGCTGAACGTGTGGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGt < 2:284980/224‑1 (MQ=255)
gtgtTGACCCTTTCCTCGATATGGCGCGTACTGGGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATAGCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGt < 2:548615/227‑1 (MQ=255)
gTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGGGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTTAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGc < 1:51026/228‑1 (MQ=255)
tttCCTCGACTTGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGc < 2:281883/225‑1 (MQ=255)
tagccTCGACATGGCGCGTACTGCGCAGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGAT‑TGCCAAGGGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCGCCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGc < 1:549526/224‑1 (MQ=255)
tATCCTCGACATGGCGCGTACTGGGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGc < 1:626770/227‑1 (MQ=255)
tATCCGCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGGAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGCGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGc < 2:31536/227‑1 (MQ=255)
aTCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTTGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCCGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAAt < 1:22343/185‑1 (MQ=255)
ctccgaaTGGGGCGTACTGCGCTGAACGGTGTGGGTAATGCGCTGGGGGTGCTGGGTGT‑TGCCAAGTGGGAACAAA‑AATTTGACCGTAAGAAGGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGGGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACg < 2:612357/222‑1 (MQ=255)
cGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATTAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAAAGTGGGAATGCCTGATTCGACGCTTGGCGCGTCTTCTCAGGCCTACGcc > 1:131552/1‑228 (MQ=255)
gaTGGGGCGTTGTGTGCTGAACCGGGTGGTTAATTCGTTGGCGGTGCTGGTGAT‑TTGCAAGTTGGAACAAA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGTGGGCTTAAGAGCGTGAAGGTGTGGGAAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGAATGCCGGGGATAGCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGGCGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGa < 2:627801/227‑1 (MQ=255)
ggCGCGTACTGGGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACa < 1:532872/227‑1 (MQ=255)
gctcTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTTAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACAGTAAGAGAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGcc < 1:427418/225‑1 (MQ=255)
cgcTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGTCTTATGAGGGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑GTAAAACTGCGGATCAATAATTGAAAATTGCCTGGGATATCCACCCCGCAATGTGCGAAAGTCTGGTGCGACGCTAGCCGCGTCCTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCACTAGCCt > 1:253510/1‑228 (MQ=255)
cgcTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCCGGGGAT‑TGCCAAGGGGGAACACA‑AATTTGACCGGAAGAAAACGCTGGCTTATGGACGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑GTAAAACTGCGGATCAATAACTGAAGAATGCCGGGGATATCCACACAGCAATGGGTAAAAGCCTGATAGGAACATGTCCCCGCCTTATCAGGCCTCGGCCAAACACCGCCAAAGccc > 2:484310/1‑227 (MQ=255)
tggGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTg < 1:563983/227‑1 (MQ=255)
gTAATGCGCTGGCGGAGCTGGGGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCCGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑GTAAAACTGAGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGGGGGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGCCTTATCAGGCCTACCCCCCACAGCGCAATAACCCGATTTAgggggaatt > 1:380277/1‑220 (MQ=255)
tGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGAAATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATTGGACGCTTGCCGCGTCTTTTCAGGCCTACGCCAGACAACGCAAAAGCCCGGTTTACGGGGATTTTTTa > 1:170208/1‑228 (MQ=255)
cgcTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAgg < 1:54240/228‑1 (MQ=255)
ggCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTTAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTTGAGATTTCCGGGGATATTCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGCCTTATCAGGCCTTCCCCATACCGCCCAATAGGCCGATTTTGCGGTGTTTTTTAGGTTgg > 2:115430/1‑228 (MQ=255)
gCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTTTCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCggg > 1:444247/1‑227 (MQ=255)
gTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATaa < 1:115430/228‑1 (MQ=255)
tGCTGGTGAT‑TTCCAAGTGGGAACGCA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAg < 1:567909/228‑1 (MQ=255)
|
GCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAG > NC_000913/4295475‑4295921
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
