Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F27 I0 R1
|
185 |
118.8 |
2757226 |
85.6% |
2360185 |
223.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,295,700 |
T→G |
26.9% |
V407G (GTG→GGG) |
gltP → |
glutamate/aspartate:proton symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,295,700 | 0 | T | G | 26.9%
| 244.8
/ 13.5
| 119 | V407G (GTG→GGG) | gltP | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/60); new base G (36/2); total (57/62) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.29e-13 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
TGGCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACG‑CTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTT‑AGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCC > NC_000913/4295473‑4295938
|
tGGCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGt < 1:519060/239‑1 (MQ=255)
tGGCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGGGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGC‑TGGGGGTT‑GCCaaag > 2:73851/1‑237 (MQ=255)
tGGCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCCGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGGGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGGGATT‑GCCaaag > 1:915878/1‑237 (MQ=255)
cATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑gg < 1:1020797/238‑1 (MQ=255)
cATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGATGGGGTTGACCGTATCCTCGCCATGGCGCGTACTGCGCTGCA‑CGTGGGGGGTAAGCACCTGGGGGTGG‑TGGGGGTT‑GCCAAGg‑ggg > 2:1139601/1‑239 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGCACTCGAAGGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGAGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGCGGGCATTCAGTTGGACGGTCTGGCGTTTATTGCAGGGTTTGCGCGGGTCCCCGATATTGCGCGGACGGAGCCGAA‑CGCGGCGGGGAATTCGCTGCGGGTGC‑TGGGGATT‑Tcccgctagaga > 2:251089/1‑230 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTTTTGACCGTATCCTCGCCATGGCGCGTACTTGCCTGAA‑CGTGGGGGGTATGGCGCTGGCGGTGC‑CGGGGTTT‑CCCCAGT‑GGGaa > 1:517227/1‑239 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTTCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCCCTGGCGGGGT‑TTGGGGTT‑GCCAAAT‑gggga > 2:1229185/1‑237 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTCCTGGTTGTGACCGTATCCTCGACATGGCTCGTACTGAGCTGAA‑CGGGGGGGGGAATGCGCTGGCGGGTG‑TGGGGATT‑GCCAAGT‑GGGaa > 2:223799/1‑239 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGGATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGCCATGGCGCGTACTGCGCTTAA‑CGGGGGGGGGAATGGCCTGGCGGTGC‑GGGGGGTT‑GGCAAAG‑GGGaa > 2:1020797/1‑239 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGCATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGTTGGCGGTGC‑TGGGGATT‑GCCCAAG‑GGGaa > 1:356104/1‑239 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGAGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCATCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGG‑CGTGGATT‑TCAAAGT‑GGGaa > 1:37817/1‑239 (MQ=255)
aCCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGGGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGT‑TGGGGGTT‑GCCAAGG‑GGGAacac > 1:365997/1‑239 (MQ=255)
tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGC‑TGGGGATT‑GCCAAGG‑GGGAAACCAAAtt > 1:985125/1‑239 (MQ=255)
ccttCTTGCAGTATATCTTTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGCCCTCGAAAGGGATTGCTGGCGGGCCTGGCGTGTCGTTTGGGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGGGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAAttt < 2:75366/236‑1 (MQ=255)
cctttGGGAGGAAATTTTTTTGGGGCTGGGGGTGGTGGGGGCCTCGAAAGGGATTGGTGGCGTGCCGGGGGTGTCGTTTGTGGGGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAAttt < 2:732684/234‑1 (MQ=255)
aTCTGGGAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGa < 1:581125/239‑1 (MQ=255)
aTCTGGCGGGAAATCATTCTGGGGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGa < 1:1013986/239‑1 (MQ=255)
aTCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGa < 1:1254546/239‑1 (MQ=255)
cTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGC‑TGGGGGTT‑GGCAAGT‑GGGAACCCAAATTTGAcc > 1:827121/1‑239 (MQ=255)
tGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGGTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCg < 1:15722/239‑1 (MQ=255)
ggCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGGGGGTAATGCGCTGGCGGGGC‑TGGGGGTT‑GGCAAATGGGGAACA‑AAATTTTACCGt > 1:1263528/1‑239 (MQ=255)
aGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGGATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGGGGGTAATTCGCTGGGGGGGT‑TGGGGTTT‑TCCAAGG‑GGGGAAAAAAAATTTACCggaga > 2:812502/1‑235 (MQ=255)
attatgcTGGTGCTGACGCTGATTGGGTCCTCGGAAGGGATTGCTGGTGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTAGCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgc < 1:858840/233‑1 (MQ=255)
aTCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgc < 1:973895/239‑1 (MQ=255)
aTCATTCGGGGGCTGACGGTGATGGGGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgc < 1:73851/239‑1 (MQ=255)
tgttttgggTGCTGGCGGGGGTGGTGGCCTGGAAGGGGGTTGCGGGCGTGCCGGGCGTTGCGTTTGGGGTGTTGGTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgcg < 2:703501/232‑1 (MQ=255)
tcttttGGTGCTGGCGTTGGTGGGGACCTCGAAAGGGTTTGCTGGGGTGCCTGGCGTGTCGTTTGGGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑TGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgcgc < 2:524139/234‑1 (MQ=255)
tcttCTGGTGTTGTCGGTGTGTGGGACCTCGAAAGGGATTGCGGGGTTGCCTGGCGTGTCGTTTGGGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTTTTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgcgc < 2:252963/237‑1 (MQ=255)
cATTCTGGTGCTGACGCTGAGGGTGACCGCGAAAGGGATTGCCGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgcgc < 1:997932/239‑1 (MQ=255)
aTTCTGGGGCTGCGGCTGATGGTGACCGCGGAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgcg < 1:745122/237‑1 (MQ=255)
tCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGGCATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCGTGGGGTTG‑GCCAAGG‑GGGAACA‑AAATTTTGCCGGAAGAAAACGCggg > 2:965092/1‑239 (MQ=255)
cTGACGTTGATGGGTGCCTTGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGa < 1:1108866/239‑1 (MQ=255)
cTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGGCAGAAAAGGCTGGCttttta > 1:1210279/1‑235 (MQ=255)
gggctgtgtgtgTGCCCTCGAAAGGGATTGCGGGGGGTCCTGGCGTGTCGTGTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTGGCGTAGGGTTTGCGCTGGAAGGTCTGGAGTTTAGTGCGGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGa < 2:1378429/227‑1 (MQ=255)
ttttgtGGTGCCCTTGAAGGGGTTTGGTGGCTTGCCTGGTGTGGCGTTTGTGGTTTTGTTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTg < 2:571559/234‑1 (MQ=255)
aCCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAac < 2:190398/190‑1 (MQ=255)
aCCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAac > 1:190398/1‑190 (MQ=255)
cTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAGGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGTCATGGCTCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGGGGGTAATGCGCTGGCGGTGA‑CGGGGATT‑GCCAAGT‑GGGGAAACAAAATTGACCGGAAAAAAGGGCTGGCTTATGGGAAGGAAGTGGTgggga > 2:132809/1‑237 (MQ=255)
cggaaGGGATGGGTGGCGGGCTTGGCGTGTCGTTTGGGGGTTTGCTGGCAACGGTGGGTAGCGTAGGTATTCCGGTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTTTCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCaaa < 1:616360/236‑1 (MQ=255)
gCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAAG‑GGGGACACAAATTTTACCGGAAAAAAAGGCCGGCTTATGAGGGTGAAGAGGTGGGGAAATTTGTTaaa > 1:1230383/1‑237 (MQ=255)
gCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGC‑TGGGGATT‑GCCAAGG‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAAAAAAGGCGGGCTTATGGGCGTGAAAGGCTGGGCAAAttttgaaaaa > 1:490723/1‑231 (MQ=255)
ggCGTGCCTGGGGTGGCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGGTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTg < 1:1091858/238‑1 (MQ=255)
gcttgggatggcGTTTGTGGTGTGGCTGGAAACGGTGGGTAGGGTAGGTATGCCGCGGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATc < 1:251089/228‑1 (MQ=255)
ccTGGCGTGTCGTTTGTTGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATc < 1:201561/238‑1 (MQ=255)
tCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGACACCAAAATTGACCGTTAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGGGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGACCACTAATTGaa > 1:1304035/1‑239 (MQ=255)
tCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGGGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGGGCGGGAAATGCTGGGCAAATTTGTTAAAACTGCGGATCAATAATTTaa > 1:491612/1‑239 (MQ=255)
cGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAg < 1:468702/239‑1 (MQ=255)
tgtgGTGTTGGGGGCAACGGTGGGGTGGGTAGGTATTGCGGTGGAAGGTCTGGGGTTTATTGCTGGTGGTGACCGTTTCCTCGACATGGCGGGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTg < 2:414284/239‑1 (MQ=255)
gtggtgTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGC‑GGGGGATT‑GCCAAGT‑GGGGACCCAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGGGGGAGATGCTGGGCAAATTTGTTAAAAATGGGGATCAATAATTGAAGATTGc > 1:1002319/1‑239 (MQ=255)
ttcTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTTTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGGCCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGat < 1:688017/237‑1 (MQ=255)
gtGGCAACGGTGGGTGGGGTGGGTTTTCCGCTGGAAGGTTTGGGGTTTTTTGCTGGTTTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGatat < 2:538277/238‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGGGATT‑GCCAAAT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGGGCTGGGCAAATTTGGTAAAACTGCGGATCAATAATTTAAGATTGCCGGGGATATCCAc > 1:298227/1‑238 (MQ=255)
aaCGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGC‑TGGTGATT‑TCCAAGT‑GGGGACACAAATTTGACCTGAAGAAAAGGCTGGCTTATGAGGGTGCAGGGCGCGGGAAATTTGATAAAAATACGGAATAATAATTGAGAATTGGCgggggaaatcacc > 2:756540/1‑230 (MQ=255)
cGCTGGGTAGCGTAGGTTTTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCggg < 1:125422/227‑1 (MQ=255)
gCTGGGTTGCGTTGGTTTTCCGGTGGAAGGTTTGGGTTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCgg < 2:491612/239‑1 (MQ=255)
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cGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGGGATT‑TCCCAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCCGCGGCTTTTGAGCGGGAAGGGCTGGGGCAATTTTATAAAACTGCGGGTAAAAAATTGGAGATTGCCCGGGGAATCCCCCCCGCCAtgtgtg > 2:1223080/1‑239 (MQ=255)
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gTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgc > 1:974499/1‑142 (MQ=255)
gTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgc < 2:974499/142‑1 (MQ=255)
ccGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGa < 2:996803/149‑1 (MQ=255)
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ttGGCGTTTATTGGTGGTGTTGCCCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACCGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACG‑CTTGc < 1:1219880/238‑1 (MQ=255)
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ttcccggttCCGCGACCTGGCGGGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑TGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACG‑CTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACg < 1:849463/230‑1 (MQ=255)
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tttCCTCGACTTGGCGCTTCTTGGGCTTAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACG‑CTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACa < 2:677613/237‑1 (MQ=255)
tATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGGGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGGAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGGAGGGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGAATTCCACCCGGCAATGTGGGAATGCCTGATGGGACC‑CTTTCCCCGTCTTATCAGGCCTaaccccaca > 2:71928/1‑230 (MQ=255)
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aTCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTTAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCCTATGGGGCC‑CTTTCCCCGTCTTTTCAAGCCCAcccccaaccg > 1:666040/1‑233 (MQ=255)
aTCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACG‑CTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCCGACa > 1:158686/1‑238 (MQ=255)
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cGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCCCCCGGCAAAGTGTGAATGCCTGATGGCGCG‑CTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACCCCAGACCgcgcca > 1:83923/1‑237 (MQ=255)
aTGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACG‑CTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGc < 1:71928/239‑1 (MQ=255)
cgcgTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTTAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATTCCTGATGCGACG‑CTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCCGACAGCGCAAAAGCCTGa > 1:997775/1‑239 (MQ=255)
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ggtggGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACCAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGCAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGGTCAATAATTGAAGATTTCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGGGAATGCCTGATGCGACG‑CTTGCCGCGTCTTATAAGGCCTACGCCCAGCACGGCACTAGCCTGATTTAAGCG‑GATTTTTTAgg > 2:1169808/1‑239 (MQ=255)
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gtggGTAAGTCGGTGGCGGTGC‑TGGTTATT‑GCCAAGT‑GGGAACAAAATTTTGACCGTAAGAAAGCGCTTGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTTATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACG‑CTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTT‑AGCGTGATTTTGTAgg < 2:356104/238‑1 (MQ=38)
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tAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACG‑CTTGCCGCGTCTTATCAGGc < 1:1034522/188‑1 (MQ=255)
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tGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACG‑CTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTT‑AGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATcc > 1:294771/1‑239 (MQ=255)
|
TGGCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGC‑TGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACG‑CTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTT‑AGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCC > NC_000913/4295473‑4295938
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
