Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F113 I1 R1
|
17 |
62.1 |
2245352 |
90.5% |
2032043 |
142.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,196,305 |
C→T |
R395C (CGT→TGT) |
icd → |
isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,196,305 | 0 | C | T | 98.2%
| 148.5
/ NA
| 54 | R395C (CGT→TGT) | icd | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (33/20); minor base A (1/0); total (34/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGT > NC_000913/1196167‑1196443
|
gACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGACGCGGCTGACTTAATTGTTCAAGGTATGCAAGGCGCACTCCACGCGAAAACCGTCACCTATGACTTCGCGTGTCt > 2:66991/1‑143 (MQ=255)
aaaGTAAGTCCTGGCTCTGTTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTgat < 2:253533/143‑1 (MQ=255)
gTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCGGCTGAGATGATGCTGAGCCACATGGGCTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTCAAGGCATGGAAGGCCCAATCACCGCCAAAACAGTAACATATGACTGCGAGAGGCTgatggg > 2:483534/1‑142 (MQ=255)
gTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAGCCGTAACCTATGACTTCGGGTGTCTgatgga > 1:660000/1‑143 (MQ=255)
aaTCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGatagatgg > 2:218038/1‑143 (MQ=255)
tCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGgcg > 1:871252/1‑143 (MQ=255)
ctctATTCTTCTGTCCGCTGATATGATGCTGCGCCACAGGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACGTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAAc < 2:186389/143‑1 (MQ=21)
tctATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGTACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAAGGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAAct > 2:441873/1‑143 (MQ=255)
tattCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGACGCGGCTGCCTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGATAAACTGCTGa > 2:425737/1‑143 (MQ=255)
tattCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCCGa > 2:303355/1‑143 (MQ=255)
tcCGCTGCGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTc < 1:212073/143‑1 (MQ=255)
tcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTc < 1:718730/143‑1 (MQ=255)
ccGCTGAGATGAGGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCa < 1:880907/143‑1 (MQ=255)
cGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCag > 1:128257/1‑143 (MQ=255)
tGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGCGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTCACATGTTCAGAGt > 2:774352/1‑143 (MQ=255)
agaTGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGttt < 1:650317/143‑1 (MQ=255)
agaTGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGttt < 1:149623/143‑1 (MQ=255)
ggctgctgcGCCACAGTGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTTGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGt < 2:973769/140‑1 (MQ=18)
gatgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTg > 2:994712/1‑143 (MQ=255)
gatgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTg > 1:1054207/1‑143 (MQ=255)
acaTGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGatcatc < 1:1012585/143‑1 (MQ=255)
gggTTGGGCCGTAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGaaa < 2:507010/143‑1 (MQ=255)
gggTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGGTTGGTGACGCGATCATCGaaa > 1:459166/1‑143 (MQ=255)
ttGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCggacctc > 1:319051/1‑137 (MQ=255)
tGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACAt < 1:278812/143‑1 (MQ=255)
ccGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTaa > 1:727216/1‑143 (MQ=255)
cGAAGCGGCTGGCTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAAt < 2:517987/143‑1 (MQ=255)
gAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGACAACCTGTAATg > 1:225363/1‑143 (MQ=255)
gAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGGTTGGTGGCGCGATCATCGAAAACATGTAATg > 1:135366/1‑143 (MQ=255)
aaGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGAAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGc > 1:722705/1‑143 (MQ=255)
gCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAg > 1:521342/1‑143 (MQ=255)
aCTTAATTCCTAAAAGTATGGGAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGAGGGCGCTAAACGGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTg < 1:692376/143‑1 (MQ=18)
ttAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTCACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAATTTGGTGACGCGATCATCGAAACAAGGTTATGCCGTGGTCTGtt > 2:646893/1‑143 (MQ=18)
ttAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAACACATGTAATGCCGGAGTTTGtt > 2:576269/1‑143 (MQ=255)
ttAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGtt > 1:1043770/1‑143 (MQ=255)
ttAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGAATTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGACATGTTCAGAGATTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTgac > 2:166272/1‑141 (MQ=255)
aTTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTaaa < 1:250441/143‑1 (MQ=255)
aTTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTaaa < 1:852998/143‑1 (MQ=255)
gTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAAttt > 1:542113/1‑143 (MQ=255)
ttAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATtta > 2:285858/1‑143 (MQ=255)
tAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACACGTCATGTCGTAGTTTCTTAAAtgcag > 1:277851/1‑139 (MQ=18)
tAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGAATTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTAAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATttat > 2:611304/1‑143 (MQ=255)
aaaGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTCATGCCGTAGTGTGTTAAATttatt > 2:721988/1‑143 (MQ=255)
aGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAACGCCCGAG‑TTAATAAATTtaataaa > 1:752052/1‑142 (MQ=17)
aGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAAAATATGATAACGGTTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTaa > 2:238936/1‑143 (MQ=21)
tATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACgg < 2:221114/143‑1 (MQ=255)
gcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACg < 1:994712/143‑1 (MQ=255)
caccgcgAAACCCGTAACCTATGCCTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTccc < 1:348443/140‑1 (MQ=255)
aCCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGtttttt < 2:727216/143‑1 (MQ=255)
cGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGt > 1:34834/1‑143 (MQ=255)
aCCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGCTGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAgg < 1:630428/143‑1 (MQ=255)
tATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGATGAACTGCTGAAATGTTCAGTGTTTGGAGCCGCCACCAAAGACCAGTGATAATGCCGTAGTTTGTTTAATTTATTAACGGGAGCGTAACCCTCCCGTTGTTGTTTGTTAGgccg > 2:1090840/1‑141 (MQ=255)
aCTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTCTTTTGTTAGGCTGCTaa > 2:1109428/1‑143 (MQ=255)
cGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGCAATGTTAAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACCTGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTGACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGGTGCTAACggc > 1:754735/1‑142 (MQ=37)
|
GACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGT > NC_000913/1196167‑1196443
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
