Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I2 R1
|
758 |
59.3 |
2864096 |
93.9% |
2689386 |
105.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,324,876 |
A→G |
L97P (CTG→CCG) |
phnC ← |
phosphonate ABC transporter ATPase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,324,876 | 0 | A | G | 100.0%
| 105.3
/ NA
| 30 | L97P (CTG→CCG) | phnC | phosphonate ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (15/15); total (15/15) |
GGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATC > NC_000913/4324752‑4325007
|
ggTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTgg > 1:1128461/1‑139 (MQ=255)
ggTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTgg > 2:385792/1‑139 (MQ=255)
ggTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTgg < 1:700702/139‑1 (MQ=255)
cgcgcgCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTa > 2:323224/1‑139 (MQ=255)
cgcgcTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTa < 1:1196076/130‑1 (MQ=255)
cgcgcTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTa > 2:1196076/1‑130 (MQ=255)
cgcTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGaa < 2:411665/113‑1 (MQ=255)
cgcTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGaa > 1:411665/1‑113 (MQ=255)
tttCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCgg > 1:902311/1‑139 (MQ=255)
cTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGa < 1:455222/101‑1 (MQ=255)
cTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGa > 2:455222/1‑101 (MQ=255)
cTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTg > 1:89670/1‑139 (MQ=255)
gCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCgg < 2:902311/139‑1 (MQ=255)
ccGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTg > 2:208082/1‑96 (MQ=255)
ccGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTg < 1:208082/96‑1 (MQ=255)
aaCGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGa < 1:1288012/139‑1 (MQ=255)
cGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAAttg > 2:1381682/1‑66 (MQ=255)
cGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAAttg < 1:1381682/66‑1 (MQ=255)
gcgcgcCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCcagcag < 2:89670/139‑1 (MQ=255)
aaTCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGata < 2:1128461/139‑1 (MQ=255)
cAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATgg < 2:797247/139‑1 (MQ=255)
ttcAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGcc > 2:686450/3‑113 (MQ=255)
ttcAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGATTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGcc < 1:686450/111‑1 (MQ=255)
aGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGAtt > 2:938089/1‑139 (MQ=255)
aCGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTAt < 1:323224/139‑1 (MQ=255)
tCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGt < 1:79616/43‑1 (MQ=255)
tCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGt > 2:79616/1‑43 (MQ=255)
tCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGcc < 1:938089/139‑1 (MQ=255)
aGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCgg > 2:421015/1‑139 (MQ=255)
gTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATc > 2:187671/1‑139 (MQ=255)
|
GGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATC > NC_000913/4324752‑4325007
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
