Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F1 I1 R1
|
771 |
44.8 |
2153074 |
94.1% |
2026042 |
109.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,324,876 |
A→G |
L97P (CTG→CCG) |
phnC ← |
phosphonate ABC transporter ATPase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,324,876 | 0 | A | G | 100.0%
| 106.1
/ NA
| 30 | L97P (CTG→CCG) | phnC | phosphonate ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (17/13); total (17/13) |
GCCAACGCGGGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCAA > NC_000913/4324743‑4325009
|
gCCAACGCGGGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTACTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTg < 1:553530/139‑1 (MQ=255)
tGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGc < 1:880272/139‑1 (MQ=255)
cgcTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGTCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATggg > 2:975854/1‑139 (MQ=255)
cgcTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATggg > 1:1010744/1‑139 (MQ=255)
gCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAAttg < 1:352774/90‑1 (MQ=255)
gCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAAttg > 2:352774/1‑90 (MQ=255)
tGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTc > 2:552172/1‑139 (MQ=255)
tGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTc > 1:847619/1‑139 (MQ=255)
cGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACtgtg > 2:258086/1‑139 (MQ=255)
cACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGa < 1:560044/80‑1 (MQ=255)
cACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGa > 2:560044/1‑80 (MQ=255)
tctcCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAAttg > 1:889544/1‑37 (MQ=255)
tctcCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAAttg < 2:889544/37‑1 (MQ=38)
aCGCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTAt < 2:847619/139‑1 (MQ=255)
gCTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCg > 1:427113/1‑139 (MQ=255)
cTCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGc < 1:258086/139‑1 (MQ=255)
tCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTa > 1:443551/1‑37 (MQ=38)
tCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTa < 2:443551/37‑1 (MQ=38)
tCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGata < 1:47584/116‑1 (MQ=255)
tCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGata > 2:47584/1‑116 (MQ=255)
tCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGcc > 2:692529/1‑139 (MQ=255)
tCAGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGcc > 1:591049/1‑139 (MQ=255)
aGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGccc < 2:361632/102‑1 (MQ=255)
aGGCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGccc > 1:361632/1‑102 (MQ=255)
gCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGAc < 1:167925/123‑1 (MQ=255)
gCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGAc > 2:167925/1‑123 (MQ=255)
gCGGTTCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTa > 2:798925/1‑139 (MQ=255)
tCACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCaa < 1:975854/139‑1 (MQ=255)
cACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTAt < 2:996943/125‑1 (MQ=255)
cACCGGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTAt > 1:996943/1‑125 (MQ=255)
|
GCCAACGCGGGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGCGCGCCAATCAGCACGTTCTCCAGTACGCTCAGGCGGTTCACCAGGTTGAATTGTTGGAATATGTAGCCGGTATGGGCGCGGCTTTTGCGGATATCGCGGGCCAGGCGGCCTTCGCGCTGGACTGTGCGGCCCAGCAGCTCGATATGGCTACCGACAGATTTATCGCCGGTAATCAA > NC_000913/4324743‑4325009
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
