Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
765 |
46.1 |
2269152 |
93.8% |
2128464 |
105.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,620,207 |
G→A |
*73* (TAG→TAA) |
marB → |
periplasmic mar operon regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,620,207 | 0 | G | A | 100.0%
| 98.6
/ NA
| 31 | *73* (TAG→TAA) | marB | periplasmic mar operon regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (16/15); total (16/15) |
CCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAA > NC_000913/1620086‑1620324
|
ccAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGAc > 2:69215/1‑139 (MQ=255)
gttCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCttat > 1:652802/1‑139 (MQ=255)
aTCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTcc < 2:159948/139‑1 (MQ=255)
cGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTAc > 2:509053/1‑139 (MQ=255)
aTGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAAt > 2:159991/1‑139 (MQ=255)
tGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATa < 2:652802/139‑1 (MQ=255)
tGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATa < 2:1113493/139‑1 (MQ=255)
tGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATa < 1:82225/139‑1 (MQ=255)
tACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACAtt < 1:159991/139‑1 (MQ=255)
cTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATa < 1:767899/133‑1 (MQ=255)
cTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATa > 2:767899/1‑133 (MQ=255)
gCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCACAAGCCAAATACATTGatat > 1:988849/1‑139 (MQ=255)
tGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACAtt < 1:681415/130‑1 (MQ=255)
tGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACAtt > 2:681415/1‑130 (MQ=255)
aTAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGcc < 1:509053/139‑1 (MQ=255)
tCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGcc < 1:369989/124‑1 (MQ=255)
tCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGcc > 2:369989/1‑124 (MQ=255)
cccTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGCCATAATGAGcacctcacct > 2:69472/1‑139 (MQ=255)
ttatAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTaaaaa > 1:942604/1‑139 (MQ=255)
tCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATa < 2:1131548/90‑1 (MQ=255)
tCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATa > 1:1131548/1‑90 (MQ=255)
cacGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCttatt < 1:563443/44‑1 (MQ=255)
cacGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCttatt > 2:563443/1‑44 (MQ=255)
cacGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCtt > 2:33014/1‑65 (MQ=255)
cacGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCtt < 1:33014/65‑1 (MQ=255)
cacGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAGATACAtt > 1:474353/1‑90 (MQ=255)
cacGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACAtt < 2:474353/90‑1 (MQ=255)
cacGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTg > 1:907081/1‑91 (MQ=255)
cacGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTg < 2:907081/91‑1 (MQ=255)
tGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATa < 1:24057/79‑1 (MQ=255)
tGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATa > 2:24057/1‑79 (MQ=255)
|
CCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAA > NC_000913/1620086‑1620324
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
