Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A14 F1 I1 R1 | 770 | 68.5 | 3470224 | 91.7% | 3182195 | 103.4 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,796,146 | C→T | A158V (GCG→GTG) | csiR → | transcriptional repressor of csiD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,796,146 | 0 | C | T | 100.0% | 177.6 / NA | 55 | A158V (GCG→GTG) | csiR | transcriptional repressor of csiD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (30/25); total (30/25) | |||||||||||
AGCTTGAGGCCTGTGACGCCAGCGAGAAAATGCTTGATGAGTGGGATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGCGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTGGAGGATAAACACGATCAGCACCAGACCCTGACTGCGGCGGTACTGGCGCGAGATACCGCGCGCGCCAGTGAGTTAATGCG > NC_000913/2796011‑2796281 | aGCTTGAGGCCTGTGACGCCAGCGAGAAAATGCTTGATGAGTGGGATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTggtggc < 1:1404173/139‑1 (MQ=255) aGGCCTGTGACGCCAGCGAGAAAATGCTTGATGAGTGGGATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGgtggcg > 2:1730367/1‑134 (MQ=255) aGGCCTGTGACGCCAGCGAGAAAATGCTTGATGAGTGGGATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGgtggcg < 1:1730367/134‑1 (MQ=255) aGGCCTGTGACGCCAGCGAGAAAATGCTTGATGAGTGGGATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTa > 1:951704/1‑139 (MQ=255) aGGCCTGTGACGCCAGCGAGAAAATGCTTGATGAGTGGGATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTa > 2:1374512/1‑139 (MQ=255) cAGCGAGAAAATGCTTGATGAGTGGGATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTgg > 1:428639/1‑139 (MQ=255) aaaaTGCTTGATGAGTGGGATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAGCGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTgcggc < 1:1600945/139‑1 (MQ=255) tGCTTGATGAGTGGGATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAAc < 2:951704/139‑1 (MQ=255) atgaGTGGGATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCt > 1:679978/1‑139 (MQ=255) tGGGATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCg > 2:1489206/1‑107 (MQ=255) tGGGATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCg < 1:1489206/107‑1 (MQ=255) tGGGATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGaa < 1:133319/127‑1 (MQ=255) tGGGATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGaa > 2:133319/1‑127 (MQ=255) gggATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTAt > 2:1003274/1‑112 (MQ=255) gggATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTAt < 1:1003274/112‑1 (MQ=255) tGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAAt > 2:8561/1‑139 (MQ=255) cGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTgg < 2:792033/133‑1 (MQ=255) cGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTgg > 1:792033/1‑133 (MQ=255) cGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGc > 2:1256663/1‑139 (MQ=255) gTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCt < 1:615002/139‑1 (MQ=255) tcatcaGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTg > 2:673281/1‑139 (MQ=255) tcaGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACg > 1:1276762/1‑115 (MQ=255) tcaGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACg < 2:1276762/115‑1 (MQ=255) cGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTGGAGGATaa < 1:8561/139‑1 (MQ=255) tttCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGTGGAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTGGAGGATaaa > 2:407302/1‑139 (MQ=255) tCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGTGGAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTGGAGGATAAaca < 1:407302/139‑1 (MQ=255) tACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTGGAGGATAAACACGAt < 2:679978/139‑1 (MQ=255) ggCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTGGAGGATAAACACGATCAg > 2:375293/1‑139 (MQ=255) aaTTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTGGAGGATAAACACGATCAGCAc > 1:442105/1‑139 (MQ=255) tgGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTGGAGGATAAACACGATCAGCACCAGAc > 2:1662200/1‑139 (MQ=255) gCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGtt > 1:1458424/1‑64 (MQ=255) gCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGtt < 2:1458424/64‑1 (MQ=255) gggCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTgg < 1:931905/101‑1 (MQ=255) gggCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTgg > 2:931905/1‑101 (MQ=255) gggCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTGGAGGATAAACACGATCAGCACCAGACCCTg > 2:1596757/1‑139 (MQ=255) gCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTGGAGGATAAACACGATCAGCACCAGACCCTGAc < 1:1256663/139‑1 (MQ=255) ctcACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGa < 2:1028121/74‑1 (MQ=255) ctcACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGa > 1:1028121/1‑74 (MQ=255) cACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTGGAGGATAAACACGATCAGCACCAGACCCTGACTGCGGCGGTAc < 1:1662200/139‑1 (MQ=255) tATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCt < 1:1009235/62‑1 (MQ=255) tATTAGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCt > 2:1009235/1‑62 (MQ=255) tttGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTGGAGGATAAACACGATCAGCACCAGACCCTGACTGCGGCGGTACTGgcg > 2:366487/1‑139 (MQ=255) gctgcAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTggagga > 2:1524740/1‑93 (MQ=255) gctgcAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTggagga < 1:1524740/93‑1 (MQ=255) gcAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTGGAGGATAAACACGATCAGCACCAGACCCTGAc < 2:1098503/117‑1 (MQ=255) gcAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTGGAGGATAAACACGATCAGCACCAGACCCTGAc > 1:1098503/1‑117 (MQ=255) aaaTGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGATGGAGGATAAACACGATCAGCACCAGACCCTGACTGCGGCGGTACTGGCGCGAGATAc > 1:1006536/1‑139 (MQ=255) aTGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGTGGCGCGTTATCGAt > 1:962196/1‑40 (MQ=39) aTGCGT‑GAACGGTTGTTTGATATGGTGGCGCGTTATCGAt < 2:962196/40‑1 (MQ=37) gT‑GAACGGTTGTTTGATCTTGTGGGGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAAGGCTGGAGGATAAACACGATCAGCACCAGACCCTGACTGCGGCGGTACTGGCGCGAGATACcgcgcg < 1:1596757/139‑1 (MQ=255) 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tggtggCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTGGAGGATAAACACGATCAGCACCAGACCCTGACTGCGGCGGTACTGGCGCGAGATACCGCGCGCGCCAGTGAGTTAATgcg > 2:1678270/1‑139 (MQ=255) | AGCTTGAGGCCTGTGACGCCAGCGAGAAAATGCTTGATGAGTGGGATCTGCGTCATCAGGCGTTTCATACGGCAATTGTGGCGGGCTGTGGTTCTCACTATTTGCTGCAAATGCGT‑GAACGGTTGTTTGATCTGGCGGCGCGTTATCGATTTATCTGGCTGCGGCGAACGGTGCTTTCGGTGGAAATGCTGGAGGATAAACACGATCAGCACCAGACCCTGACTGCGGCGGTACTGGCGCGAGATACCGCGCGCGCCAGTGAGTTAATGCG > NC_000913/2796011‑2796281 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |