Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A6 F1 I1 R1 | 750 | 51.0 | 2595496 | 93.6% | 2429384 | 106.4 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 444,641 | C→T | intergenic (‑126/‑42) | panE ← / → yajQ | 2‑dehydropantoate reductase, NADPH‑specific/phage Phi6 host factor, ATP/GTP binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 444,641 | 0 | C | T | 100.0% | 156.2 / NA | 49 | intergenic (‑126/‑42) | panE/yajQ | 2‑dehydropantoate reductase, NADPH‑specific/phage Phi6 host factor, ATP/GTP binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (30/19); total (30/19) | |||||||||||
TAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCG > NC_000913/444506‑444768 | tAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTggg > 1:937370/1‑139 (MQ=255)tAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTggg > 1:33637/1‑139 (MQ=255) gCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGaa > 2:632535/1‑139 (MQ=255) ttCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTgg < 2:265688/97‑1 (MQ=255) ttCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTgg > 1:265688/1‑97 (MQ=255) cAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGaa < 2:432863/121‑1 (MQ=255) cAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGaa > 1:432863/1‑121 (MQ=255) cccTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat < 1:442685/139‑1 (MQ=255) cccTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat < 1:1009974/139‑1 (MQ=255) ccTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGTATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGTATCAATAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATAtt < 1:865915/139‑1 (MQ=255) gCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAg > 2:630014/1‑139 (MQ=255) cATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCa > 1:186301/1‑86 (MQ=255) cATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCa < 2:186301/86‑1 (MQ=255) cATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGt > 1:878818/1‑139 (MQ=255) gCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGATTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGa > 1:1220834/1‑139 (MQ=255) tGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATc > 2:609825/1‑139 (MQ=255) tGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGc > 2:1215136/1‑106 (MQ=255) tGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGc < 1:1215136/106‑1 (MQ=255) aTGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGa < 2:784180/81‑1 (MQ=255) aTGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGa > 1:784180/1‑81 (MQ=255) tGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCa > 1:848974/1‑139 (MQ=255) gCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTgg > 1:182768/1‑54 (MQ=255) gCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCAc > 2:988762/1‑139 (MQ=255) ttAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCa < 2:674247/66‑1 (MQ=255) ttAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCa > 1:674247/1‑66 (MQ=255) ttAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAAcg > 1:543403/1‑139 (MQ=255) aGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGtt < 1:906111/114‑1 (MQ=255) aGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGtt > 2:906111/1‑114 (MQ=255) gggATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGt < 1:988762/139‑1 (MQ=255) tACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTgg > 2:777396/1‑40 (MQ=255) tACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTgg > 2:822501/1‑40 (MQ=255) cGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAggg < 2:982963/67‑1 (MQ=255) cGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAggg > 1:982963/1‑67 (MQ=255) cGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATAtt > 2:773198/1‑95 (MQ=255) cGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATAtt < 1:773198/95‑1 (MQ=255) aGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCcgcg > 2:871861/1‑139 (MQ=255) gACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGaaa < 2:716627/62‑1 (MQ=255) gACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGaaa > 1:716627/1‑62 (MQ=255) aCTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAg < 2:848974/139‑1 (MQ=255) tGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTg < 2:937370/139‑1 (MQ=255) tCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGtt > 2:1016149/1‑89 (MQ=255) tCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGtt < 1:1016149/89‑1 (MQ=255) tCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGa > 2:465705/1‑139 (MQ=255) tCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGa > 1:178650/1‑139 (MQ=255) tCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGa > 1:1273408/1‑139 (MQ=255) gTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTc < 2:1273408/139‑1 (MQ=255) aTTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGATCCGCGAAGTGGAGTCCCg > 1:872074/1‑139 (MQ=255) ttGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCa > 2:604086/1‑51 (MQ=255) ttGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCa < 1:604086/51‑1 (MQ=255) | TAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCG > NC_000913/444506‑444768 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |