Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
502 |
34.8 |
1912488 |
98.2% |
1878063 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,865,044 |
A→G |
intergenic (+32/‑57) |
ygbM → / → ygbN |
putative 2‑oxo‑tetronate isomerase YgbM/putative transporter YgbN |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,865,044 | 0 | A | G | 100.0%
| 138.7
/ NA
| 40 | intergenic (+32/‑57) | ygbM/ygbN | putative 2‑oxo‑tetronate isomerase YgbM/putative transporter YgbN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (15/25); total (15/25) |
GTGGCCTCACCGAAGAAGGGCTTGGCTGGTTTGACGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATACATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAGGGTTTCCCATGTCCACAATTACATTGTTAT > NC_000913/2864966‑2865122
|
gTGGCCTCACCGAAGAAGGGCTTGGCTGGTTTGACGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCa > 2:516620/1‑81 (MQ=255)
ccTCACCGAAGAAGGGCTTGGCTGGTTTGACGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATccc < 2:516579/81‑1 (MQ=255)
ccTCACCGAAGAAGGGCTTGGCTGGTTTGACGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATccc < 2:516578/81‑1 (MQ=255)
cACCGAAGAAGGGCTTGGCTGGTTTGACGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATccccc > 1:516631/1‑80 (MQ=255)
gaagaaGGGCTTGGCTGGTTTGACGCCTGGCGCTAATTCGATAAAGCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCt < 1:516580/81‑1 (MQ=255)
agaagGGCTTGGCTGGTTTGACGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTAc < 2:516581/81‑1 (MQ=255)
aagGGCTTGGCTGGTTTGACGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACgg < 2:516582/81‑1 (MQ=255)
gggCTTGGCTGGTTTGACGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGAt < 2:516583/81‑1 (MQ=255)
gCTTGGCTGGTTTGACGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATgg < 2:516584/81‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTGACGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAg > 1:516644/1‑81 (MQ=255)
cTGGTTTGACGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAgg < 2:516585/81‑1 (MQ=255)
gTTTGACGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGtt > 2:516654/1‑80 (MQ=255)
tGACGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAAc > 1:516619/1‑80 (MQ=255)
gACGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACta > 1:516629/1‑81 (MQ=255)
aCGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGG‑TAACtata < 2:516586/81‑1 (MQ=255)
cGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACtata < 1:516587/81‑1 (MQ=255)
ccTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAAc < 2:516588/81‑1 (MQ=255)
gcgcTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACttt < 1:516589/80‑1 (MQ=255)
cgcTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCa < 1:516590/81‑1 (MQ=255)
gcTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAg < 2:516591/81‑1 (MQ=255)
tAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGa > 2:516633/1‑80 (MQ=255)
tAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGa > 1:516639/1‑80 (MQ=255)
aaTTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGa > 1:516632/1‑79 (MQ=255)
aTTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAg > 2:516634/1‑81 (MQ=255)
aTTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAg < 2:516592/81‑1 (MQ=255)
ttCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAgg < 2:516593/81‑1 (MQ=255)
cGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAggg < 2:516594/80‑1 (MQ=255)
gTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAGGGt < 2:516595/80‑1 (MQ=255)
ttAAATCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAGGGttt < 2:516596/81‑1 (MQ=255)
aaaTCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAGGGTTTc < 1:516597/80‑1 (MQ=255)
tCCCTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATAGGGTAGGTTAACTATAACTGTCAGACAGGGTTTCCCAt < 2:516598/81‑1 (MQ=255)
ccTAATTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAGGGTTTCCCATGt < 2:516599/81‑1 (MQ=255)
aTTACAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAGGGTTTCCCATGTCca > 1:516630/1‑80 (MQ=255)
cAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAGGGTTTCCCATGTCCACAAt < 2:516600/80‑1 (MQ=255)
cAACGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAGGGTTTCCCATGTCCACAAt < 2:516601/80‑1 (MQ=255)
aCGTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAGGGTTTCCCATGTCCACAATTa > 2:516641/1‑80 (MQ=255)
gTACCCATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAGGGTTTCCCATGTCCACAATTACAt > 1:516672/1‑81 (MQ=255)
ccATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAGGGTTTCCCATGTCCACAATTACATTGtt < 1:516602/81‑1 (MQ=255)
cATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAGGGTTTCCCATGTCCACAATTACATTGTTa > 1:516645/1‑81 (MQ=255)
cATGCATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAGGGTTTCCCATGTCCACAA‑TACATTGTTAt > 2:516648/1‑81 (MQ=255)
|
GTGGCCTCACCGAAGAAGGGCTTGGCTGGTTTGACGCCTGGCGCTAATTCGTTAAATCCCTAATTACAACGTACCCATACATCCCCCCATCTACGGATGGGGTAGGTTAACTATAACTTTCAGACAGGGTTTCCCATGTCCACAATTACATTGTTAT > NC_000913/2864966‑2865122
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
