Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
690 |
31.8 |
1836723 |
97.1% |
1783458 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,200,368 |
G→A |
Q200* (CAG→TAG) |
ygiF ← |
inorganic triphosphatase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,200,368 | 0 | G | A | 100.0%
| 150.9
/ NA
| 42 | Q200* (CAG→TAG) | ygiF | inorganic triphosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (17/25); total (17/25) |
AGCCCCTGTTCCACATCGGCTTTTGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTGCGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAATCCGGTTTGCGATACCAGTTGGTTCG > NC_000913/3200292‑3200442
|
aGCCCCTGTTCCACATCGGCTTTTGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTacgc > 2:534064/1‑80 (MQ=255)
aGCCCCTGTTCCACATCGGCTTTTGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTacgc > 1:534051/1‑80 (MQ=255)
gCCCCTGTTCCACATCGGCTTTTGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCa < 2:534003/81‑1 (MQ=255)
gCCCCTGTTCCACATCGGCTTTTGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCa < 1:534003/81‑1 (MQ=255)
ccccTGTTCCACATCGGCTTTTGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAg < 2:534004/81‑1 (MQ=255)
ccTGTTCCACATCGGCTTTTGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAgat < 2:534005/81‑1 (MQ=255)
ttCCACATCGGCTTTTGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAgatga > 2:534059/1‑79 (MQ=255)
cacaTCGGCTTTTGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGcc < 2:534006/81‑1 (MQ=255)
acaTCGGCTTTTGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCa < 1:534008/81‑1 (MQ=255)
caTCGGCTTTTGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCAc < 2:534008/81‑1 (MQ=255)
tCGGCTTTTGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCAcgc < 1:534010/81‑1 (MQ=255)
ggCTTTTGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCAcgcg < 1:534011/80‑1 (MQ=255)
ggCTTTTGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACgcgc > 1:534082/1‑81 (MQ=255)
ttGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGcgccgc < 1:534012/79‑1 (MQ=255)
tGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCtt < 1:534013/80‑1 (MQ=255)
cAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCt > 1:534071/1‑79 (MQ=255)
aaCATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAg < 1:534014/81‑1 (MQ=255)
aTGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCTGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCt > 2:534071/1‑81 (MQ=255)
aTGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCt > 2:534082/1‑81 (MQ=255)
aTGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCt < 1:534015/81‑1 (MQ=255)
cAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGcc < 1:534016/81‑1 (MQ=255)
aaaTGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCt < 1:534018/81‑1 (MQ=255)
aaaTGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCt < 1:534019/81‑1 (MQ=255)
aaaTGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCt < 1:534017/81‑1 (MQ=255)
aaTGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTg < 1:534020/81‑1 (MQ=255)
ggtggtCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCg > 1:534088/1‑81 (MQ=255)
tggtCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGt > 1:534069/1‑80 (MQ=255)
gtaggTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAAt < 1:534021/78‑1 (MQ=255)
gtCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAAt < 2:534021/81‑1 (MQ=255)
gtCGGTTCGATCTCACGCTCTGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTaac > 2:534116/1‑80 (MQ=255)
ggTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAATcc < 2:534022/80‑1 (MQ=255)
tttGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAATCCGGt > 1:534095/1‑81 (MQ=255)
tttGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAATCCGGt > 1:534091/1‑81 (MQ=255)
ttGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAATCCGGtt > 1:534081/1‑81 (MQ=255)
aTTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAATCCGGTTTGc > 1:534077/1‑81 (MQ=255)
aTTTCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAATCCGGTTTGc < 1:534024/81‑1 (MQ=255)
ttCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAATCCGGTTTGCGa > 1:534080/1‑81 (MQ=255)
tCACGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAATCCGGTTTGCGa > 2:534073/1‑80 (MQ=255)
aCGCGCCGGATTGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCCCAGGCTGCCCTGGCGTAATCCGGTTTGCGATAc > 2:534088/1‑81 (MQ=255)
ttGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAATCCGGTTTGCGATACCAGTTGGTTc < 2:534025/81‑1 (MQ=255)
ttGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAATCCGGTTTGCGATACCAGTTGGTTc > 1:534073/1‑81 (MQ=255)
ttGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAATCCGGTTTGCGATACCAGTTGGTTc < 1:534027/81‑1 (MQ=255)
ttGCCCTACGACAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAATCCGGTTTGCGATACCAGTTGGTTc < 2:534024/81‑1 (MQ=255)
tGCCCTACGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAATCCGGTTTGCGATACCAGTTGGTTCg > 2:534095/1‑81 (MQ=255)
|
AGCCCCTGTTCCACATCGGCTTTTGCCGCAACATGCAAAATGGTGGTCGGTTTGATTTCACGCGCCGGATTGCCCTGCGCCAGATGATAGCCACGCGCCGCTTTGCTCAGGCTGCCCTGGCGTAATCCGGTTTGCGATACCAGTTGGTTCG > NC_000913/3200292‑3200442
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
