Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
690 |
31.8 |
1836723 |
97.1% |
1783458 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,545,060 |
C→A |
P60H (CCC→CAC) |
yhgH → |
DNA utilization protein YhgH |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,545,060 | 0 | C | A | 100.0%
| 125.0
/ NA
| 35 | P60H (CCC→CAC) | yhgH | DNA utilization protein YhgH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (16/19); total (16/19) |
AACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGC > NC_000913/3544983‑3545137
|
aaCGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTg < 1:615308/81‑1 (MQ=255)
cGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGc < 2:615308/81‑1 (MQ=255)
gTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCa < 2:615309/81‑1 (MQ=255)
ttATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCa > 2:615368/1‑80 (MQ=255)
tGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAg < 2:615310/80‑1 (MQ=255)
caATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGt > 1:615360/1‑80 (MQ=255)
aaTGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCa < 1:615312/81‑1 (MQ=255)
aaTGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCa > 2:615347/1‑81 (MQ=255)
ttACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGcc > 2:615370/1‑81 (MQ=255)
aCCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCg < 2:615312/80‑1 (MQ=255)
aCCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGa > 1:615367/1‑81 (MQ=255)
ccGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACt < 2:615313/81‑1 (MQ=255)
gCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTAt > 1:615358/1‑81 (MQ=255)
cacacaCTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATgc < 2:615314/81‑1 (MQ=255)
acacacTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATgcg > 2:615365/1‑81 (MQ=255)
acacacTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATgcg < 1:615316/81‑1 (MQ=255)
acTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGcgccgc < 2:615316/81‑1 (MQ=255)
cTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCgccgcc < 2:615317/81‑1 (MQ=255)
cTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCgccgcc < 1:615319/81‑1 (MQ=255)
ccATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGtt < 1:615320/81‑1 (MQ=255)
cATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGtt > 1:615373/1‑80 (MQ=255)
aTCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGtt > 2:615376/1‑79 (MQ=255)
cccTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTc < 1:615321/79‑1 (MQ=255)
cccTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCg > 1:615364/1‑81 (MQ=255)
cTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCt > 1:615322/1‑81 (MQ=255)
gCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTa > 2:615364/1‑81 (MQ=255)
ggTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATc > 1:615370/1‑81 (MQ=255)
gTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATcc < 1:615323/81‑1 (MQ=255)
gTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATcc < 1:615324/81‑1 (MQ=255)
gTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATc > 2:615371/1‑80 (MQ=255)
gCTGCCTGCAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATccac > 1:615368/1‑80 (MQ=255)
tgcctgcAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAg > 2:615378/1‑81 (MQ=255)
cAAAAACCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTaaa < 2:615324/81‑1 (MQ=255)
aaaCCGCCGCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAAttt < 2:615325/81‑1 (MQ=255)
ccgccgCACTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTcc < 1:615327/81‑1 (MQ=255)
gccgcaCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCg < 2:615328/81‑1 (MQ=255)
gccgcaCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCg < 1:615328/81‑1 (MQ=255)
cgcaCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGgc < 1:615330/81‑1 (MQ=255)
|
AACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGC > NC_000913/3544983‑3545137
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
