Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
524 |
31.4 |
1748232 |
97.8% |
1709770 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,590,292 |
A→G |
M900V (ATG→GTG) |
acrD → |
multidrug efflux pump RND permease AcrD |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,590,292 | 0 | A | G | 100.0%
| 145.0
/ NA
| 41 | M900V (ATG→GTG) | acrD | multidrug efflux pump RND permease AcrD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (19/22); total (19/22) |
CTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTC > NC_000913/2590214‑2590369
|
cTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTg < 1:442536/81‑1 (MQ=255)
cTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTg > 1:442574/1‑81 (MQ=255)
cTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTg > 1:442604/1‑81 (MQ=255)
cTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCAGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTg < 2:442537/81‑1 (MQ=255)
cGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTgg < 2:442538/80‑1 (MQ=255)
cATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGt < 1:442539/81‑1 (MQ=255)
tCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGcc < 2:442543/80‑1 (MQ=255)
tCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGcc < 2:442542/80‑1 (MQ=255)
tCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGcc < 2:442540/80‑1 (MQ=255)
tCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGCGcc < 2:442541/80‑1 (MQ=255)
ccTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCg < 1:442544/80‑1 (MQ=255)
gCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTggg > 2:442590/1‑81 (MQ=255)
cTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTgggg < 2:442545/81‑1 (MQ=255)
cTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTgggg < 1:442546/81‑1 (MQ=255)
ggtggtATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTggggg > 2:442579/1‑80 (MQ=255)
gtggtATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTa < 1:442547/81‑1 (MQ=255)
ggtATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAAt > 2:442582/1‑81 (MQ=255)
cTGTGTCTGTCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGATGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGgcgc < 2:442549/80‑1 (MQ=39)
cTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGgcgcg > 2:442603/1‑81 (MQ=255)
cTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGgcgcg < 2:442548/81‑1 (MQ=255)
tGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTgg > 1:442608/1‑81 (MQ=255)
cTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCaa > 2:442585/1‑81 (MQ=255)
tGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAAc > 2:442595/1‑81 (MQ=255)
cGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCt < 2:442550/81‑1 (MQ=255)
gTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTg > 1:442587/1‑81 (MQ=255)
tGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGa > 1:442588/1‑81 (MQ=255)
cgTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGa > 2:442589/2‑81 (MQ=255)
aTGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATgc > 1:442593/1‑81 (MQ=255)
gAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATgcgc > 2:442600/1‑81 (MQ=255)
aaaGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGcgcg > 1:442609/1‑81 (MQ=255)
tGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTg > 2:442596/1‑81 (MQ=255)
gTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTgg < 2:442551/80‑1 (MQ=255)
tCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGaa < 2:442552/81‑1 (MQ=255)
ggTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGaaaa < 2:442553/81‑1 (MQ=255)
ggTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGaaa < 2:442554/80‑1 (MQ=255)
gCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGTTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAacga > 2:442610/1‑81 (MQ=255)
ccGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAacgac < 1:442555/81‑1 (MQ=255)
tctcGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGtt > 2:442598/1‑80 (MQ=255)
ctcGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGttt < 2:442557/80‑1 (MQ=255)
ctcGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGttt < 1:442556/80‑1 (MQ=255)
gTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTc > 1:442612/1‑81 (MQ=255)
|
CTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTC > NC_000913/2590214‑2590369
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
