Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
315 |
33.5 |
1889570 |
98.7% |
1865005 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,590,292 |
A→G |
M900V (ATG→GTG) |
acrD → |
multidrug efflux pump RND permease AcrD |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,590,292 | 0 | A | G | 100.0%
| 160.8
/ NA
| 44 | M900V (ATG→GTG) | acrD | multidrug efflux pump RND permease AcrD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (21/23); total (21/23) |
CTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTC > NC_000913/2590214‑2590369
|
cTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTg > 2:473378/1‑81 (MQ=255)
cTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTg > 2:473365/1‑81 (MQ=255)
gTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCt > 1:473369/1‑81 (MQ=255)
tACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGc < 2:473316/79‑1 (MQ=255)
cGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGt < 1:473317/81‑1 (MQ=255)
cGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGt > 1:473386/1‑81 (MQ=255)
cGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGt > 2:473371/1‑81 (MQ=255)
gCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTc > 2:473360/1‑81 (MQ=255)
cATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGt < 2:473318/81‑1 (MQ=255)
cTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCt > 1:473370/1‑81 (MQ=255)
cTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTggg < 2:473319/80‑1 (MQ=255)
gtggtATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGt > 1:473389/1‑80 (MQ=255)
gtATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAAt < 1:473320/80‑1 (MQ=255)
tCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGgcg > 1:473366/1‑81 (MQ=255)
ccTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGgcg < 1:473321/80‑1 (MQ=255)
cTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGgcgcg < 1:473322/81‑1 (MQ=255)
tgtCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCgct < 2:473323/80‑1 (MQ=255)
tGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTgg > 1:473383/1‑81 (MQ=255)
gCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGctgctg < 1:473325/78‑1 (MQ=255)
gCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGc < 2:473324/80‑1 (MQ=255)
gCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGc > 1:473382/1‑80 (MQ=255)
cTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCaa < 2:473326/81‑1 (MQ=255)
gCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAAcc > 1:473390/1‑81 (MQ=255)
cGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCt < 1:473327/81‑1 (MQ=255)
tGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGa > 1:473381/1‑81 (MQ=255)
tGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATgc < 1:473328/80‑1 (MQ=255)
gAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGTTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGAATgcgc > 2:473377/1‑81 (MQ=255)
gAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATgcgc > 1:473387/1‑81 (MQ=255)
gAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATgcgc > 2:473398/1‑81 (MQ=255)
aaGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCgg > 2:473379/1‑81 (MQ=255)
aGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCggg > 1:473396/1‑81 (MQ=255)
gTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTg < 2:473330/79‑1 (MQ=255)
gTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGa < 2:473329/81‑1 (MQ=255)
ggTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGaaa < 2:473331/80‑1 (MQ=255)
gTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAac > 2:473384/1‑81 (MQ=255)
tGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAacg < 1:473332/81‑1 (MQ=255)
cGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAacgacg > 2:473391/1‑81 (MQ=255)
gTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGATGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGATGGAAAACGACGt < 1:473333/81‑1 (MQ=255)
tctcGGCAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGtt > 2:473408/1‑80 (MQ=255)
ggTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACt < 2:473336/80‑1 (MQ=255)
ggTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACt < 1:473334/80‑1 (MQ=255)
ggTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACt < 1:473335/80‑1 (MQ=255)
gTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTc < 1:473337/81‑1 (MQ=255)
gTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTc < 1:473338/81‑1 (MQ=255)
|
CTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTC > NC_000913/2590214‑2590369
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
