Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F80 I1 R1
|
83 |
52.9 |
1240211 |
98.2% |
1217887 |
216.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,781,961 |
T→C |
T256A (ACC→GCC) |
ypjA ← |
adhesin‑like autotransporter YpjA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,781,961 | 0 | T | C | 100.0%
| 294.2
/ NA
| 79 | T256A (ACC→GCC) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (38/41); total (38/41) |
TTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTGCCACGTGATTGTGGATGGAGAATGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGTGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACG > NC_000913/2781729‑2782187
|
tttGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTGCCACGTGATTGTGGATGGAGAATGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATc < 2:46579/239‑1 (MQ=255)
atatGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTGCCACGTGATTGTGGATGGAGAATGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGt < 1:8562/240‑1 (MQ=255)
cGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTGCCACGTGATTGTGGATGGAGAATGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATATGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGccac < 1:520648/240‑1 (MQ=255)
tttATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTGCCACGTGATTGTGGATGGAGAATGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGccacca < 1:466828/240‑1 (MQ=255)
acacATTGTCTGCCACGTGATTGTGGATGGAGAATGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGAc < 2:548566/239‑1 (MQ=255)
tCTGCCACGTGATTGTGGATGGAGAATGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTg > 2:126948/1‑229 (MQ=255)
ccACGTGATTGTGGATGGAGAATGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCaga > 2:560921/1‑239 (MQ=255)
aCGTGATTGTGGATGGAGAATGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAgaga > 2:162419/1‑239 (MQ=255)
gATTGTGGATGGAGAATGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAg > 2:367799/1‑197 (MQ=255)
ggatggaGAATGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCg < 2:598350/239‑1 (MQ=255)
gatggaGAATGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGcc < 1:409563/240‑1 (MQ=255)
agaATGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCa > 2:576221/1‑239 (MQ=255)
agaATGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCa > 2:521650/1‑239 (MQ=255)
gaATGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCaa < 1:182581/239‑1 (MQ=255)
aaTGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAAtc > 1:318296/1‑240 (MQ=255)
tGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAAtcgt > 2:247371/1‑240 (MQ=255)
ttCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCa < 1:189291/240‑1 (MQ=255)
ttCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCa < 1:320669/240‑1 (MQ=255)
ttCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCa < 1:553977/240‑1 (MQ=255)
ttCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCa < 1:450718/240‑1 (MQ=255)
ttCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCa < 1:173100/240‑1 (MQ=255)
cGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCAc < 2:42804/239‑1 (MQ=255)
cGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCAc > 2:9736/1‑239 (MQ=255)
tACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACgg < 1:556180/239‑1 (MQ=255)
aCCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTCTCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTCTTTTTTGCCGTTGACTTAATATTCag > 2:143045/1‑198 (MQ=255)
aCCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGt > 2:283841/1‑207 (MQ=255)
aCCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACgg > 1:83143/1‑238 (MQ=255)
ccGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGct < 2:509279/239‑1 (MQ=255)
ccGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGct < 2:308692/239‑1 (MQ=255)
gCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGctc > 2:452485/1‑238 (MQ=255)
gCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCtctc > 1:614171/1‑240 (MQ=255)
ccGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCatat < 2:157459/239‑1 (MQ=255)
ccGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCatat < 1:64992/239‑1 (MQ=255)
cgtcgtACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATAc > 1:526388/1‑240 (MQ=255)
cgtACCGTTAGTGTTAGTTTTT‑AAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATActct < 1:451904/239‑1 (MQ=255)
gtACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTAACACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGCTGACTTACTATTCAGAGACAGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCa < 1:34585/222‑1 (MQ=255)
tACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCttt > 1:486422/1‑240 (MQ=255)
ttagtgttagtTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTc > 1:38479/1‑239 (MQ=255)
ttagtgttagtTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTc > 1:505449/1‑239 (MQ=255)
agtgttagtTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCATAGACt > 1:339032/1‑182 (MQ=255)
ttagtTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTc > 1:154287/1‑184 (MQ=255)
ttagtTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGcc < 1:476081/239‑1 (MQ=255)
agtTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCAtt > 2:365564/1‑240 (MQ=255)
tttttAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCatat < 1:509800/218‑1 (MQ=255)
aaaTTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTg < 2:558977/150‑1 (MQ=255)
tGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGgttgt < 1:517534/240‑1 (MQ=255)
tGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACt > 1:356009/1‑240 (MQ=255)
cTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACCCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGgttgt < 1:429660/228‑1 (MQ=255)
tAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGctct > 2:345372/1‑240 (MQ=255)
tAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGctct > 1:571212/1‑240 (MQ=255)
tAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGctct < 1:448618/240‑1 (MQ=255)
tAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCAAGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACCGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGctct > 1:262908/1‑240 (MQ=255)
gttgCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAAc > 1:84574/1‑239 (MQ=255)
gttgCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAAc > 2:560141/1‑239 (MQ=255)
ttgCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAATATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAATAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAAtcgtc < 2:483235/158‑1 (MQ=255)
gTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGt > 1:461357/1‑240 (MQ=255)
gTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGt > 1:434534/1‑240 (MQ=255)
ccccTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGgtt < 2:293893/201‑1 (MQ=255)
ccccTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGgtt > 1:293900/1‑201 (MQ=255)
ccccTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGacca < 1:343159/240‑1 (MQ=255)
aaGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGt > 1:550290/1‑240 (MQ=255)
aGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGac > 2:436281/1‑226 (MQ=255)
aGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGtt > 1:548932/1‑240 (MQ=255)
cGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTgtgt > 1:409766/1‑240 (MQ=255)
caccaGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCAACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGAATTACAATTCAGAGTCTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAg > 2:392511/1‑136 (MQ=255)
tAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGa < 1:307882/240‑1 (MQ=255)
aaaCTGTAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGa < 2:226680/239‑1 (MQ=255)
accTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGa < 2:600222/236‑1 (MQ=255)
ttCAATAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTcc < 1:367807/240‑1 (MQ=255)
aTAACATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCtt < 2:182337/238‑1 (MQ=255)
aCATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGtact < 2:356001/240‑1 (MQ=255)
cATCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGtact < 2:333006/239‑1 (MQ=255)
tCCGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCActt > 2:533307/1‑204 (MQ=255)
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cGAGGTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGa < 1:70868/223‑1 (MQ=255)
gTGCTGGCGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGacca < 2:285912/192‑1 (MQ=255)
|
TTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTGCCACGTGATTGTGGATGGAGAATGCACCTTCACTATTCGTACCGCTCACCGTCGTACCGTTAGTGTTAGTTTTTAAAATTGCACCATCGTGCTGGGTAACATTTGTTGCCGTACCACCCCTAACATCAAGCACGCCACCAGAATAAACTTCAATAACATCCGAGGTGCTGGTGTTATCAACAATTTGCGTGCCACCAGAATAGATATGCGTATTTTTTGCCGTTGACTTACTATTCAGAGACTGAGTTCCGCCTTCAATCGTCGTGTCCAGCGCACGGCTCTCATATACTCTTTGCTCACCGCCATTTTTAATGGTTGTTGTTTCTACTGTGCTCTGTTCAACATACTGTCGACCACCATTTATGGTTGTGTTCGTTGCCAGACTTCCTTGTACTACG > NC_000913/2781729‑2782187
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
