Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F28 I1 R1
|
151 |
87.4 |
2971636 |
99.2% |
2947862 |
138.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,594,256 |
(C)8→9 |
pseudogene (3831/5422 nt) |
yneO ← |
AIDA‑I family autotransporter YneO |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,594,248 | 1 | . | C | 93.7%
| 261.3
/ 9.5
| 80 | pseudogene (3839/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/2); new base C (43/31); total (47/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.81e-01 |
AGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACG > NC_000913/1594111‑1594372
|
aGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCTTAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑cc < 2:1471391/140‑1 (MQ=255)
aGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑cc < 1:879234/140‑1 (MQ=255)
gCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGATGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑ccc > 1:625182/1‑140 (MQ=255)
acGCAGTG‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑ccccccc‑cc > 1:28046/1‑139 (MQ=255)
aGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑ccccccc‑ccacg > 1:145610/1‑136 (MQ=255)
ccccccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGatat < 2:17493/140‑1 (MQ=255)
ccccccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGatat < 2:63846/140‑1 (MQ=255)
ccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCcgt > 2:1424151/1‑140 (MQ=255)
cccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCcgtc > 2:317669/1‑140 (MQ=255)
ccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCcgtcg < 1:141177/140‑1 (MQ=255)
ccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCcgtcg < 1:317669/140‑1 (MQ=255)
gCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTAcc > 2:800843/1‑140 (MQ=255)
aCGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGAt > 2:1247573/1‑140 (MQ=255)
cATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATAcgcc > 2:1370639/1‑140 (MQ=255)
aCCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGaa < 1:1287051/140‑1 (MQ=255)
cTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATc < 1:1424151/140‑1 (MQ=255)
cAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgtt > 2:1429354/1‑140 (MQ=255)
cAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgtt > 1:357314/1‑140 (MQ=255)
gtggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGAAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTA‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgt > 2:497854/1‑140 (MQ=255)
tggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgtt > 2:1475766/1‑140 (MQ=255)
tggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgtt < 1:1429354/140‑1 (MQ=255)
tggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTa < 2:1034414/140‑1 (MQ=255)
gtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTaa > 2:9500/1‑140 (MQ=255)
ttCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAg < 1:1475766/140‑1 (MQ=255)
ccGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGAt > 1:553580/1‑140 (MQ=255)
cGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATc > 1:259142/1‑140 (MQ=255)
gACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATcc < 2:36048/140‑1 (MQ=255)
cacaCCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGt > 1:327463/1‑140 (MQ=255)
cacaCCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTa > 2:326873/1‑140 (MQ=255)
acacCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTAc < 1:1370639/140‑1 (MQ=255)
cacCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTAc < 2:327463/140‑1 (MQ=255)
cacCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTAcc > 2:191876/1‑140 (MQ=255)
cacCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTAcc > 1:297630/1‑140 (MQ=255)
ccGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCa < 1:326873/140‑1 (MQ=255)
cTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGtt > 2:513393/1‑140 (MQ=255)
cTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGtt > 1:1104653/1‑140 (MQ=255)
gATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTcaca > 1:393615/1‑140 (MQ=255)
tatTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATc > 2:1248529/1‑140 (MQ=255)
atTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCa > 1:174921/1‑140 (MQ=255)
atTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCac > 2:1420650/1‑140 (MQ=255)
tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCacc > 2:778137/1‑140 (MQ=255)
aaTGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccg < 2:297630/140‑1 (MQ=255)
tgtgTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 2:393615/140‑1 (MQ=255)
tgtgTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 2:625182/140‑1 (MQ=255)
tgtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGTAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctac > 1:989231/1‑140 (MQ=255)
tgtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTcac < 1:581733/129‑1 (MQ=255)
tgtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTcac > 2:581733/1‑129 (MQ=255)
tgtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctac > 1:926970/1‑140 (MQ=255)
ttGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctaccg < 1:722019/140‑1 (MQ=255)
aCTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACAt < 1:275032/126‑1 (MQ=255)
aCTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACAt > 2:275032/1‑126 (MQ=255)
aCTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTg > 2:438831/1‑140 (MQ=255)
ttGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTg > 2:338184/1‑138 (MQ=255)
ttGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTg < 1:338184/138‑1 (MQ=255)
tGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑‑‑‑CCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACtgt > 2:193823/1‑140 (MQ=255)
ccATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 1:1325295/128‑1 (MQ=255)
ccATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgc < 1:291346/127‑1 (MQ=255)
ccATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGAACCCAGTTTTGTCACATCaccgc > 2:291346/1‑127 (MQ=255)
ccATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCCCACACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct > 2:1325295/1‑128 (MQ=255)
atatTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACtgt > 1:983486/1‑140 (MQ=255)
ttAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCg > 2:409163/1‑140 (MQ=255)
ttAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCg > 1:638149/1‑140 (MQ=255)
aTGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCa < 1:1248529/140‑1 (MQ=255)
ggCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATc > 1:994463/1‑140 (MQ=255)
agagTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGcc < 2:259142/140‑1 (MQ=255)
gagTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGccc > 2:992693/1‑140 (MQ=255)
agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 2:207745/1‑140 (MQ=255)
agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 2:308490/1‑140 (MQ=255)
agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 1:1375056/1‑140 (MQ=255)
agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 1:1377252/1‑140 (MQ=255)
agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 2:1161315/1‑140 (MQ=255)
agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 2:1157931/1‑140 (MQ=255)
agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 1:359321/1‑140 (MQ=255)
tCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGc > 1:1138138/1‑140 (MQ=255)
tCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGc > 2:1267700/1‑140 (MQ=255)
cGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCt < 1:778137/140‑1 (MQ=255)
cGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCt < 2:357314/140‑1 (MQ=255)
cGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCt < 1:1247573/140‑1 (MQ=255)
gAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACg < 1:1420650/140‑1 (MQ=255)
aaCCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACg < 1:1267700/140‑1 (MQ=255)
aaCCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACg < 1:1157931/140‑1 (MQ=255)
aaCCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACg < 2:983486/140‑1 (MQ=255)
aaCCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACg < 2:1375056/140‑1 (MQ=255)
aaaGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGcc < 1:416873/127‑1 (MQ=255)
aaaGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGcc > 2:416873/1‑127 (MQ=255)
|
AGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACG > NC_000913/1594111‑1594372
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
