Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F28 I1 R1
|
183 |
98.6 |
3427438 |
96.9% |
3321187 |
138.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,594,256 |
(C)8→9 |
pseudogene (3831/5422 nt) |
yneO ← |
AIDA‑I family autotransporter YneO |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,594,248 | 1 | . | C | 94.6%
| 324.5
/ 8.4
| 92 | pseudogene (3839/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/3); new base C (50/37); total (52/40) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
CACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGG > NC_000913/1594116‑1594380
|
cacGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑cccccc > 1:682222/1‑140 (MQ=255)
cacGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑ccccccc > 2:790861/1‑140 (MQ=255)
cacGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑ccccccc > 1:871662/1‑140 (MQ=255)
cGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑ccccccc‑c > 1:104559/1‑140 (MQ=255)
ccccccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGatat < 2:974539/140‑1 (MQ=255)
ccccccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGatat < 2:682222/140‑1 (MQ=255)
ccccccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGatat < 2:60347/140‑1 (MQ=255)
ccccccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGatat < 2:104559/140‑1 (MQ=255)
cccccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCCC‑CACGATATcc > 2:636910/1‑140 (MQ=255)
ccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCcgt > 2:522728/1‑140 (MQ=255)
ccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCcgt > 1:1547266/1‑140 (MQ=255)
ccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCcgtcg > 1:478574/1‑140 (MQ=255)
ccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCcgtcg < 2:1547266/140‑1 (MQ=255)
gCATAACGTTCATATCACCTGGAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTAcc > 2:1214570/1‑140 (MQ=255)
gCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTAcc < 1:790861/140‑1 (MQ=255)
aCGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCcgtcg < 1:851102/131‑1 (MQ=255)
aCGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCcgtcg > 2:851102/1‑131 (MQ=255)
aCGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGAt > 2:52031/1‑140 (MQ=255)
cATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATAcgcc > 2:1656152/1‑140 (MQ=255)
ccTGCAGTGATGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAAt > 1:1419454/1‑140 (MQ=255)
ggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTa > 2:1340669/1‑140 (MQ=255)
ggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTa > 2:348701/1‑140 (MQ=255)
gtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTaa < 2:168814/140‑1 (MQ=255)
gtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTaa > 2:126706/1‑140 (MQ=255)
gtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTaa > 1:168814/1‑140 (MQ=255)
tgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTaa < 1:1012856/140‑1 (MQ=255)
tgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAag < 1:348701/140‑1 (MQ=255)
gACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGaa < 2:971098/128‑1 (MQ=255)
gACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGaa > 1:971098/1‑128 (MQ=255)
gACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAaga > 1:297902/1‑140 (MQ=255)
aCATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgtt < 2:426475/135‑1 (MQ=255)
aCATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgtt > 1:426475/1‑135 (MQ=255)
cATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGCTGTCGTTGATAagaat < 2:871662/140‑3 (MQ=255)
cATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGCTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCTTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGt < 2:1512776/140‑1 (MQ=255)
aTTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTc > 1:522239/1‑140 (MQ=255)
cacaCCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTa > 2:992146/1‑140 (MQ=255)
cacaCCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTa > 2:452861/1‑140 (MQ=255)
acacCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTAc < 1:522728/140‑1 (MQ=255)
cacCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTAcc < 2:522239/140‑1 (MQ=255)
ccGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCa < 2:548276/140‑1 (MQ=255)
cTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGtt > 2:1011554/1‑140 (MQ=255)
cTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGtt > 1:917850/1‑140 (MQ=255)
ttATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTg > 1:1540621/1‑140 (MQ=255)
tATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGt < 1:992146/140‑1 (MQ=255)
aTGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTc > 1:911818/1‑140 (MQ=255)
gATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTcaca > 1:1154830/1‑140 (MQ=255)
atatTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACAt < 1:1199649/140‑1 (MQ=255)
atTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCa > 1:1558727/1‑140 (MQ=255)
atTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCa > 1:789006/1‑140 (MQ=255)
tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCacc > 1:611704/1‑140 (MQ=255)
tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCacc > 2:984169/1‑140 (MQ=255)
tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCacc > 1:261353/1‑140 (MQ=255)
tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccg > 2:334284/1‑140 (MQ=255)
aTGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 1:334284/140‑1 (MQ=255)
tgtgTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 2:297902/140‑1 (MQ=255)
tgtgTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 2:537267/140‑1 (MQ=255)
tgtgTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 1:1214570/140‑1 (MQ=255)
tgtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctac < 2:789006/140‑1 (MQ=255)
tgtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctac < 2:917850/140‑1 (MQ=255)
gtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctacc > 2:178692/1‑140 (MQ=255)
ttGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctaccg > 2:584419/1‑140 (MQ=255)
ttGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctaccg > 1:289288/1‑140 (MQ=255)
ttGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctaccg > 1:1313344/1‑140 (MQ=255)
tGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATa < 2:911818/140‑1 (MQ=255)
ccATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACt > 1:802704/1‑140 (MQ=255)
tatTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACtgtg < 1:670967/140‑1 (MQ=255)
ttAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCTGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCg > 2:44573/1‑140 (MQ=255)
aaTGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTc > 1:843699/1‑140 (MQ=255)
aaTGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCa < 1:636910/140‑1 (MQ=255)
aTGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTAACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCa > 1:1227241/1‑140 (MQ=255)
tGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGACCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCa > 2:265982/1‑140 (MQ=255)
ggCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATc > 1:1076885/1‑140 (MQ=255)
ggCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATc > 1:5412/1‑140 (MQ=255)
gCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCg < 1:1011554/140‑1 (MQ=255)
agagTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGcc > 2:809930/1‑140 (MQ=255)
agagTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGcc < 1:452861/140‑1 (MQ=255)
gagTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCa < 2:562074/134‑1 (MQ=255)
gagTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCa > 1:562074/1‑134 (MQ=255)
gagTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGccc > 2:1594586/1‑140 (MQ=255)
gagTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGccc > 2:237846/1‑140 (MQ=255)
agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGt < 1:630239/131‑1 (MQ=255)
agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGt > 2:630239/1‑131 (MQ=255)
agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 2:920859/1‑140 (MQ=255)
agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 1:1301635/1‑140 (MQ=255)
cGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCt < 2:478574/140‑1 (MQ=255)
aCCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTGCCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATGACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGcc > 2:1513065/1‑131 (MQ=255)
aCCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGcc < 1:1513065/131‑1 (MQ=255)
cGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTc < 2:289288/140‑1 (MQ=255)
cGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTc < 2:802704/140‑1 (MQ=255)
cGAAAGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTc < 2:1313344/140‑1 (MQ=255)
aaaGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAg < 1:1594586/140‑1 (MQ=255)
aaaGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAg > 1:136646/1‑140 (MQ=255)
aaGCAATTTCCCCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAg > 1:1223207/1‑140 (MQ=255)
aaGCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGt > 2:1261023/1‑140 (MQ=255)
gCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTgg < 2:1154830/140‑1 (MQ=255)
gCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTgg < 2:1540621/140‑1 (MQ=255)
gCAATTTC‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTAACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTgg < 2:1227241/140‑1 (MQ=255)
gCAATTT‑‑CCCCCCCGCACGATCTCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTgg < 2:1558727/140‑1 (MQ=255)
|
CACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCCC‑CACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGG > NC_000913/1594116‑1594380
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
