Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F58 I0 R3
|
223 |
82.2 |
2922920 |
95.2% |
2782619 |
126.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP006881 |
1,085,753 |
T→G |
25.6% |
intergenic (+38/‑143) |
U712_05360 → / → U712_05365 |
type I signal peptidase V/putative aromatic compound monooxygenase yhjG |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP006881 | 1,085,753 | 0 | T | G | 25.6%
| 72.7
/ 3.7
| 44 | intergenic (+38/‑143) | U712_05360/U712_05365 | type I signal peptidase V/putative aromatic compound monooxygenase yhjG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/23); new base G (10/2); total (19/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTTTGTCGTTGGAGATAATCGCATATACAGCTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCAAAATTGTTACCTGTGTAACAAAATTTATATATTTTTTTGACTGGAGGGCCGTTTTTATTGGTTTTTGTTCGTTTTTCATGAAACAAAAGGAG > CP006881/1085616‑1085889
|
ttttGTCGTTGGAGATAATCGCATATACAGCTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGt < 1:253912/138‑1 (MQ=255)
ttttGTCGTTGGAGATAATCGCATATACAGCTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGt < 5:39784/138‑1 (MQ=255)
tGTCGTTGGAGATAATCGCATATACAGCTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑G‑GTTTTTTTTGGCGGTTgg > 2:27637/1‑139 (MQ=255)
tGTCGTTGGAGATAATCGCATATACAGCTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGGTTgg > 1:212020/1‑139 (MQ=255)
tCGTTGGAGATAATCGCATATACAGCTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGa < 8:37602/138‑1 (MQ=255)
ggAGATAATCGCATATACAGCTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAAtg > 8:235261/1‑139 (MQ=255)
cATATACAGCTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑G‑TTTTTGTATGGCGGTTGGAAAAATGTGTTgaagaa > 7:261817/1‑138 (MQ=255)
tataCAGCTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑G‑GTTTTGTTTGGCGGTTGGTTAAATGTGTTGAAGaa‑aaa > 6:146453/1‑139 (MQ=255)
ggttCGCCAGCCGGCATTTTGGTCCGATTAGAGAAAATAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGTAGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAATAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTa < 5:191670/137‑1 (MQ=255)
gcatCGACAGCCGGCTTTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTa < 3:331607/136‑1 (MQ=255)
gCTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTa < 5:362426/139‑1 (MQ=255)
cTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑G‑TTTTTGTTTTGCGGTTGGATAAATGTGTTGTTTAA‑AAAtttttta > 6:122110/1‑135 (MQ=255)
cTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑G‑TTTTTGTATGCCGGTTGGTAAAATGTTTTGGAGAA‑AAATTTTTaa > 5:102408/1‑139 (MQ=255)
cTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑G‑GGTTTGTTTTCCGTATGTAAAAATTTGTTGTATAATAAAttttat > 2:333085/1‑136 (MQ=255)
cTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTTTATGCCGTTTGGAAAAAATTGTTGTATaa‑aaaatagt > 8:20888/1‑132 (MQ=255)
cTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGGTTGGAAAAAATTGTTGAAGAA‑AAATTTGt > 4:361353/1‑137 (MQ=255)
cTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑GTTTTTTATGCCGTTTGGTAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGt > 3:147765/1‑137 (MQ=255)
ttCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGTGG‑TTTTTTTTTGGGGTTTGG‑AAAATTTGTTTTAGAA‑AAAttttttag > 1:158937/1‑134 (MQ=255)
tCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑G‑TGTTTTTTTGGCGTTTGGAAAAATTTGTTGATGAA‑AAATTTGTATgg > 7:196427/1‑139 (MQ=255)
tCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑G‑GTTTTGTTTGGCGGTTGGTTAAAATTGTTGAAGAA‑AAAttttttatg > 5:121128/1‑133 (MQ=255)
tCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑G‑GGTTTTTATTGCGGTTGGAAAAATGTGTTGAATCA‑AAAATTTTaatg > 8:141482/1‑137 (MQ=255)
tCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑CGTTTTTTTATCCGATTTTAAAAAATAT‑TTGTAGaa‑aaaaattta > 6:193849/1‑130 (MQ=255)
tCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑GTTTTGTATGCCGGTTTGAAAAATTTGTTGAAAAA‑AAATTTTTaat > 4:295818/1‑137 (MQ=255)
cATTTTGTTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCa < 1:333085/139‑1 (MQ=255)
cATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCa < 7:235261/139‑1 (MQ=255)
cATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCa < 3:295818/139‑1 (MQ=255)
cATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGGCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCa < 7:141482/139‑1 (MQ=255)
ttttGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGGCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCaaa < 4:129876/139‑1 (MQ=255)
cGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCAAAATTGTTAc < 2:212020/139‑1 (MQ=255)
agATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGGGATTTCTGATTCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AACTTTGTAAGGAGCTATAATCAAAATTGTTAc < 5:260066/138‑1 (MQ=255)
agagAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCAAAATTGTTACCtgtg < 7:31227/139‑1 (MQ=255)
aaaaaaTATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCAAAATTGTTACCTGTGTAACa < 7:202309/139‑1 (MQ=255)
cGCTAATTGAAGAGGCGT‑G‑GTTTTTTTTGACGTTTGGAAAAATGTTTTGAAGAA‑AAATTTGTAATGAGCTATAATCAAAATTTTTACCTGTGTTAAAAAAATTTTATATTTTTTTTACTGGAGGGCCGTTTTTTTTTGt > 6:359865/1‑139 (MQ=255)
cGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCAAAATTGTTACCTGTGTAACAAAATTTATATATTTTTTTGACTGGAGGGCCGTTTTTATTGGt < 5:122110/139‑1 (MQ=255)
gAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCAAAATTGGTACCTGTGTAACAAAATTTATATATTTTTTTGACTGGAGGGCCGTTTTTATTGGTTTTTGtt < 2:312165/138‑1 (MQ=255)
gagGCGT‑C‑TTTTTGTATTCCGTTTGGAAAAATTTGTTTAATAA‑AAATTTTTAAGGAGCTATAATCAAAATTGTTACATGTGTAAAAAAATTTATATATTTTTTTTACTGGAGGGCCGTTTTTTTTGTTTTTTTTTGGtt > 2:75522/1‑139 (MQ=255)
t‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCAAAATTGTTACCTGTGTAACAAAATTTATATATTTTTTTGACTGGAGGGCCGTTTTTATTGGTTTTTGTTCGTTTTTCAt < 2:158937/139‑1 (MQ=255)
t‑C‑TTTTTGTATGACGTATTGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGATCTATAATCAAAATTGTTACCTGTGTAACAAAATTTATATATTTTTTTGACTGGAGGGCCGTTTTTATTGGTTTTTGTTCGTTTTTCAt < 3:94257/139‑1 (MQ=255)
gtatttttGTATGCCGGTTGGAAAAATGTGTTGAAGAT‑AAATTTGTAAGTAGCTATAATCAAAATTGTTTCCTGTGTAACAAAATTTATATATTTTTTTGACTGGAGGGCCGTTTTTATTGGTTTTTGTTCGTTTTTCa < 2:360785/136‑1 (MQ=255)
ttttGTATGCCGTTTGGAAATATTTTTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGATATTTTCAAAATTGTTACCTGTGTAACTAAATTTATATATTTTTTTGACTGGAGGGCCGTTTTTATTGGTTTTTGTTCGTTTTTCATGa < 5:193849/138‑1 (MQ=255)
tttGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCAAAATTGTTACCTGTGTAACAAAATTTATATATTTTTTTGACTGGAGGGCCGTTTTTATTGGTTTTTGTTCGTTTTTCATGa < 3:361353/137‑1 (MQ=255)
tttGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCAAAATTGTTACCTGTGTAACAAAATTTATATATTTTTTTGACTGGAGGGCCGTTTTTATTGGTTTTTGTTCGTTTTTCATGa < 1:27637/137‑1 (MQ=255)
tttGTATGCCGGTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCAAAATTGTTACCTGTGTAACAAAATTTATATATTTTTTTGACTGGAGGGCCGTTTTTATTGGTTTTTGTTCGTTTTTCATGa < 1:185383/137‑1 (MQ=255)
tGCCGTTTGGAAATATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTTAGGAGCTATAATTATAATTGTTACCTGTGTAAGAAATTTTATTTATTTTTTTGACTGGAGGGCCGTTTTTATTGGTTTTTGTTCGTTTTTCATGAAACAAAAg < 5:186581/139‑1 (MQ=255)
ccGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCAAAATTGTTACCTGTGTAACAAAATTTATATATTTTTTTGACTGGAGGGCCGTTTTTATTGGTTTTTGTTCGTTTTTCATGAAACAAAAGGa < 5:146453/139‑1 (MQ=255)
cGTTTGGAAAAATGTGTTTAAGAA‑AAATTTGTAAGGATCTATAATCAAAATTGTTACCTGTGTAACAAAATTTATATATTTTTTTGACTGGAGGGCCGTTTTTATTGGTTTTTGTTCGTTTTTCATGAAACAAAAGGAg < 2:171584/139‑1 (MQ=255)
tttGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCAAAATTGTTACCTGTGTAAc < 5:357425/64‑1 (MQ=255)
tttGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCAAAATTGTTACCTGTGTAAc > 6:357425/1‑64 (MQ=255)
|
TTTTGTCGTTGGAGATAATCGCATATACAGCTTCGACAGCCGGCATTTTGGTCCGATAAGAGAAAAAAATATTGTCGGTGTGATTTCTGATGCCGAATAAAAAGACGCTAATTGAAGAGGCGT‑C‑TTTTTGTATGCCGTTTGGAAAAATGTGTTGAAGAA‑AAATTTGTAAGGAGCTATAATCAAAATTGTTACCTGTGTAACAAAATTTATATATTTTTTTGACTGGAGGGCCGTTTTTATTGGTTTTTGTTCGTTTTTCATGAAACAAAAGGAG > CP006881/1085616‑1085889
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
