Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F56 I0 R1
|
218 |
83.1 |
3292392 |
95.3% |
3137649 |
126.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP006881 |
1,984,502 |
T→G |
23.2% |
V270G (GTG→GGG) |
U712_09805 → |
Putative 4‑hydroxyphenylacetate 3‑monooxygenase yoaI |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP006881 | 1,984,502 | 0 | T | G | 23.2%
| 65.3
/ 4.1
| 37 | V270G (GTG→GGG) | U712_09805 | Putative 4‑hydroxyphenylacetate 3‑monooxygenase yoaI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/19); new base G (7/2); total (16/21) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAAAAGGCGTAAAATTCATCACAAGAGAATCATTTGTATTAAGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGA > CP006881/1984367‑1984640
|
cAAAAGGCTTAAAATTCATCACAAGAGAATCATTTGTATTAAGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGTATTCAATAGTGGTTTTTGATCATGTGTAAGTGCCGTGGAATCgtgtgtg > 2:107882/1‑138 (MQ=255)
aaaGGCGTAAAATTCATCACAAGAGAATCATTTGTATTAAGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGtttt > 2:132584/1‑139 (MQ=255)
aaGGCGTAAAATTCATCACAAGAGAATCATTTGTATTAAGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGttttt > 8:366367/1‑139 (MQ=255)
ggCGTAAAATTCATCACAAGAGAATCATTTGTATTAAGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGttttttt > 7:367119/1‑139 (MQ=255)
gCGTAAAATTCATCACAAGAGAATCATTTGTATTAAGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGttttttt > 7:336728/1‑138 (MQ=255)
gTAAAATCAATCACAACCTAATCATTTGTATAAAGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACg < 8:186963/139‑1 (MQ=255)
aaGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGAATCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGGGTTTTTTTAAGATAATGTTGAAGCAGCGAAAGAtttttttac > 1:139893/1‑133 (MQ=255)
aGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGGTTTTTTAGGGTAATTGTGAAGCAGCTAAAGATTTTTTGACa > 7:5450/1‑138 (MQ=255)
aGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGGGGTTTTTTTAGAATATGTGTGAGCAGCGAAAGAgttttttata > 5:233898/1‑132 (MQ=255)
cGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACaaa > 8:288504/1‑138 (MQ=255)
agacagccTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAg < 3:151083/133‑1 (MQ=255)
ctctTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGGGGTTTTTTTTGATATAGTGGTAGCACCGTAAGAGTTTATGGCAAAAAGc > 6:370461/1‑139 (MQ=255)
ctctTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGAATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGGGTTTTTTTTAGATTATGTTTAAGAAACTTAATATTTTTTTTCaaaaata > 7:14995/1‑137 (MQ=255)
ttCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGct < 7:11140/137‑1 (MQ=255)
ttAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCa < 3:53653/139‑1 (MQ=255)
tAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCa < 3:191945/138‑1 (MQ=255)
tAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCa < 5:49337/138‑1 (MQ=255)
ccTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTAc < 2:169657/139‑1 (MQ=255)
cTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCAc < 8:336728/139‑1 (MQ=255)
cTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTAAGATAATGTGGAAGCAGCATAATATTTTATTACAAAAAAGAGTTTTTA‑AGCCTTTACAtttgaa > 1:78392/1‑136 (MQ=255)
cAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGATTTTTTAAGTTAATTTGGATGGCCGGAAACATTTTATTTCAAAAATCTCATTTTA‑TGCCTTTACCTTTAAccc > 4:90310/1‑138 (MQ=255)
aGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAgg < 3:213138/139‑1 (MQ=255)
aaTGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGGGTTTTTTTACGATAATGTGGCTGCAGCGAAAGATTTTATTTCAAAAAGCTCGTTTTA‑TTCCGTTTCCTTTCACCACGGTGTCGTTTgg > 5:6547/1‑139 (MQ=255)
aTGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGGGTTTTTTTTAGTTAATGTGGTAGGCGCGAAAAAATTTTTTAAAAAAATCACTTTTTATTGCATTTACAGTT‑ACCAGGATGTGATTAgtg > 5:230322/1‑137 (MQ=255)
aaTTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGAt < 1:132584/138‑1 (MQ=255)
tttGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGGGTTTTTTTAAGATAAAGTTGGTGCAGCAAAAAATTTTTTTTAAAAAAACGCGTTTAA‑TGGCGTTAAAGTTGCACACGTTTTAATTAGGGAAAAGATaaaaaattaaa > 4:277242/1‑133 (MQ=255)
acagATCATGTGTTAGTGCCGTGTAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAAt < 1:183904/136‑1 (MQ=255)
ttGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAAt < 6:233898/138‑1 (MQ=255)
ttGATCATGGGGTATTGCCGGGGAATCGGGTGTTTTTTTACGATTATGTTGAATCATCTAAAGATTTTATTACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAAt < 2:78392/138‑1 (MQ=255)
cATGTGGTAGTGCCGTGGACTCGAGGTTCTTTTTACGATAAAGTTGAAGCAGCTAAAGATGTTATGACACAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGCTAAAACTTGAATTTCTa < 4:218851/138‑1 (MQ=255)
aTGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTAtt < 6:230322/139‑1 (MQ=255)
aTGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTAtt < 7:288504/139‑1 (MQ=255)
tgtTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAg < 6:245560/138‑1 (MQ=255)
gcGTGGAATAGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGca < 1:107882/137‑1 (MQ=255)
ccGTGGAATCGTGGGGTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTATCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGca < 8:80420/138‑1 (MQ=255)
cagTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTCAATTTCTATTAGGTGTTGcac < 8:367119/137‑1 (MQ=255)
gTGGAATCGTGTGTTTTTTTTAGATAATTTGGAAGCAGCGAAAGATTTTTTTACAAAAAGCTCTTTTGA‑TTGCTTTTCCTTTGACCAGGTTGTGATTAGGCAAATTATAAAAATTTAATTTATATTTGGTTTTTGACAg > 8:99482/1‑139 (MQ=255)
tGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGc < 1:192081/139‑1 (MQ=255)
tgtTTTTTTACGATAATGTGGAATCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCTCCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTTCACAGCTTCTTGTCGa < 1:212761/139‑1 (MQ=255)
tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCATCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 3:267074/139‑1 (MQ=255)
tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 7:99482/139‑1 (MQ=255)
tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 1:20522/139‑1 (MQ=255)
tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 5:370461/139‑1 (MQ=255)
tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 7:205485/139‑1 (MQ=255)
tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 3:277242/139‑1 (MQ=255)
tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 7:138265/139‑1 (MQ=255)
tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 3:277831/139‑1 (MQ=255)
tgtTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 5:204956/139‑1 (MQ=255)
tgtTTTTTTACGATAATGGGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGa < 7:366367/139‑1 (MQ=255)
|
CAAAAGGCGTAAAATTCATCACAAGAGAATCATTTGTATTAAGCGACTCTTCCTTTAATCATCCCTTAAGCTCAAGGTATGAAGAAATGGATTCAATTGTGGTTTTTGATCATGTGTTAGTGCCGTGGAATCGTGTGTTTTTTTACGATAATGTGGAAGCAGCTAAAGATTTTATGACAAAAAGCTCTTTTCA‑TGCCTTTACCTTTCACCAGGTTGTCATTAGGCAAATGATAAAAATTGAATTTCTATTAGGTGTTGCACAGCTTCTTGTCGA > CP006881/1984367‑1984640
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
