Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F61 I1 R1
|
18 |
150.6 |
5884618 |
93.9% |
5525656 |
127.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913_3_pae_tpiA |
3,440,923 |
C→T |
G36D (GGC→GAC) |
rpoA ← |
RNA polymerase, alpha subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 3,440,923 | 0 | C | T | 98.0%
| 518.0
/ ‑2.9
| 150 | G36D (GGC→GAC) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base T (74/71); total (77/73) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
AGGTTGAGCAGGATTTCCAGGATATCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGA > NC_000913_3_pae_tpiA/3440776‑3441063
|
gTTGAGCAGGATTTCCAGGATATCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCaaa < 1:1399230/150‑1 (MQ=255)
ttGAGCAGGATTTCCAGGATATCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAg > 3:156577/1‑150 (MQ=255)
cAGGATTTCCAGGATATCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACg > 2:1388876/1‑150 (MQ=255)
cAGGATTTCCAGGATATCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACg > 1:1437955/1‑150 (MQ=255)
tCCAGGATATCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTaaa < 3:540836/150‑1 (MQ=255)
cAGGATATCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAgg < 4:1052278/150‑1 (MQ=255)
gATATCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGctct < 4:702072/142‑1 (MQ=255)
gATATCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGctct > 3:702072/1‑142 (MQ=255)
tatCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAg > 1:803361/1‑144 (MQ=255)
tatCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAg < 2:803361/144‑1 (MQ=255)
tGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAg < 1:748646/143‑1 (MQ=255)
tGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAg > 2:748646/1‑143 (MQ=255)
gCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATATGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGgc < 3:641672/150‑1 (MQ=255)
gCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGgc < 1:1477146/150‑1 (MQ=255)
gCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGAACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGgc < 1:1231592/150‑1 (MQ=255)
cttcttTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGgcgt > 1:1597337/1‑150 (MQ=255)
ttcttTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGgcgtg > 3:368633/1‑150 (MQ=255)
ttcttTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGgcgtg > 2:1685882/1‑150 (MQ=255)
cttTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGgcgtgcg > 3:841756/1‑150 (MQ=255)
tttGGTCCTGTACCCATGTAGTACACCATCAATCTCAAGCTCGGTCACCGCACAACCCGGCATCGATGACAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGgcgtgcgt > 2:1487597/1‑150 (MQ=255)
tGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAAc < 2:121309/150‑1 (MQ=255)
gCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACt < 3:244202/150‑1 (MQ=255)
gCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACt < 4:368633/150‑1 (MQ=255)
cTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCAGGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTc > 1:856544/1‑150 (MQ=255)
gTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCAc < 3:968357/150‑1 (MQ=255)
aCTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGc < 4:931411/102‑1 (MQ=255)
tCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCATGTCTGTACCCAGAGGATTTTCAAATCCACTCTCTAAATGCGCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACtttc > 3:275033/1‑148 (MQ=255)
tCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGc < 1:148032/150‑1 (MQ=255)
tCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGc > 2:1588600/1‑150 (MQ=255)
gtgtGTAGTACACCACCACTCTCAACTTCTGTCGCCGCGCAACGCAAGATCGATGAGAGCAGACAGAAGG‑GAAAGGCGTTACCCGGAGTATGGGCACAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGCTCACCTTGCCGCGCGCCGACCTAACTTga > 2:995895/4‑149 (MQ=255)
tGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCtt < 2:1411829/125‑1 (MQ=255)
tGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCAc > 4:1097491/1‑143 (MQ=255)
tGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCAc < 3:1097491/143‑1 (MQ=255)
gtagtaAAGCATAAAAATCACCCTCGGTCACCGCACAACCCGGCAAAGATGGGAGCAGA‑ATACGGTGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGACTCAAGGGTCACCTTGGCGCGCGTCGAACTCCCTTGCTCGa < 4:738642/150‑1 (MQ=255)
tagtaCACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGat > 3:305269/1‑150 (MQ=255)
acacCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCa > 4:22744/1‑150 (MQ=255)
cacCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGc < 2:679747/95‑1 (MQ=255)
cacCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGc > 1:679747/1‑95 (MQ=255)
cacCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAg < 1:998797/109‑1 (MQ=255)
cacCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAg > 2:998797/1‑109 (MQ=255)
acCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAAc > 1:252743/1‑150 (MQ=255)
acCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAAc < 1:1441906/150‑1 (MQ=255)
cATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCaaa < 1:1319208/85‑1 (MQ=255)
cATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCaaa > 2:1319208/1‑85 (MQ=255)
cATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGgcgt < 4:21651/120‑1 (MQ=255)
cATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGgc > 3:527698/1‑118 (MQ=255)
cATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCa > 1:600303/1‑150 (MQ=255)
aTCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCaaa > 2:1381535/1‑84 (MQ=255)
aTCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGCACTCACTTGCCCGATATCAACCAg > 4:243015/1‑150 (MQ=255)
aTCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGata > 4:548106/1‑142 (MQ=255)
tctcAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGaa > 2:1752296/1‑122 (MQ=255)
tctcAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGaa < 1:1752296/122‑1 (MQ=255)
tctcAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGcgcg > 1:323347/1‑150 (MQ=255)
tctcAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGcgcg > 4:770696/1‑150 (MQ=255)
ctcAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCgg > 1:9048/1‑150 (MQ=255)
ctcAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCgg < 1:588025/150‑1 (MQ=255)
ctcAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCgg < 2:729053/150‑1 (MQ=255)
ctaaaacTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCCCGCTCTAAAGGCTCACGTGGCACCTTGGCGTGCGTCGGACTCCCTTGCTCGATATCAACCAGGCGCgg < 4:257635/144‑1 (MQ=255)
tcAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGt < 1:942272/150‑1 (MQ=255)
aaCCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGttt > 4:804346/1‑150 (MQ=255)
aaCCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGttt > 2:1693188/1‑150 (MQ=255)
aCCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGtttt < 4:691133/150‑1 (MQ=255)
aCCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGtttt < 1:1588600/150‑1 (MQ=255)
aCCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGACGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATCTCCACCAGGCGCGGcttt > 2:1248086/1‑150 (MQ=255)
cgcgCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGt > 1:1168177/1‑150 (MQ=255)
gcgcAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTc > 4:1102619/1‑150 (MQ=255)
cgcAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTTGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTca < 2:105966/150‑1 (MQ=255)
aCCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTa > 4:778405/1‑134 (MQ=255)
aCCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTa < 3:778405/134‑1 (MQ=255)
gCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCt < 3:804346/150‑1 (MQ=255)
cATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTg < 2:323347/150‑1 (MQ=255)
aTCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGc < 2:9048/150‑1 (MQ=255)
tCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGt < 2:1609834/73‑1 (MQ=255)
tCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCa < 4:591155/150‑1 (MQ=255)
gATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCAtt < 4:156577/150‑1 (MQ=255)
aTGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCg < 3:797552/101‑1 (MQ=255)
aTGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCg > 4:797552/1‑101 (MQ=255)
tGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTaa < 3:1020963/57‑1 (MQ=255)
tGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATtgt < 3:173937/150‑1 (MQ=255)
gagCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATc > 4:469560/1‑102 (MQ=255)
gagCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATc < 3:469560/102‑1 (MQ=255)
agCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTcc > 3:967279/1‑150 (MQ=255)
agCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTcc > 4:276620/1‑150 (MQ=255)
aGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCctct > 2:1122834/1‑150 (MQ=255)
a‑aTACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTaaa > 1:1383391/1‑49 (MQ=255)
aTACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCtt < 2:495728/150‑1 (MQ=255)
aCGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGa < 2:1447598/112‑1 (MQ=255)
cGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTcaca > 1:128152/1‑123 (MQ=255)
cGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTgg < 4:822169/150‑1 (MQ=255)
cGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTATGTAACAGAACCATGCATTGTGTCCTCTCTTTgg > 1:995989/1‑150 (MQ=255)
ggCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGt < 4:433778/150‑1 (MQ=255)
ggCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGt > 2:208739/1‑150 (MQ=255)
gcgcAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTa < 2:672033/150‑1 (MQ=255)
gcgcAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGCCCCCGTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTa < 3:243015/150‑1 (MQ=255)
gcAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACt < 1:1122834/150‑1 (MQ=255)
aGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTaa > 3:906597/1‑150 (MQ=255)
aCCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACt > 3:673366/1‑150 (MQ=255)
cAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTgg < 1:1006846/150‑1 (MQ=255)
agagTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGaa > 1:1620808/1‑94 (MQ=255)
agagTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGCGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGa > 4:74696/1‑150 (MQ=255)
|
AGGTTGAGCAGGATTTCCAGGATATCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGA > NC_000913_3_pae_tpiA/3440776‑3441063
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
