Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I1 R1
|
67 |
31.4 |
1402038 |
96.1% |
1347358 |
109.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,250,031 |
C→T |
I105I (ATC→ATT) |
yeiH → |
UPF0324 family inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,250,031 | 0 | C | T | 100.0%
| 95.7
/ NA
| 28 | I105I (ATC→ATT) | yeiH | UPF0324 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (15/13); total (15/13) |
CGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATAAGCACACCAGCTGGTTGATCGGTGCCGGTAGCAGTATCTGTGGTGCTGCCGCGGTA > NC_000913/2249904‑2250163
|
cGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACgt > 1:456404/1‑139 (MQ=255)
cTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACg < 1:273165/139‑1 (MQ=255)
cTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACg < 2:226/139‑1 (MQ=255)
tGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACGc < 2:456404/139‑1 (MQ=255)
tGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGgcttg < 1:43903/139‑1 (MQ=255)
tCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACgtgt < 2:31986/83‑1 (MQ=255)
tCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACgtgt > 1:31986/1‑83 (MQ=255)
cTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTc > 2:231631/1‑139 (MQ=255)
cTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTc > 1:604507/1‑139 (MQ=255)
tttATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATa > 1:525346/1‑132 (MQ=255)
tttATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATa < 2:525346/132‑1 (MQ=255)
ttATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACg < 1:152198/73‑1 (MQ=255)
ttATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACg > 2:152198/1‑73 (MQ=255)
ggCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAg < 2:342236/108‑1 (MQ=255)
ggCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAg > 1:342236/1‑108 (MQ=255)
ctcGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATAAGCACACCAGCTGGTTGATCGGTGCCGGt > 1:181212/1‑139 (MQ=255)
tcGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCa > 1:327941/1‑58 (MQ=255)
tcGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCa < 2:327941/58‑1 (MQ=255)
tcGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATAAGCACACCAGCTGGTTGATCGGTGCCGGTa > 2:51314/1‑139 (MQ=255)
tGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGgcttg < 2:658691/63‑1 (MQ=255)
tGTCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGgcttg > 1:658691/1‑63 (MQ=255)
tCGGTATCAGTGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATAAGCACACCAGCTGGTTGATCGGTGCCGGTAGCAGTATCTGTGGtgc < 2:604507/139‑1 (MQ=255)
gTGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATAAGCACACCAGCTGGTTGATCGGTGCCGGTAGCAGTATCTGTGGTGCTGCCGCGGt > 2:601977/1‑139 (MQ=255)
tGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATa > 1:571062/1‑83 (MQ=255)
tGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATa < 2:571062/83‑1 (MQ=255)
tGGGATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATAAGCACACCAGCTGGTTGATCGGTGCCGGTAGCAGTATCTGTGGTGCTGCCGCGGTa > 2:204509/1‑139 (MQ=255)
ggATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATAAGCACACCAGCTGGt < 2:525943/96‑1 (MQ=255)
ggATTATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATAAGCACACCAGCTGGt > 1:525943/1‑96 (MQ=255)
|
CGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATAAGCACACCAGCTGGTTGATCGGTGCCGGTAGCAGTATCTGTGGTGCTGCCGCGGTA > NC_000913/2249904‑2250163
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
