Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F1 I1 R1
|
65 |
25.3 |
1027584 |
98.0% |
1007032 |
120.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
630,819 |
C→T |
A309V (GCG→GTG) |
cstA → |
carbon starvation protein involved in peptide utilization, APC peptide transporter family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 630,819 | 0 | C | T | 100.0%
| 92.3
/ NA
| 27 | A309V (GCG→GTG) | cstA | carbon starvation protein involved in peptide utilization, APC peptide transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (16/11); total (16/11) |
GGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGAT > NC_000913/630706‑630927
|
ggTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACt > 2:217635/1‑139 (MQ=255)
gtgGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGc < 2:56834/139‑1 (MQ=255)
gtgGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGc < 2:395473/139‑1 (MQ=255)
gtgGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGc > 1:332974/1‑139 (MQ=255)
gtgGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGc < 2:332974/139‑1 (MQ=255)
gtgGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGc < 1:67351/139‑1 (MQ=255)
gtgGTTACTGCAGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGc < 2:332387/139‑1 (MQ=255)
gCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCg > 2:418642/1‑139 (MQ=255)
gTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCt > 2:266294/1‑139 (MQ=255)
cTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTc > 2:451292/1‑139 (MQ=255)
aCCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGt > 2:86941/1‑139 (MQ=255)
ttCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTa > 1:459696/1‑139 (MQ=255)
tCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTAt > 2:168024/1‑139 (MQ=255)
tGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCAc > 1:359288/1‑139 (MQ=255)
aaTCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATc > 2:176311/1‑139 (MQ=255)
aaTCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATc > 1:36964/1‑139 (MQ=255)
gggACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCt > 1:28137/1‑139 (MQ=255)
ggCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGa > 2:183489/1‑63 (MQ=255)
ggCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGa < 1:183489/63‑1 (MQ=255)
ggCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGc > 2:467758/1‑139 (MQ=255)
ttGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGa < 1:176311/139‑1 (MQ=255)
tGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGAt < 1:418642/139‑1 (MQ=255)
tGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGAt < 1:168024/139‑1 (MQ=255)
cccGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCa < 2:216596/89‑1 (MQ=255)
cccGACGCTGACCATGCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCa > 1:216596/1‑89 (MQ=255)
gCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATgcg > 1:143977/1‑109 (MQ=255)
gCCTGTGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATgcg < 2:143977/109‑1 (MQ=255)
|
GGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGAT > NC_000913/630706‑630927
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
