Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F104 I1 R1
|
35 |
102.1 |
2392160 |
96.4% |
2306042 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
195,286 |
T→A |
intergenic (‑97/‑82) |
USA300HOU_RS00900 ← / → USA300HOU_RS00905 |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 195,286 | 0 | T | A | 98.5%
| 449.1
/ ‑3.0
| 130 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_RS00900/USA300HOU_RS00905 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (55/72); total (58/72) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
TTTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAG > USA300TCH1516_ALE/195148‑195422
|
tttGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTaaa > 2:594259/1‑141 (MQ=255)
tttGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTaaa > 2:502206/1‑141 (MQ=255)
ttGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTaaaa < 1:154377/141‑1 (MQ=255)
cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTACATATTAAAAAAAATATCtt < 2:309598/141‑1 (MQ=255)
cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt > 1:1068502/1‑141 (MQ=255)
cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt > 1:658827/1‑141 (MQ=255)
cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 1:313142/141‑1 (MQ=255)
cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 1:1153150/141‑1 (MQ=255)
aCTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAata < 1:695569/141‑1 (MQ=255)
ttGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAatata < 2:851962/141‑2 (MQ=255)
gCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCt > 2:193800/1‑141 (MQ=255)
aCAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAAt > 2:442505/1‑141 (MQ=255)
aCAGATTCTTTATCCATAATGATAGCACCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAAt > 2:742139/1‑141 (MQ=255)
ttCTTTATCTATAATGATAGCCCCGTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAGATATCTTAATATCCTTGTAATCCgtt > 1:874944/1‑139 (MQ=255)
ttCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGAt > 1:511032/1‑141 (MQ=255)
taaTCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGa < 1:1160709/139‑1 (MQ=255)
ccATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATta > 2:875468/1‑141 (MQ=255)
tGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATA‑TTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAat > 1:1078113/1‑141 (MQ=255)
tAGCCCCCTATATATATGTATATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTATTAAATTTGTAATTCGATAAGAATTAT‑aataatct > 1:633754/1‑139 (MQ=255)
gCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATAtt‑t < 1:502206/141‑1 (MQ=255)
gCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAACAATTAT‑AGTAATAtt‑t < 1:594259/141‑1 (MQ=255)
ccccTCAATATATGCTTATTTACTTATCCCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATAtt‑ttt < 1:406797/141‑1 (MQ=255)
ccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATAtt‑ttt < 1:794045/141‑1 (MQ=255)
cTATATTTATGTTTATTTACTTATACCCTATCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCa < 2:7657/141‑1 (MQ=255)
cTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCa < 2:658827/141‑1 (MQ=255)
cTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCa > 1:781164/1‑141 (MQ=255)
cTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCa > 1:345504/1‑141 (MQ=255)
cTATATATAAGTTTATTTACTTATACCTTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCAAAATAAAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCa < 2:863732/141‑1 (MQ=255)
catatatatGTTTATTTACATATACCCTAACATGATTTATATACTCTTAGAAAATATATTTTACACAATTTCATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCaa < 2:131669/140‑1 (MQ=255)
atatatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGCTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATA‑TTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATACGTTAATAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAAcc > 2:534430/1‑141 (MQ=255)
atatatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATTAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAAc > 1:361949/1‑141 (MQ=255)
tatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCTTTATGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCAt > 1:603963/1‑141 (MQ=255)
tatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCTTTGTAATCTGATAAGAATTAT‑AGTTATATT‑TTTTCAACTAtat > 2:1029980/1‑139 (MQ=255)
tatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCAtgt > 2:1092508/1‑139 (MQ=255)
tttatttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTtat < 1:228004/141‑1 (MQ=255)
ttatttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAAAAATTGTtata < 1:875468/141‑1 (MQ=255)
ttatttaCTTACAACCTAACAATATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTtata < 2:858092/141‑1 (MQ=255)
tatttaCTTATACCCTCACATAACTTTTTGACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATag > 2:1151270/1‑141 (MQ=255)
tatttaCTTATACCCTAACCTGAATTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATAAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATag > 2:258128/1‑141 (MQ=255)
ttttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATagg < 1:495250/140‑1 (MQ=255)
atttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAAGATCTTAATATCATTGTAATCCGATAAGAATTAT‑ATTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATagg < 1:344947/141‑1 (MQ=255)
atttaCTTATACCCGAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTGATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATagg < 2:358806/141‑1 (MQ=255)
tttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATaggg > 1:273323/1‑140 (MQ=255)
tttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATagga < 2:17874/141‑1 (MQ=255)
taCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATaggatg > 2:972588/1‑139 (MQ=255)
taCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATaggagg > 2:804922/1‑141 (MQ=255)
aCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGt < 2:506266/141‑1 (MQ=255)
ttATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCt < 1:927976/141‑1 (MQ=255)
ttATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCt > 2:9271/1‑141 (MQ=255)
ttATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCt < 1:1028969/141‑1 (MQ=255)
ttATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCt < 1:1081834/141‑1 (MQ=255)
ttATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCt < 1:533077/141‑1 (MQ=255)
ttATACACTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCt < 1:145410/141‑1 (MQ=255)
tataCCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCtt > 2:239353/1‑141 (MQ=255)
ataCCCTAAAATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCtta < 1:446047/141‑1 (MQ=255)
cATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACa > 1:820728/1‑141 (MQ=255)
aTGATTTTTATGCTCTTTGAATATATCGTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCCATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATCGGAGGTCTTATTAATGACat < 1:722998/141‑1 (MQ=255)
tGATTTTTATACTGTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTTTTATTAATGACatt > 2:613757/1‑141 (MQ=255)
gATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTCCCGCAGGAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACatta > 1:276619/1‑141 (MQ=255)
aTTTTTATACTAATTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATAAAAAAAAAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACattat < 2:551746/141‑1 (MQ=255)
tttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTAtttt < 1:417468/141‑1 (MQ=255)
tataCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTtta < 1:612698/141‑1 (MQ=255)
taCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTAtttttttt > 2:104516/1‑141 (MQ=255)
ttttttttAAAATATATTTTACAGAATTTTATATAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatta > 2:457750/5‑141 (MQ=255)
aCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAGAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATGTttatta > 1:208111/1‑141 (MQ=255)
aCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatta > 1:44437/1‑141 (MQ=255)
aCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatta > 2:1025507/1‑141 (MQ=255)
aCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatta > 1:1078028/1‑141 (MQ=255)
ctatGAAAATATATTTTACAGAATTTTCTCTCAATATTAAAAAAAATATCATAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATGAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGCTAGAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGaa < 1:956351/138‑1 (MQ=255)
aaaTATATTTTACATAAGTTTATCAAAAAAATAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAAc < 2:597731/141‑1 (MQ=255)
aaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACa > 1:341056/1‑141 (MQ=255)
atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACaa < 1:1081648/141‑1 (MQ=255)
atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACaa > 2:811571/1‑141 (MQ=255)
tatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAAt < 2:700153/141‑1 (MQ=255)
tatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATAACTGTCACCATTTTTATTAGAAGCTAACAAt < 2:549387/141‑1 (MQ=255)
attttttACAGAAGTTTATCGAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATc < 2:1101208/138‑1 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTGAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAGTATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGATAActcta > 2:887746/1‑137 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATc < 2:968213/141‑1 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATc < 2:97390/141‑1 (MQ=255)
tttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGa < 1:903414/141‑1 (MQ=255)
tttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTAGAGGAGGTATTCTTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGa < 1:169983/141‑1 (MQ=255)
tACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTACCATCCTAGCAATCGGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAtt < 1:1112689/141‑1 (MQ=255)
tACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAtt < 1:850418/141‑1 (MQ=255)
accgAACTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 1:635524/138‑1 (MQ=255)
aCAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 2:106561/141‑1 (MQ=255)
aaGAATTTTATCGAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAtttt < 2:375732/140‑1 (MQ=255)
aaTTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCa < 1:944638/141‑1 (MQ=255)
aaTTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCa < 1:1100837/141‑1 (MQ=255)
ttATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCaa < 1:742730/141‑1 (MQ=255)
ttATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGAATCaa > 1:14372/1‑141 (MQ=255)
ttATCTAAATATTAAAAAAAATATCTAACACAGCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATaaa > 2:497533/1‑141 (MQ=255)
tATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACGTTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCTTCTAc > 1:695795/1‑141 (MQ=255)
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cTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AG‑AAGATTGATTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGaa < 1:275249/141‑1 (MQ=255)
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tatTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAaagaag < 1:176620/141‑1 (MQ=255)
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aatTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAaagaag < 1:1038579/140‑1 (MQ=255)
|
TTTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAT‑AGTAATATT‑TTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAG > USA300TCH1516_ALE/195148‑195422
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
